Contexte
Le travail de vigie-surveillance effectué par le personnel de santé publique implique la création et la mise à jour continue de graphiques et de tableaux nécessaires à la production de rapports épidémiologiques. Il est donc crucial d’utiliser des outils efficaces pour la réalisation de ces tâches.
R est à la fois un logiciel libre gratuit et un langage de programmation permettant, entre autres, le traitement, l’analyse et la visualisation de données. En utilisant ce logiciel, il est également possible d’automatiser certaines tâches et d’ainsi limiter le temps de production des graphiques/tableaux récurrents et le risque d’erreur associé à des manipulations répétitives.
Cet atelier méthodologique permettra aux personnes participantes d’utiliser le langage de programmation R pour le traitement de données ainsi que la création et la mise à jour de tableaux et de graphiques destinés à la vigie-surveillance. L’atelier ne constitue pas un cours complet de programmation en R; il offre plutôt un exemple d’application du logiciel en vigie-surveillance. Les personnes participantes disposeront de sections de codes adaptables et de ressources additionnelles si elles souhaitent poursuivre leurs apprentissages.
L’atelier s’adresse principalement aux professionnelles et professionnels (incluant agentes et agents de programmation, planification et recherche ; conseillères et conseillers scientifiques) et aux médecins qui participent au traitement et à l’analyse des données ainsi qu’à la réalisation de produits de vigie-surveillance. Il s’adresse également à toute personne intéressée par le sujet. L’atelier cible les personnes qui n’utilisent pas le logiciel R et celles qui utilisent déjà le logiciel, mais qui voudraient en élargir le champ d’application. Les personnes intéressées à participer à l’atelier doivent être à l’aise avec l’informatique (ex. utilisation fréquente d’Excel ou d’autres logiciels) et être préparées à s’approprier un langage de programmation.
Objectifs pédagogiques de la journée
À la fin de l’atelier, les personnes participantes seront en mesure de :
- Utiliser le logiciel R pour effectuer certaines tâches essentielles (ex. importer des données, télécharger les modules (packages), exporter des données et des graphiques/tableaux);
- Manipuler des sections de codes R et des modules utiles au traitement de données ainsi qu’à la création et à la mise à jour automatisée de tableaux et de graphiques;
- Identifier les avantages et les limites du logiciel R.
Déroulement de l’atelier et méthodes pédagogiques
Les méthodes pédagogiques utilisées incluront de courts exposés oraux appuyés de supports visuels, des ateliers techniques dirigés et des discussions.
Au moment de l’atelier, les personnes participantes devront déjà avoir installé le logiciel R et l’environnement de développement RStudio sur leur ordinateur. RStudio est une plateforme plus conviviale permettant l’utilisation du langage de programmation R et de différents outils. Voir les instructions d’installation en fin de page1 (NB. - R et RStudio sont gratuits, mais des droits d’administrateur pourraient être nécessaires pour les installer sur un ordinateur appartenant à une organisation). Les personnes qui n’utilisent pas le logiciel R seront également encouragées à développer quelques connaissances de base avant l’atelier (ex. se familiariser avec l’interface de RStudio). Ces personnes recevront les instructions et les références nécessaires après leur inscription.
Personnes responsables et formatrices
Flavie Marquis, M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
Romain Pasquet, Ph. D., agent de santé publique, Agence de la santé publique du Canada, Direction générale de la gestion des urgences, Centre de mesures d’urgence.
Angélique Guay-Giroux, M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction régionale de santé publique de Montréal, CIUSSS du Centre-Sud-de-l’Île-de-Montréal.
Michèle-Victoria Harvey, Pharm.D., M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
Kevin L’Espérance, M. Sc., candidat au doctorat en santé publique et épidémiologie, CRCHUM, École de santé publique de l’Université de Montréal.
Éric Levac, M.D., M. Sc., médecin-conseil, Maladies infectieuses, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
8 h 30 à 9 h 30
Plénière des JASP
9 h 30 à 10 h
Pause
10 h à 10 h 10
Mot de bienvenue
Sondage 1 – profil des personnes participantes, présentation des objectifs
10 h 10 à 10 h 30
Exercice 1 – téléchargement et visualisation de la banque de données fictive pour les exercices avec le logiciel RStudio
10 h 30 à 10 h 35
Mise en contexte reliée à la production fréquente de portraits épidémiologiques durant la pandémie de COVID-19 et des enjeux rencontrés
10 h 35 à 10 h 55
Discussion 1 – partage de l’expérience des personnes participantes et solutions envisagées en lien avec la mise en contexte
10 h 55 à 11 h 10
Présentation 1 – présentation du logiciel R ainsi que ses avantages et limites; période de questions de 5 minutes
11 h 10 à 11 h 35
Présentation 2 – traitement de données (ex. sélection de données, création et transformation de variables, exportation de données); période de questions de 5 minutes
11 h 35 à 12 h
Exercice 2 – en sous-groupe, manipulations sur une banque de données avec le logiciel R
12 h à 13 h
Dîner
13 h à 13 h 15
Suite de l’Exercice 2
13 h 15 à 13 h 25
Retour sur l’Exercice 2 en grand groupe
13 h 25 à 13 h 45
Présentation 3 – visualisation des données (création de tableaux et graphiques); période de questions de 5 minutes
13 h 45 à 14 h 25
Exercice 3 – en sous-groupe, exploration du code fourni pour produire différents types de graphiques/tableaux et exercices pratiques pour l’ajustement de celles-ci
14 h 25 à 14 h 40
Pause
14 h 40 à 14 h 50
Retour sur l’Exercice 3 en grand groupe
14 h 50 à 15 h 05
Présentation 4 – automatisation de certaines tâches, période de questions de 5 minutes
15 h 05 à 15 h 45
Exercice 4 – en sous-groupe, exploration d’une section de code fournie pour automatiser une figure
15 h 45 à 15 h 55
Retour sur l’Exercice 4 en grand groupe
15 h 55 à 16 h 20
Discussion 2 et Sondage 2 – évaluation du potentiel d’intégrer le logiciel R comme outil de vigie ainsi que les avantages et limites du logiciel; remise de la documentation pour aller plus loin; remerciements
Comité scientifique de la journée
Responsables
Flavie Marquis, M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
Co-responsable
Romain Pasquet, Ph. D., agent de santé publique, Agence de la santé publique du Canada, Direction générale de la gestion des urgences, Centre de mesures d’urgence.
Membres
Jean-Simon Déry, M. Sc., agent de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CIUSSS de la Capitale-Nationale.
Caroline Duchaine, Ph. D., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CISSS de Chaudière-Appalaches.
Patrick Evans, M. Sc., conseiller en vigie sanitaire, Direction de la vigie sanitaire, Direction générale adjointe de la protection de la santé publique, ministère de la Santé et des Services sociaux.
Angélique Guay-Giroux, M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction régionale de santé publique de Montréal, CIUSSS du Centre-Sud-de-l’Île-de-Montréal.
Mindy Lamer, M.P.A., M. Sc., agente de planification, de programmation et de recherche, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
Éric Levac, M.D., M. Sc., médecin-conseil, Maladies infectieuses, Direction de santé publique, CISSS de la Montérégie-Centre.
Gentiane Perrault Sullivan, Ph. D., conseillère scientifique spécialisée, Direction des risques biologiques, Institut national de santé publique du Québec.
1 Pour des instructions d'installation, voir l'un des liens suivants: Installation R et RStudio - Atelier du Centre de la science de la biodiversité du Québec (en français, moins détaillé) ou Installation R et RStudio - R for Non-Programmers (en anglais, plus complet).