Les variants du SRAS-CoV-2

La vigie des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS‑CoV‑2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID‑19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de vigie génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2, afin d’évaluer leurs impacts, entre autres sur le dépistage, la transmission, la gravité de la COVID‑19 et la réponse aux vaccins.

L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations. Ces mutations sont des erreurs de copie, et la plupart sont sans conséquence. Mais avec le temps, lorsqu’un nouvel assortiment de mutations se retrouve dans plusieurs virus de SRAS‑CoV‑2 et constitue un groupe homogène, on parle alors de nouveau variant ou nouvelle lignée du virus. Ces changements sont normaux dans l’évolution du virus et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

Durant la première vague de la COVID 19, la plupart des mutations détectées ne semblent pas avoir eu d’impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines se répandent, car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, cinq variants du SRAS CoV 2 ont émergé et ont été classés comme préoccupants par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) : Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Omicron. Ces variants et leurs sous-lignées font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils sont plus contagieux, échappent à l’immunité post-infection et vaccination et sont parfois associés à un risque accru de maladie grave (hospitalisation) comparativement aux autres variants en circulation dans le monde.

Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations susceptibles de modifier ses caractéristiques virologiques ou impacts épidémiologiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus. Pour l’analyse, des arbres phylogénétiques sont créés afin d’observer les différentes branches (ou lignées) du SRAS‑CoV‑2 qui découlent de la souche initiale.

Au Québec, dans le cadre de la vigie génomique du SRAS‑CoV‑2, les variants qui font l’objet d’une attention particulière sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous). Les autres variants en circulation ne font pas l’objet d’une action rehaussée de santé publique, mais sont suivis pour détecter l’émergence d’un nouveau variant indigène ou importé.

Lorsqu’un échantillon clinique est positif pour la COVID 19 et que la charge virale est suffisamment élevée, des analyses supplémentaires (criblage ou séquençage du génome entier) peuvent être réalisées par les laboratoires de biologie médicale désignés du réseau de la santé pour déterminer s’il s’agit d’un variant préoccupant ou d’intérêt.

La vigie des variants du SRAS‑CoV‑2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de surveillance des variants de la COVID‑19 au Québec. Ce programme démarré dès avril 2020 et rehaussé en janvier 2021 visait à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 par détection d’acides nucléiques d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, une portion représentative de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter de nouveaux variants susceptibles de nécessiter une intervention de santé publique. Le LSPQ fait aussi du séquençage aléatoire d’une proportion des échantillons positifs confirmés en laboratoire, ainsi que du séquençage ciblé, entre autres chez les cas jugés prioritaires tels que les voyageurs en provenance de l’extérieur du Canada et certains cas provenant d’éclosions.

Identifier les variants : le criblage et le séquençage

Une partie des échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 peut faire l’objet d’analyses complémentaires afin d’identifier la présence ou non de variants préoccupants. Des techniques de criblage utilisant les tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) ont été largement utilisées au Québec afin de détecter rapidement les mutations dites « signatures » de certains variants. Le criblage a permis de suivre l’émergence de nouveaux variants sur le territoire, notamment la montée fulgurante du variant Omicron qui est devenu dominant au Québec en décembre 2021. Actuellement, le criblage n’est plus utilisé couramment pour suivre la prévalence des variants préoccupants, au profit des analyses de séquençage génomique qui permettent d’identifier toutes les mutations du virus.

Le séquençage d’une partie des échantillons positifs pour la COVID‑19 est une activité essentielle pour dresser le portrait temporel et spatial des variants circulant au Québec. Elle permet aussi d’identifier les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques du virus.

Il faut savoir que le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder l’ensemble du génome viral et d’identifier la lignée d’appartenance du variant.

La recherche scientifique sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et caractériser les réinfections présumées et les échecs vaccinaux au Québec.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogenèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Les experts réalisent aussi une veille des études scientifiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2 identifiés ailleurs dans le monde.

Données sur les variants de SRAS‑CoV‑2

L’INSPQ publie de manière hebdomadaire une mise à jour des données sur les variants.

Variants préoccupants

 

Actuellement, Omicron (lignée parentale B.1.1.529) et ses sous-lignées sont considérés comme des variants préoccupants et font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des impacts qu’ils peuvent avoir sur l’évolution de la pandémie de la COVID-19. Pour plus d’informations, consultez la page Classification des variants du SRAS-CoV-2 au Québec.

Variant Omicron (B.1.1.529 et sous lignées)

Émergence : plusieurs pays, novembre 2021
Présence au Québec depuis le 29 novembre 2021

Le variant Omicron a rapidement supplanté le variant Delta et il est désormais largement dominant au Québec. Ce variant inquiète en raison des nombreuses mutations dans son génome, dont une trentaine dans la protéine de spicule. Plusieurs de ces mutations sont associées à une infectiosité accrue ou à un échappement immunitaire, c’est-à-dire une résistance partielle aux anticorps induits par la vaccination ou par une infection antérieure par un autre variant du SRAS-CoV-2.

BA.5 : sous-lignée dominante durant la 7e vague

La sous-lignée BA.5 a été identifiée pour la première fois en Afrique du Sud en janvier 2022. BA.5 est 1,2 fois plus transmissible que BA.2. Le risque d’hospitalisation associé à BA.5 était similaire à celui lié à BA.2. Les études de laboratoire ont montré que BA.5 a un potentiel d’échappement immunitaire supérieur à BA.2 (jusqu’à 5 fois). Toutefois, la vaccination demeure efficace pour prévenir les formes graves de la maladie (hospitalisation et décès) liées à cette sous-lignée.

Pour en savoir plus : Sous-lignées BA.4 et BA.5 du variant Omicron du SRAS-CoV-2

CH.1.1 : nouvelle sous-lignée sous vigie rehaussée

CH.1.1, une sous-lignée de BA.2.75.3, a été détectée pour la première fois en Autriche (août 2022) et elle est en progression dans plusieurs pays (incluant le Canada), notamment en Europe. CH.1.1 est sous surveillance par l’OMS. En Angleterre, cette sous-lignée montre un taux de croissance 1,2 supérieur à celui de BQ.1.1. Les données de laboratoire montrent que CH.1.1 a un potentiel d’échappement immunitaire plus élevé que celui de BA.5 et XBB.1.5 et une haute résistance aux traitements par les anticorps monoclonaux. Dans la littérature, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence des cas liés à CH.1.1 comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

BQ.1 et BQ.1.1 : sous-lignées sous vigie rehaussée

La sous-lignée BQ.1 (descendante de BA.5) semble avoir émergée en Afrique (Nigéria) en juillet 2022. Depuis, elle a été rapportée dans de nombreux pays à travers le monde, incluant le Canada. Les données disponibles sur BQ.1 et BQ.1.1 montrent un taux de croissance supérieur à celui de BA.5, notamment en Europe et en Amérique du Nord où elles sont devenues dominantes. Les sous-lignées BQ.1 et BQ.1.1 possèdent des mutations additionnelles clés dans la protéine de spicule (notamment K444T, N460K et N346T). Selon plusieurs études de laboratoire, ces mutations augmentent, d’une part, leur échappement à l’immunité induite par la vaccination avec ou sans une infection antérieure (l’échappement de BQ.1.1 étant supérieur à celui de BQ.1) et, d’autre part, leur résistance aux traitements par les anticorps monoclonaux. Toutefois, les autres types de traitements antiviraux demeureraient efficaces contre BQ.1.1. Dans la littérature, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence des cas liés à BQ.1* et BQ.1.1 ni dans l’efficacité des vaccins comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

XBB et sous-lignées : sous-lignées sous vigie rehaussée

La sous-lignée XBB est un recombinant des sous-lignées BJ.1 (descendante de BA.2.10.1) et BM.1.1.1 (descendante de BA.2.75). Elle aurait possiblement émergé en Asie (Singapour) en août 2022 et est devenue dominante à Singapour, en Malaisie et en Inde. Récemment, XBB a acquis de nouvelles mutations dans la protéine de spicule, incluant G252V (XBB.1). La sous-lignée XBB a un taux de croissance supérieur à celui de BA.5. XBB est préoccupante, car selon plusieurs études de laboratoire sa capacité d’échappement immunitaire et sa résistance aux traitements par les anticorps monoclonaux sont supérieures à celles de BA.5. Toutefois, les autres types de traitements antiviraux demeureraient efficaces contre XBB. Dans la littérature, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence des cas liés à XBB comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

XBB.1.5 : sous-lignée sous vigie rehaussée

XBB.1.5, une sous-lignée de XBB, a été détectée pour la première fois aux États-Unis (octobre 2022), où elle est devenue dominante en remplacement de BQ.1 et BQ.1.1. XBB.1.5 a été rapportée dans de nombreux pays, incluant le Canada, et sa prévalence mondiale est en progression. Actuellement, à travers le monde, cette sous-lignée présente un taux de croissance hebdomadaire supérieur à celui de XBB.1 et BQ.1.1. Selon les données de laboratoires, la capacité d’échappement immunitaire et de résistance aux traitements par les anticorps monoclonaux est supérieure à celles de BA.5 et comparable à celles de XBB.1. Les vaccins bivalents semblent être plus immunogéniques que les vaccins monovalents contre XBB.1.5. Dans la littérature, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence des cas liés à XBB.1.5 comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

XBB.1.9 : sous-lignée sous vigie rehaussée

XBB.1.9, une sous-lignée de XBB, a été détectée pour la première fois en septembre 2022 et elle est en progression dans plusieurs pays (incluant le Canada), notamment en Europe. Le taux de croissance de XBB.1.9 est supérieur de 22 % à celui de XBB.1.5*. Il n’y a pas de données probantes quant à son échappement aux anticorps. Dans la littérature, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence de XBB.1.9 comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

XBB.1.16 : nouvelle sous-lignée sous vigie rehaussée

XBB.1.16, une sous-lignée de XBB, a été détectée pour la première fois en Inde en janvier 2023 et elle est en progression aux États-Unis et en Asie. À l’échelle internationale, cette sous-lignée présente un taux de croissance hebdomadaire supérieur à celui de XBB.1.5 (+36 %). Les caractéristiques virologiques de XBB.1.16, telles que le potentiel d’échappement aux anticorps induits par une immunité hybride et la sensibilité aux anticorps monoclonaux, semblent être comparables à celles de XBB.1.5 (données de laboratoire). Selon des données préliminaires, une infection à XBB.1.16 pourrait s’accompagner d’une conjonctivite non purulente chez les enfants. Toutefois, il n’y a pas d’indication d’un changement de la virulence de XBB.1.16 comparativement à d’autres sous-lignées d’Omicron.

FD.1.1 : nouvelle sous-lignée sous vigie rehaussée

FD.1.1 est une sous-lignée de XBB.1.5 qui a été détectée pour la première fois au Canada en janvier 2023. À l’échelle internationale, cette sous-lignée présente un taux de croissance hebdomadaire supérieur à celui de XBB.1.5 (+31 %). FD.1.1 présente une mutation additionnelle dans la protéine de spicule (mutation F456L) qui, selon des données préliminaires, induit un échappement aux anticorps monoclonaux de classe I (efficaces contre XBB.1.5). Des études sont requises pour évaluer l’efficacité vaccinale contre FD.1.1 et la gravité de la maladie liée à cette nouvelle sous-lignée.

Quatre autres variants préoccupants, Alpha (B.1.1.7 et sous-lignées Q.*), Bêta (B.1.351 et sous-lignées B.1.351*), Gamma (P.1 et sous-lignées P.1.*) et Delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*) ont été rétrogradés car ils ne sont plus en circulation.

Variant Alpha (B.1.1.7 et sous-lignées Q.*)

Émergence : Royaume-Uni, septembre 2020
Présence au Québec entre le 20 décembre 2020 et le 20 septembre 2021

Entre les mois de février et juin 2021, le variant Alpha a été responsable de la plupart des nouvelles infections dans plusieurs pays à travers le monde, dont le Canada. Selon certaines études, il serait de 1,4 à 1,8 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,7 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres souches du virus alors en circulation. Toutefois, ce variant n'est généralement pas associé à un risque accru de maladie grave et de mortalité. D’autres études sont nécessaires pour confirmer ces résultats. Par ailleurs, le risque de réinfection par le variant Alpha serait similaire à celui des autres variants communs.

Selon les études cliniques, les vaccins contre la COVID‑19 seraient tout aussi efficaces contre les infections (vaccins à ARNm, 70 à 100 %), les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 92 à 98 %) et les décès (vaccin à ARNm, 91 à 98 %) causés par ce variant.

Variant Bêta (B.1.351 et sous lignées B.1.351.*)

Émergence : Afrique du Sud, octobre 2020
Présence au Québec entre le 9 février et le 18 septembre 2021

Le variant Bêta serait 1,5 fois plus transmissible que les autres variants communs. Il aurait causé une augmentation de la mortalité en milieu hospitalier durant la deuxième vague (comparativement à la première) en Afrique du Sud. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant en Afrique du Sud sont limitées. Des données européennes, rapportent que ce variant serait 3,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccin à ARNm, 84 à 88 %) et les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 96 %) causées par ce variant.

Variant Gamma (P.1 et sous lignées P.1*)

Émergence : Brésil, janvier 2021
Présence au Québec entre le 6 mars et le 22 septembre 2021

Le variant Gamma a été identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil qui ont été testés lors d'un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, au début janvier 2021. Les études menées au Brésil (ville de Manaus), ont établi que le variant Gamma serait de 1,8 à 2,5 fois plus transmissible que les variants communs. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant au Brésil sont limitées. Selon des données européennes, il serait 2,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) que les autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccins à ARNm, 84 à 88 %) causées par ce variant.

Variant Delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*)

Émergence : Inde, septembre 2020
Présence au Québec entre le 26 avril 2021

Le variant Delta a été identifié pour la première fois en Inde en septembre 2020 et il a été dominant entre la fin juillet et la mi-décembre 2021 au Québec. Comparativement au variant Alpha, le variant Delta serait de 1,4 à 1,6 fois plus transmissible et de 1,5 à 2,2 fois plus virulent (risque d'hospitalisation ou d’admission aux soins intensifs) chez des individus majoritairement non vaccinés.

L’efficacité des vaccins approuvés au Canada pour prévenir les infections symptomatiques liées au variant Delta demeure élevée (vaccin à ARNm, 87 à 88 %), mais semble diminuée par rapport au variant Alpha. Une haute efficacité vaccinale contre les hospitalisations liées au variant delta est toutefois maintenue (75 à 97 %).

Pour en savoir plus :
Revue de la littérature scientifique sur le variant delta : transmission, virulence et efficacité vaccinale

Variants recombinants

Une lignée recombinante peut se produire lorsqu’un individu est infecté par deux ou plusieurs lignées du SRAS-CoV-2 en même temps. Par la suite, cette lignée recombinante peut être transmise à un ou plusieurs autres individus, notamment si cette lignée présente un avantage de croissance. La recombinaison génétique est un mécanisme commun chez les coronavirus, en contexte de co-circulation élevée de différentes lignées. Parmi les recombinants récemment documentés, on observe des recombinants Delta-Omicron et des recombinants entre des sous-lignées d’Omicron.

Définitions

Criblage : Analyse ciblant des mutations spécifiques ou communes à un variant.

Génome : L’ensemble de l’information génétique d'un organisme.

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Sous-lignée : Subdivision d’une lignée descendant également d’une même souche ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Pour en savoir plus

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