Compte tenu de la faible prévalence observée dans toutes les populations et de la transmission incertaine à partir du pharynx, en accord avec la majorité des recommandations publiées, le dépistage n’est pas recommandé. Il n'y a pas de données dans la littérature sur la prévalence de l’infection pharyngée à C. trachomatis, sur l'impact clinique et l'indication de dépister cette infection chez les femmes. Dans cette situation, à la suite d'une relation orale, il n'est pas recommandé de faire un prélèvement au niveau pharyngé pour dépister l'infection à C. trachomatis.