Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Le mercredi, toutes les deux semaines, cette page diffuse de l'information sur la proportion de cas de variants du SRAS-CoV-2 issus du séquençage. Ces cas ne concernent que les cas confirmés en laboratoire par test TAAN qui ont fait l’objet d’un séquencage . À noter que depuis le début janvier 2022, l’accès au dépistage est restreint à certains groupes prioritaires. Voir la page Méthodologie des données, section Dépistage, pour plus de détails.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite de validations ou d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques.

Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, par période de deux semaines au cours des 12 dernières semaines

Ce graphique présente des lignées sous vigie rehaussée et, le cas échéant, leurs sous-lignées associées lorsque identifiées par une étoile (*). Les lignées sont mutuellement exclusives. De plus, ces données sont différentes du tableau des proportions présenté ci-dessous pour lequel les lignées ne sont pas agrégées (aucune étoile *). Voir "À propos des données" pour plus de précisions. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron.

 

(*) L’étoile désigne les sous-lignées associées à la sous-lignée parentale. Ex. XBB.1.5* correspond à la sous-lignée XBB.1.5 et les sous-lignées commençant par XBB.1.5, comme XBB.1.5.7.

Proportion dans les deux dernières semaines et évolution des sous-lignées par période de deux semaines au cours des 12 dernières semaines

Sous-lignées représentant au moins 1% des cas séquencés pour une période de deux semaines, au cours des douze dernières semaines

Les échelles varient d’un graphique à l’autre. Il est donc important de tenir compte des proportions affichées dans les infobulles pour l’interprétation des figures et la comparaison de l’évolution entre les sous-lignées.

Les sous-lignées présentées sont uniques et non agrégées. Ne pas comparer avec le graphique ci-dessus où les sous-lignées peuvent être agrégées. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron. Voir "À propos des données" pour plus de précisions sur les sous-lignées.

La proportion présentée est celle de la période de deux semaines débutant le  .

Sous-lignée  Proportion  Évolution
Précisions méthodologiques
  • Les données de séquençage présentées sont représentatives des lignées circulantes en communauté.
  • À l'été 2023, un délai supplémentaire d’une semaine a été introduit pour permettre un nombre suffisant de séquences dans les données présentées.

  • Voici les lignées et leurs sous-lignées associées du 1er graphique « Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, au cours des 12 dernières semaines » :

    • BA.5* : Lignée BA.5 et toutes sous-lignées commençant par BA.5.*, BE.*, BF.*, BK.*, BQ.*, BT.*, BU.*, BV.*, BW.*, CC.*, CE.*, CK.*, CL.*, CN.*, CP.*, CR.*, DB.*, DE.*, DF.*, DJ.*, DL.*, DG* et DY.*, sauf BF.7, BQ.1 et leurs sous-lignées.
    • BQ.1* : Sous-lignée BQ.1 et toute s sous-lignées commençant par BQ.1*, sauf BQ.1.1 et ses sous-lignées.
    • BQ.1.1 et sous-lignées : Lignée BQ.1.1 et toutes sous-lignées commençant par BQ.1.1.*, DR.*, ED.*, DN.*, DT.*, DU.*, EA.*, EF.*, EE.*, ES.*, EW.* et EZ.*
    • CH.1.1* : Sous-lignée CH.1.1 et toutes sous-lignées commençant par CH.1.1.* et DV.*, FJ.*, FK.* et GP.*.
    • FD.1.1* : Sous-lignée FD.1.1 et toutes sous-lignées commençant par FD.1.1.*
    • EG.5.1* : Sous-lignée EG.5.1 et toutes sous-lignées commençant par EG.5.1.*
    • XBB* : Sous-lignée XBB et toutes sous-lignées commençant par XBB*, FE.*, FP.*, FY.*, GA.*, GE.*, GH.* et GJ.*, sauf XBB1.16, XBB.1.5, XBB.1.9 et leurs sous-lignées.
    • XBB.1.16* : Sous-lignée XBB.1.16 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.16.* et FU.*
    • XBB.1.5* : Sous-lignée XBB.1.5 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.5.*, EK.*, EL.*, EM.*, EU.*, FD.*, FG, FH.*, FT.*, FZ.*, GB.*, GK.*, GR.* et GU.*, sauf FD.1.1 et ses sous-lignées.
    • XBB.1.9* : Sous-lignée XBB.1.9 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.9.*, EG.*, FL.* et GD.*, sauf EG.5.1 et ses sous-lignées.
    • BA.2.86 * : Sous-lignée BA.2.86 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.86*.
    • Autres : tous les autres résultats du séquençage, incluant les BA.1*, les lignées multiples BA.1-BA.2, les recombinants BA.1-BA.2, XAC, XAE, XAJ, XAY.3, XAZ, XBE, XBF, XBM, XE et leurs sous-lignées (comprend aussi BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 (non BA.4.6) et leurs sous-lignées associées à partir du 8 janvier 2023, BA.2.75, BA.4.6 et BF.7 et leurs sous-lignées associées à partir du 19 mars 2023 et BA.5, BQ.1 et BQ.1.1 et leurs sous-lignées associées à partir du 11 juin 2023)
  • Attention : Le premier graphique ne peut être comparé avec des versions publiées antérieurement car les périodes de présentation ont été ajustées et des sous-lignées pourraient avoir été retranchées ou ajoutées à des sous-lignées « mères ».
  • Attention de pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre le graphique et le tableau. Le graphique agrège les sous-lignées (représentées par une *) tandis que le tableau présente les sous-lignées uniques et non agrégées.
  • Les données du graphique et du tableau sont issues du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté. Ils présentent l’évolution de tous les variants en circulation au Québec et pas seulement les variants sous vigie rehaussée.
  • Pour le tableau, chacun des variants affichés représente 1 % ou plus de l’ensemble des variants séquencés pour au moins une période de deux semaines au cours des dernières 12 semaines. Toutes les sous-lignées sont mutuellement exclusives pour le tableau.
  • La prévalence des sous-lignées est sujette à beaucoup de variabilité en raison du faible nombre de séquences disponibles; la prudence est de mise pour leur interprétation temporelle.
  • Les données sont présentées par périodes de deux semaines CDC du prélèvement. Les semaines CDC débutent le dimanche.
  • Le tableau de classification des variants du SRAS-CoV-2 a été révisé et est maintenant disponible ici.
  • Depuis le 8 janvier 2023, les catégories BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 (non BA.4.6) et leurs sous-lignées associées ont été rétrogradées de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie « Autres »
  • Le 20 janvier 2023, la catégorie CH.1.1 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Depuis le 19 mars 2023, les catégories BA.2.75, BA.4.6 et BF.7 et leurs sous-lignées associées ont été rétrogradées de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie « Autres »
  • Le 24 mars 2023, la catégorie XBB.1.9 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Le 14 avril 2023, la catégorie XBB.1.16 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Le 28 avril 2023, la catégorie FD.1.1 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Depuis le 11 juin 2023, les catégories BA.5, BQ.1 et BQ.1.1 et leurs sous-lignées associées ont été rétrogradées de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie « Autres »
  • Le 4 août 2023, la catégorie EG.5.1 et ses sous-lignées (aussi surnommée "Eris") a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date..
  • Le 18 août 2023, la catégorie BA.2.86 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Attention : Le « BA.5 * » n’est pas comparable avec les données diffusées dans les semaines précédentes car quelques-unes de ses sous-lignées ont été retranchées pour pouvoir les suivre séparément (BF.7*, BQ.1* et BQ.1.1*).
  • Au graphique 1, attention de ne pas comparer une lignée parentale entre les mises à jour car parfois certaines sous-lignées lui sont retranchées pour pouvoir les suivre séparément.
  • Attention de pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre le graphique et le tableau. Le graphique agrège les sous-lignées (représentées par une *) tandis que le tableau présente les sous-lignées uniques et non agrégées.
  • Les données du graphique et du tableau sont issues du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté. Ils présentent l’évolution de tous les variants en circulation au Québec et pas seulement les variants sous vigie rehaussée.
  • Pour le tableau, chacun des variants affichés représente 1 % ou plus de l’ensemble des variants séquencés pour au moins une des dernières 6 semaines. Les variants représentant moins de 1 % pour les 6 semaines affichées sont agrégés dans la catégorie « Autres ». Toutes les sous-lignées sont mutuellement exclusives pour le tableau.
  • La prévalence des sous-lignées dont la prévalence est de 2,5% ou moins estsont sujettes à beaucoup de variabilité; la prudence est de mise pour leur interprétation temporelle.
  • Les données sont présentées selon la semaine CDC du prélèvement. La date affichée pour la présentation par semaine est le dimanche, soit la date de début de la semaine CDC.
  • Le tableau de classification des variants du SRAS-CoV-2 a été révisé et est maintenant disponible ici.

Séquençage

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour suivre l’évolution des variants circulants au Québec.

Seuls les résultats du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté sont présentés sur la page.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) ainsi que les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour en suivre son évolution au Québec.

Seuls les résultats du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté sont présentés sur la page.

Sources des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi