Les variants du SRAS-CoV-2

La vigie des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS‑CoV‑2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID‑19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de vigie génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2, afin d’évaluer leurs impacts, entre autres sur le dépistage, la transmission, la gravité de la COVID‑19 et la réponse aux vaccins.

L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations. Ces mutations sont des erreurs de copie, et la plupart sont sans conséquence. Mais avec le temps, lorsqu’un nouvel assortiment de mutations se retrouve dans plusieurs virus de SRAS‑CoV‑2 et constitue un groupe homogène, on parle alors de nouveau variant ou nouvelle lignée du virus. Ces changements sont normaux dans l’évolution du virus et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

Durant la première vague de la COVID 19, la plupart des mutations détectées ne semblent pas avoir eu d’impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines se répandent, car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, cinq variants du SRAS CoV 2 ont émergé et ont été classés comme préoccupants par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) : Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Omicron. Ces variants et leurs sous-lignées font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils sont plus contagieux, échappent à l’immunité post-infection et vaccination et sont parfois associés à un risque accru de maladie grave (hospitalisation) comparativement aux autres variants en circulation dans le monde.

Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations susceptibles de modifier ses caractéristiques virologiques ou impacts épidémiologiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus. Pour l’analyse, des arbres phylogénétiques sont créés afin d’observer les différentes branches (ou lignées) du SRAS‑CoV‑2 qui découlent de la souche initiale.

Au Québec, dans le cadre de la vigie génomique du SRAS‑CoV‑2, les variants qui font l’objet d’une attention particulière sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous). Les autres variants en circulation ne font pas l’objet d’une action rehaussée de santé publique, mais sont suivis pour détecter l’émergence d’un nouveau variant indigène ou importé.

Lorsqu’un échantillon clinique est positif pour la COVID 19 et que la charge virale est suffisamment élevée, des analyses supplémentaires (criblage ou séquençage du génome entier) peuvent être réalisées par les laboratoires de biologie médicale désignés du réseau de la santé pour déterminer s’il s’agit d’un variant préoccupant ou d’intérêt.

La vigie des variants du SRAS‑CoV‑2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de surveillance des variants de la COVID‑19 au Québec. Ce programme démarré dès avril 2020 et rehaussé en janvier 2021 visait à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 par détection d’acides nucléiques d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, une portion représentative de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter de nouveaux variants susceptibles de nécessiter une intervention de santé publique. Le LSPQ fait aussi du séquençage aléatoire d’une proportion des échantillons positifs confirmés en laboratoire, ainsi que du séquençage ciblé, entre autres chez les cas jugés prioritaires tels que les voyageurs en provenance de l’extérieur du Canada et certains cas provenant d’éclosions.

Identifier les variants : le criblage et le séquençage

Une partie des échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 peut faire l’objet d’analyses complémentaires afin d’identifier la présence ou non de variants préoccupants. Des techniques de criblage utilisant les tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) ont été largement utilisées au Québec afin de détecter rapidement les mutations dites « signatures » de certains variants. Le criblage a permis de suivre l’émergence de nouveaux variants sur le territoire, notamment la montée fulgurante du variant Omicron qui est devenu dominant au Québec en décembre 2021. Actuellement, le criblage n’est plus utilisé couramment pour suivre la prévalence des variants préoccupants, au profit des analyses de séquençage génomique qui permettent d’identifier toutes les mutations du virus.

Le séquençage d’une partie des échantillons positifs pour la COVID‑19 est une activité essentielle pour dresser le portrait temporel et spatial des variants circulant au Québec. Elle permet aussi d’identifier les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques du virus.

Il faut savoir que le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder l’ensemble du génome viral et d’identifier la lignée d’appartenance du variant.

La recherche scientifique sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et caractériser les réinfections présumées et les échecs vaccinaux au Québec.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogenèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Les experts réalisent aussi une veille des études scientifiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2 identifiés ailleurs dans le monde.

Données sur les variants de SRAS‑CoV‑2

L’INSPQ publie de manière hebdomadaire une mise à jour des données sur les variants.

Variants préoccupants

 

Actuellement, Omicron (lignée parentale B.1.1.529) et ses sous-lignées sont considérés comme des variants préoccupants et font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des impacts qu’ils peuvent avoir sur l’évolution de la pandémie de la COVID-19. Pour plus d’informations, consultez la page Classification des variants du SRAS-CoV-2 au Québec.

Variants recombinants

Une lignée recombinante peut se produire lorsqu’un individu est infecté par deux ou plusieurs lignées du SRAS-CoV-2 en même temps. Par la suite, cette lignée recombinante peut être transmise à un ou plusieurs autres individus, notamment si cette lignée présente un avantage de croissance. La recombinaison génétique est un mécanisme commun chez les coronavirus, en contexte de co-circulation élevée de différentes lignées. Parmi les recombinants récemment documentés, on observe des recombinants Delta-Omicron et des recombinants entre des sous-lignées d’Omicron.

Définitions

Criblage : Analyse ciblant des mutations spécifiques ou communes à un variant.

Génome : L’ensemble de l’information génétique d'un organisme.

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Sous-lignée : Subdivision d’une lignée descendant également d’une même souche ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Pour en savoir plus

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