Compte tenu de la faible prévalence observée dans toutes les populations et de la transmission incertaine à partir du pharynx, en accord avec la majorité des recommandations publiées, le dépistage n’est pas recommandé. L’infection pharyngée à C. trachomatis, la plupart du temps asymptomatique, aurait tendance à se résoudre spontanément sans traitement antibiotique. Dans cette situation, à la suite d'une relation orale, il n'est pas recommandé de faire un prélèvement au niveau pharyngé pour dépister l'infection à C. trachomatis.