Mutations du VIH et pharmacorésistance : analyses géospatiales prometteuses
Karine Blouin propose un article sur l’épidémiologie spatiale des infections par le VIH acquises récemment dans les régions rurale et urbaine de la Caroline du Nord.
Spatial Epidemiology of Recently Acquired HIV Infections across Rural and Urban Areas of North Carolina
Margaret Carrel, Joseph J. Eron Jr, Michael Emch, Christopher B. Hurt | Paru en février 2014 dans PLOS ONE
L’émergence de résistances aux médicaments est un phénomène qui touche également l’infection par le VIH. La pharmacorésistance du VIH transmise ou transmitted drug resistance se définit par l’acquisition d’une souche de VIH résistante aux antirétroviraux chez une personne récemment infectée. Les auteurs soulignent que la combinaison des méthodes de génétique moléculaire, d’épidémiologie classique et d’analyses géospatiales est très prometteuse afin d’étudier les patrons de transmission du VIH et des résistances aux antirétroviraux. Ce faisant, on pourra mieux cibler la surveillance et les interventions de santé publique.
Méthode
Pour être inclus dans l’étude, les sujets devaient avoir été infectés par le VIH très récemment, c’est-à-dire avoir eu une mesure positive de détection de l’ARN viral du VIH, mais ne pas avoir développé d’anticorps contre le virus. Le génome viral était séquencé pour identifier la présence de mutations et évaluer la distance génétique entre les différentes souches virales. Les données épidémiologiques, dont les adresses de résidence au moment du diagnostic, ont été obtenues du programme local de dépistage et de suivi des partenaires. Les adresses ont été géocodées pour les analyses géospatiales effectuées à l’aide des logiciels ArcGYS et R.
Principaux résultats
Près de 60 % des cas d’infection récente identifiés entre 1998 et 2009 ont été géocodés avec succès, soit 81 sur 143. De ces 81 infections récentes, 17 avaient au moins une mutation indiquant une pharmacorésistance du VIH transmise. Les résultats des analyses géospatiales ont permis de déterminer des patrons intéressants, notamment en comparant les milieux urbains et ruraux ainsi que les différentes régions sociosanitaires de Caroline du Nord.
Discussion
Cette étude est la première à s’intéresser à l’épidémiologie spatiale des infections récentes par le VIH aux États-Unis. Les résultats suggèrent la présence de sous-épidémies où des virus génétiquement distincts se transmettent de façon différentielle selon le milieu rural ou urbain. Une région sociosanitaire en particulier est caractérisée par un réseau de transmission plus dense avec des virus fortement liés génétiquement. Cette étude constitue un bon exemple d’utilisation innovante des données de surveillance épidémiologique du VIH permettant de mieux orienter les interventions.
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