Les variants du SRAS‑CoV‑2

La vigie des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS‑CoV‑2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID‑19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de vigie génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2, afin d’évaluer leurs impacts, entre autres sur le dépistage, la transmission, la gravité de la COVID‑19 et la réponse aux vaccins.


L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations. Ces mutations sont des erreurs de copie, et la plupart sont sans conséquence. Mais avec le temps, lorsqu’un nouvel assortiment de mutations se retrouve dans plusieurs virus de SRAS‑CoV‑2 et constitue un groupe homogène, on parle alors de nouveau variant ou nouvelle lignée du virus. Ces changements sont normaux dans l’évolution du virus et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

Durant la première vague de la COVID‑19, la plupart des mutations détectées ne semblent pas avoir eu d'impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines se répandent, car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, cinq variants du SRAS‑CoV‑2 ont émergé et ont été classés comme préoccupants par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) : Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Omicron. Ces variants, et leurs sous-lignées, font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils sont plus contagieux et associés à un risque accru de maladie grave (hospitalisation) comparativement aux autres variants en circulation dans le monde. Certains pourraient aussi avoir un impact négatif sur l’efficacité des vaccins contre la COVID‑19, qui ont été élaborés à partir de la souche initiale.


Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations susceptibles de modifier ses caractéristiques virologiques ou impacts épidémiologiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus. Pour l’analyse, des arbres phylogénétiques sont créés afin d’observer les différentes branches (ou lignées) du SRAS‑CoV‑2 qui découlent de la souche initiale.

Au Québec, dans le cadre de la vigie génomique du SRAS‑CoV‑2, les variants qui font l’objet d’une attention particulière sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous). Les autres variants en circulation ne font pas l’objet d’une action rehaussée de santé publique, mais sont suivis pour détecter l’émergence d’un nouveau variant indigène ou importé.

Lorsqu’un échantillon clinique est positif pour la COVID‑19 et que la charge virale est suffisamment élevée, des analyses supplémentaires (criblage ou séquençage du génome entier) peuvent être réalisées par les laboratoires de biologie médicale désignés du réseau de la santé pour déterminer s’il s’agit d’un variant préoccupant ou d'intérêt.


La vigie des variants du SRAS‑CoV‑2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de surveillance des variants de la COVID‑19 au Québec. Ce programme démarré dès avril 2020 et rehaussé en janvier 2021 visait à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 par détection d'acides nucléiques d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, une portion représentative de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter de nouveaux variants susceptibles de nécessiter une intervention de santé publique. Le LSPQ fait aussi du séquençage aléatoire d’une proportion des échantillons positifs confirmés en laboratoire, ainsi que du séquençage ciblé, entre autres chez les cas jugés prioritaires tels que les voyageurs en provenance de l’extérieur du Canada et certains cas provenant d’éclosions.

Identifier les variants : le criblage et le séquençage

Une partie des échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 peut faire l’objet d’analyses complémentaires afin d’identifier la présence ou non de variants préoccupants. Des techniques de criblage utilisant les tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) ont été largement utilisés au Québec afin de détecter rapidement les mutations dites « signatures » de certains variants. Le criblage a permis de suivre l’émergence de nouveaux variants sur le territoire, notamment la montée fulgurante du variant Omicron qui est devenu dominant au Québec en décembre 2021. Actuellement, le criblage n’est plus utilisé couramment pour suivre la prévalence des variants préoccupants, au profit des analyses de séquençage génomique qui permettent d’identifier toutes les mutations du virus.

Le séquençage d’une partie des échantillons positifs pour la COVID‑19 est une activité essentielle pour dresser le portrait temporel et spatial des variants circulant au Québec. Elle permet aussi d’identifier les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques du virus.

Il faut savoir que le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder l’ensemble du génome viral et d’identifier la lignée d’appartenance du variant.

La recherche scientifique sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et caractériser les réinfections présumées et les échecs vaccinaux au Québec.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogénèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Les experts réalisent aussi une veille des études scientifiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2 identifiés ailleurs dans le monde.

Données sur les variants de SRAS‑CoV‑2

L'INSPQ publie de manière hebdomadaire une mise à jour des données sur les variants.


Variants préoccupants

Actuellement, Omicron (B.1.1.529) et sous-lignées BA.* sont considérés comme des variants préoccupants et font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des impacts qu’ils peuvent avoir sur l’évolution de la pandémie de COVID‑19. Pour plus d'informations, consultez la page Classification des variants du SRAS-CoV-2 au Québec.

Variant Omicron (B.1.1.529 et sous lignées BA.*)

Émergence : plusieurs pays, novembre 2021
Présence au Québec depuis le 29 novembre 2021

Le variant Omicron a rapidement supplanté le variant Delta et il est désormais largement dominant au Québec. Ce variant inquiète en raison des nombreuses mutations dans son génome, dont une trentaine dans la protéine de spicule. Plusieurs de ces mutations sont associées à une infectiosité accrue ou à un échappement immunitaire, c’est-à-dire une résistance partielle aux anticorps induits par la vaccination ou par une infection antérieure par un autre variant du SRAS-CoV-2.

BA.1 et BA.1.1 : sous-lignées dominantes durant la 5e vague

Les sous-lignées BA.1 et BA.1.1 sont trois à quatre fois plus transmissibles, mais environ deux fois moins virulentes (notamment en ce qui concerne le risque d’hospitalisation) que le variant Delta. Les vaccins ou une infection antérieure confèrent une faible protection contre les infections par ces sous-lignées. Cependant, cette protection reste élevée contre les hospitalisations et elle augmente avec une dose de rappel (3e dose).

Pour en savoir plus : Le variant Omicron du SRAS-CoV-2

BA.2 : sous-lignée dominante durant la 6e vague

La sous-lignée BA.2 est plus transmissible (1,3 à 1,4 fois) que les sous-lignées BA.1 et BA.1.1, mais elle présente une virulence comparable. Une infection antérieure avec BA.1 confère une certaine protection contre une réinfection présumée par BA.2. L’efficacité des vaccins pour prévenir les infections et les formes graves de la maladie (hospitalisations ou décès) liées à BA.2 était comparable à celle pour BA.1. Cette efficacité augmente avec une dose de rappel (3e dose).

Pour en savoir plus : Sous-lignée BA.2 du variant Omicron du SRAS-CoV-2

BA.2.12.1 : sous-lignée en régression

La sous-lignée BA.2.12.1 a été identifiée pour la première fois aux États-Unis où elle était dominante. Elle est cependant en régression dans ce pays et ailleurs dans le monde depuis début juin 2022. Cette sous-lignée est 1,1 fois plus transmissible que BA.2. Selon les données préliminaires de laboratoire, BA.2.12.1 semblait avoir un potentiel d’échappement immunitaire comparable ou légèrement supérieur à celui de la lignée parentale BA.2. À l’heure actuelle, il n’existe pas de données probantes issues d’enquêtes épidémiologiques indiquant une virulence différente par rapport à BA.2, par exemple le risque d’hospitalisation, d’admission en soins intensifs ou de décès.

BA.4 et BA.5 : sous-lignées dominantes durant la 7e vague

Les sous-lignées BA.4 et BA.5 ont été identifiées pour la première fois en Afrique du Sud en janvier 2022. BA.5 est devenue dominante au détriment de BA.4. Ces deux sous-lignées sont 1,2 fois plus transmissibles que BA.2. Le risque d’hospitalisation associé à BA.4 et BA.5 était similaire à celui lié à BA.2. Les études de laboratoire ont montré que ces deux sous-lignées ont un potentiel d’échappement immunitaire supérieur à BA.2 (jusqu’à 5 fois). Toutefois, la vaccination demeure efficace pour prévenir les formes graves de la maladie (hospitalisation et décès) liées à BA.4 ou BA.5.

Pour en savoir plus : Sous-lignées BA.4 et BA.5 du variant Omicron du SRAS-CoV-2

BA.2.75 : nouvelle sous-lignée sous vigie réhaussée

La sous-lignée BA.2.75 a été identifiée pour la première fois en Inde en mai 2022 et elle a depuis été détectée dans une dizaine de pays incluant le Canada. Elle a été mise sous surveillance par l’OMS et elle a été classée « variant d’intérêt (VOI) » par l’ECDC en juillet 2022 en raison de sa progression et de huit mutations additionnelles dans la protéine de spicule par rapport à BA.2. Les données préliminaires montrent que le taux de croissance de BA.2.75 est 1,3 fois plus élevé que celui de BA.5. BA.2.75 ne semble cependant pas plus virulent. Les études de laboratoire ont montré que BA.2.75 a un potentiel d’échappement immunitaire plus faible (jusqu’à 2,5 fois) ou comparable par rapport à BA.2. Cependant, BA.2.75.2, une sous-lignée de BA.2.75 avec trois mutations additionnelles dans la protéine de spicule (R346T, F486S, D1199N), aurait un échappement immunitaire plus élevé par rapport à BA.5 (5 à 10 fois). Les données de la littérature sont insuffisantes pour déterminer l’efficacité vaccinale contre ces deux sous-lignées mais les risques de réinfection sont faibles chez les individus vaccinés.

BA.4.6 : nouvelle sous-lignée sous vigie réhaussée

La sous-lignée BA.4.6 a été détectée pour la première fois en Espagne et en Inde (avril 2022) et elle est présente dans plusieurs pays dans le monde (incluant le Canada), mais avec une prévalence mondiale qui reste faible. Comparativement à BA.5, cette sous-lignée possède deux mutations additionnelles dans la protéine de spicule (R346T et N658S). Le taux de croissance hebdomadaire est plus élevé que celui de BA.5, toutefois, il demeure inférieur aux sous-lignées qui sont apparues subséquemment telles que BF.7 et BQ.1.1. Les données de la littérature issues de cas cliniques sont insuffisantes pour déterminer sa virulence et son impact sur l’efficacité vaccinale. Selon les données de laboratoire, son degré d’échappement immunitaire et de résistance au traitement par les anticorps monoclonaux semble être légèrement supérieur à celui de BA.5.

BF.7 : nouvelle sous-lignée sous vigie réhaussée

BF.7, une sous-lignée de BA.5.2.1, a été détectée pour la première fois en Belgique (mai 2022) et elle est actuellement présente dans plusieurs pays dans le monde (incluant le Canada). Selon les données provenant de l’Angleterre, le taux de croissance hebdomadaire de BF.7 est plus élevé que BA.5 (25 % à 41 %). Cette sous-lignée possède une mutation additionnelle clé dans la protéine de spicule (R346T). Selon les données de laboratoire, son échappement immunitaire et sa résistance aux anticorps monoclonaux semblent être comparables ou légèrement supérieurs à BA.5. Toutefois, les données de la littérature sont insuffisantes pour déterminer sa virulence et son impact sur l’efficacité vaccinale.

BQ.1 et BQ.1.1 : nouvelles sous-lignées sous vigie réhaussée

La sous-lignée BQ.1 semble avoir émergée en Afrique (Nigéria) en juillet 2022. Depuis, elle a été rapportée dans de nombreux pays à travers le monde, incluant le Canada. Les données disponibles sur BQ.1 et BQ.1.1 montrent un taux de croissance supérieur à celui des autres sous-lignées d’Omicron, notamment en Europe et en Amérique du Nord, où elles pourraient devenir dominantes. Dérivées de BA.5, les sous-lignées BQ.1 et BQ.1.1 possèdent des mutations additionnelles clés dans la protéine de spicule (notamment K444T, N460K et N346T) qui augmentent leur potentiel à échapper à l’immunité par la vaccination avec ou sans une infection antérieure, et à résister au traitement par les anticorps monoclonaux. Dans la littérature, il n’y a pas d’études sur la virulence des cas et l’efficacité des vaccins. Toutefois, les données sanitaires d’Europe et d’Amérique du Nord (c-à-d., les taux d’hospitalisation et de décès) semblent montrer qu’il n’y a pas de changement dans la virulence ni dans la protection conférée par les vaccins contre les infections graves. Par ailleurs, les nouvelles mutations acquises par ces sous-lignées ne semblent pas non plus affecter l’efficacité des traitements antiviraux (excluant les anticorps monoclonaux) approuvés contre la COVID-19.

XBB : nouvelle sous-lignée sous vigie réhaussée

La sous-lignée XBB est un recombinant des sous-lignées BJ.1 (sous-lignée de BA.2.10.1) et BM.1.1.1 (sous-lignée de BA.2.75). Elle aurait possiblement émergé en Asie (Singapour) en août 2022 et  elle est devenue dominante à Singapour et en Inde (fin octobre 2022). XBB a aussi été rapportée dans de nombreux pays dans le monde, incluant le Canada, mais sa prévalence mondiale demeure faible. XBB est préoccupante, car son potentiel d’échappement immunitaire et sa résistance au traitement par les anticorps monoclonaux seraient supérieurs à ceux de toutes les autres sous-lignées émergentes connues, incluant BA.2.75.2, BQ.1 et BQ.1.1. Dans la littérature, il n’y a pas d’études sur la virulence des cas et l’efficacité des vaccins. Toutefois, les données sanitaires de Singapour et d’Inde (c-à-d., les taux d’hospitalisation et de décès) semblent montrer qu’il n’y a pas de changement dans la virulence ni sur la protection conférée par les vaccins contre les infections graves. Par ailleurs, les nouvelles mutations acquises par ces sous-lignées ne semblent pas non plus affecter l’efficacité des traitements antiviraux (excluant les anticorps monoclonaux) approuvés contre la COVID-19.

Quatre autres variants préoccupants, Alpha (B.1.1.7 et sous-lignées Q.*), Bêta (B.1.351 et sous-lignées B.1.351*), Gamma (P.1 et sous-lignées P.1.*) et Delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*) ont été rétrogradés car ils ne sont plus en circulation.

Variant Alpha (B.1.1.7 et sous-lignées Q.*)

Émergence : Royaume-Uni, septembre 2020
Présence au Québec entre le 20 décembre 2020 et le 20 septembre 2021

Entre les mois de février et juin 2021, le variant Alpha a été responsable de la plupart des nouvelles infections dans plusieurs pays à travers le monde, dont le Canada. Selon certaines études, il serait de 1,4 à 1,8 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,7 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres souches du virus alors en circulation. Toutefois, ce variant n'est généralement pas associé à un risque accru de maladie grave et de mortalité. D’autres études sont nécessaires pour confirmer ces résultats. Par ailleurs, le risque de réinfection par le variant Alpha serait similaire à celui des autres variants communs.

Selon les études cliniques, les vaccins contre la COVID‑19 seraient tout aussi efficaces contre les infections (vaccins à ARNm, 70 à 100 %), les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 92 à 98 %) et les décès (vaccin à ARNm, 91 à 98 %) causés par ce variant.

Variant Bêta (B.1.351 et sous lignées B.1.351.*)

Émergence : Afrique du Sud, octobre 2020
Présence au Québec entre le 9 février et le 18 septembre 2021

Le variant Bêta serait 1,5 fois plus transmissible que les autres variants communs. Il aurait causé une augmentation de la mortalité en milieu hospitalier durant la deuxième vague (comparativement à la première) en Afrique du Sud. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant en Afrique du Sud sont limitées. Des données européennes, rapportent que ce variant serait 3,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccin à ARNm, 84 à 88 %) et les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 96 %) causées par ce variant.

Variant Gamma (P.1 et sous lignées P.1*)

Émergence : Brésil, janvier 2021
Présence au Québec entre le 6 mars et le 22 septembre 2021

Le variant Gamma a été identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil qui ont été testés lors d'un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, au début janvier 2021. Les études menées au Brésil (ville de Manaus), ont établi que le variant Gamma serait de 1,8 à 2,5 fois plus transmissible que les variants communs. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant au Brésil sont limitées. Selon des données européennes, il serait 2,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) que les autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccins à ARNm, 84 à 88 %) causées par ce variant.

Variant Delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*)

Émergence : Inde, septembre 2020
Présence au Québec entre le 26 avril 2021

Le variant Delta a été identifié pour la première fois en Inde en septembre 2020 et il a été dominant entre la fin juillet et la mi-décembre 2021 au Québec. Comparativement au variant Alpha, le variant Delta serait de 1,4 à 1,6 fois plus transmissible et de 1,5 à 2,2 fois plus virulent (risque d'hospitalisation ou d’admission aux soins intensifs) chez des individus majoritairement non vaccinés.

L’efficacité des vaccins approuvés au Canada pour prévenir les infections symptomatiques liées au variant Delta demeure élevée (vaccin à ARNm, 87 à 88 %), mais semble diminuée par rapport au variant Alpha. Une haute efficacité vaccinale contre les hospitalisations liées au variant delta est toutefois maintenue (75 à 97 %).

Pour en savoir plus :
Revue de la littérature scientifique sur le variant delta : transmission, virulence et efficacité vaccinale


Variants recombinants

Une lignée recombinante se produit lorsqu’un individu est infecté par deux ou plusieurs lignées du SRAS-CoV-2 en même temps, ce qui peut entraîner un mélange de leur matériel génétique. Par la suite, la combinaison de ces deux lignées peut être transmise à un autre individu. La recombinaison est un mécanisme commun chez les coronavirus, en contexte de circulation élevée de différentes lignées. Parmi les recombinants récemment documentés, on observe des recombinants Delta-Omicron et des recombinants entre des sous-lignées d’Omicron.

Le variant XE est un recombinant des sous-lignées BA.1 et BA.2 d’Omicron. Ce recombinant a été détecté, entre autres au Royaume-Uni, en Irlande et en Israël. Des études internationales sont en cours, mais jusqu’à maintenant, aucun changement dans la gravité de la maladie n’a été observé pour ces recombinants.


Définitions

Criblage : Analyse ciblant des mutations spécifiques ou communes à un variant.

Génome : L'ensemble de l’information génétique d'un organisme.

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Sous-lignée : Subdivision d’une lignée descendant également d’une même souche ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Pour en savoir plus

Nouvelles de l'INSPQ

Dernière mise à jour : 

9 novembre 2022