Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Le mercredi, toutes les deux semaines, cette page diffuse de l'information sur la proportion de cas de variants du SRAS-CoV-2 issus du séquençage. Ces cas ne concernent que les cas confirmés en laboratoire par test TAAN qui ont fait l’objet d’un séquencage . À noter que depuis le début janvier 2022, l’accès au dépistage est restreint à certains groupes prioritaires. Voir la page Méthodologie des données, section Dépistage, pour plus de détails.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite de validations ou d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques.

Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, par période de deux semaines au cours des 12 dernières semaines

Ce graphique présente des lignées sous vigie rehaussée et, le cas échéant, leurs sous-lignées associées lorsque identifiées par une étoile (*). Les lignées sont mutuellement exclusives. De plus, ces données sont différentes du tableau des proportions présenté ci-dessous pour lequel les lignées ne sont pas agrégées (aucune étoile *). Voir "À propos des données" pour plus de précisions. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron.

 

(*) L’étoile désigne les sous-lignées associées à la sous-lignée parentale. Ex. XBB.1.5* correspond à la sous-lignée XBB.1.5 et les sous-lignées commençant par XBB.1.5, comme XBB.1.5.7.

Proportion dans les deux dernières semaines et évolution des sous-lignées par période de deux semaines au cours des 12 dernières semaines

Sous-lignées représentant au moins 1% des cas séquencés pour une période de deux semaines, au cours des douze dernières semaines

Les échelles varient d’un graphique à l’autre. Il est donc important de tenir compte des proportions affichées dans les infobulles pour l’interprétation des figures et la comparaison de l’évolution entre les sous-lignées.

Les sous-lignées présentées sont uniques et non agrégées. Ne pas comparer avec le graphique ci-dessus où les sous-lignées peuvent être agrégées. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron. Voir "À propos des données" pour plus de précisions sur les sous-lignées.

La proportion présentée est celle de la période de deux semaines débutant le  .

Sous-lignée Proportion Évolution

Précisions méthodologiques
  • Voici les lignées et leurs sous-lignées associées du 1er graphique « Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, au cours des 12 dernières semaines » :
    • CH.1.1* : Sous-lignée CH.1.1 et toutes sous-lignées commençant par CH.1.1.* et DV.*, FJ.*, FK.* et GP.*.
    • FD.1.1* : Sous-lignée FD.1.1 et toutes sous-lignées commençant par FD.1.1.*
    • EG.5.1* : Sous-lignée EG.5.1 et toutes sous-lignées commençant par EG.5.1.*, HK.*, HV.* et JG.* sauf HK.3, HV.1 et leurs sous-lignées.
    • HK.3* : Sous-lignée HK.3 et toutes sous-lignées commençant par HK.3.*
    • HV.1* : Sous-lignée HV.1 et toutes sous-lignées commençant par HV.1.* et KL.*JN.1* : Sous-lignée JN.1 et toutes sous-lignées commençant par JN.1.*
    • JN.1* : Sous-lignée JN.1 et toutes sous-lignées commençant par JN.1.*
    • XBB* : Sous-lignée XBB et toutes sous-lignées commençant par XBB*, FE.*, FP.*, FW.*, FY.*, GA.*, GE.*, GH.*, GJ.*, GM.*, GS.*, GW.* et HH.* sauf XBB1.16, XBB.1.5, XBB.1.9 et leurs sous-lignées.
    • XBB.1.16* : Sous-lignée XBB.1.16 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.16.*, FU.*,GY.*, HF.*, JF.* et JM.*.
    • XBB.1.5* : Sous-lignée XBB.1.5 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.5.*, EK.*, EL.*, EM.*, EU.*, FD.*, FG, FH.*, FT.*, FZ.*, GB.*, GF.*, GK.*, GN.*, GR.* ,GU.*, GV.*,HA.*, HC.*, HD.*, HJ.*, HP.*, HQ.*, HR.*, HS.*, HT.*, HY.*, HZ.*, JB.*, JD.*, JK.*, JZ.* et KA.*, sauf FD.1.1 et ses sous-lignées.
    • XBB.1.9* : Sous-lignée XBB.1.9 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.9.*, EG.*, FL.*,GD.*, HN.* et KC.*, sauf EG.5.1 et ses sous-lignées.
    • BA.2.86 * : Sous-lignée BA.2.86 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.86* et JN.*, sauf JN.1 et ses sous-lignées.
    • Autres : tous les autres résultats du séquençage, incluant les BA.1*, BA.2* (sauf BA.2.86), BA.4*, BA.5*, les lignées multiples BA.1-BA.2, les recombinants BA.1-BA.2, BF.7, BQ.1, BQ.1.1, FD.1.1 (à partir du 24 septembre 2023), XAC, XAE, XAJ, XAN, XAY, XAZ, XBC, XBE, XBF, XBL, XBM, XBR, XCF, XCH, XCK, XCL, XCP, XCR, XCV, XDA, XDD, XE, XU et leurs sous-lignées associées. • Attention : Le 1er graphique ne peut être comparé avec des versions publiées antérieurement car les périodes de présentation ont été ajustées et des sous-lignées pourraient avoir été retranchées ou ajoutées à des sous-lignées « mères ».
  • Attention de pas comparer les sous-lignées ayant un nom similaire entre le graphique 1 et 2. Le 1ergraphique agrège les sous-lignées (représentées par une *) tandis que le 2e présente les sous-lignées uniques et non agrégées.
  • Les données des deux graphiques sont issues du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté. Ils présentent l’évolution de toutes les sous-lignées en circulation au Québec et pas seulement les celles qui sont sous vigie rehaussée.
  • Pour le 2e graphique, chacune des sous-lignées affichées représente 1 % ou plus de l’ensemble des sous-lignées séquencées pour au moins une période de deux semaines au cours des dernières 12 semaines. Toutes les sous-lignées sont mutuellement exclusives pour le 2e graphique.
  • La prévalence des sous-lignées est sujette à beaucoup de variabilité en raison du faible nombre de séquences disponibles; la prudence est de mise pour leur interprétation temporelle.
  • Les données sont présentées par périodes de deux semaines CDC du prélèvement. Les semaines CDC débutent le dimanche.
  • Le 20 janvier 2023, la catégorie CH.1.1 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Le 24 mars 2023, la catégorie XBB.1.9 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Le 14 avril 2023, la catégorie XBB.1.16 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Le 28 avril 2023, la catégorie FD.1.1 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Le 4 août 2023, la catégorie EG.5.1 et ses sous-lignées (aussi surnommée "Eris") a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Le 18 août 2023, la catégorie BA.2.86 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée.
  • Depuis le 24 septembre 2023, la catégorie FD.1.1 et ses sous-lignées associées a été rétrogradée de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie parentale « XBB.1.5 et ses sous-lignées »
  • Le 10 novembre 2023, les catégories HK.3 et HV.1 et leurs sous-lignées ont été ajoutées aux sous-lignées sous vigie réhaussée et sont maintenant présentées distinctement dans le graphique 1. Leur historique est présentée avant cette date.
  • Le 8 décembre 2023, la catégorie JN.1 et ses sous-lignées a été ajoutée aux sous-lignées sous vigie réhaussée et est maintenant présentée distinctement dans le graphique 1. Son historique est présentée avant cette date.
  • Depuis le 28 janvier 2024, les catégories XBB.1.9, XBB.1.16, XBB. CH.1.1 et leurs sous-lignées associées ont été rétrogradées de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie « Autres »
  • Pour connaître l’historique des sous-lignées d’Omicron qui ont déjà été sous vigie rehaussée, consultez la page Les variants du SRAS-CoV-2.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour suivre l’évolution des variants circulants au Québec.

Seuls les résultats du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté sont présentés sur la page.

Sources des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi