Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Cette page diffuse de l'information sur les cas de variants préoccupants du SRAS-CoV-2, du lundi au vendredi. Ces cas sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. Les données de lignées d’intérêt ou non préoccupantes ne sont pas présentées.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie, de validations ou de mises à jour de l’information afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure. L’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants doit être interprétée avec prudence. Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.

En date du 18 octobre 2021, le criblage n’est plus pratiqué par les laboratoires en raison de la dominance marquée du variant delta. Les données de surveillance des variants ne présentent désormais que le portrait cumulatif des variants préoccupants et leur variation quotidienne à partir des résultats de séquençage, pour l’ensemble du Québec via les tuiles. Il est toutefois possible de consulter les graphiques antérieurs au 22 octobre dans les archives.
La page web sera révisée d’ici quelques semaines pour mieux refléter la nouvelle stratégie de surveillance des variants et l’évolution de la situation épidémiologique.

 
alpha (B.1.1.7)
 
bêta (B.1.351)
 
gamma (P.1)
 
delta (B.1.167.2)

À propos des tuiles

Les tuiles de cas de variants préoccupants selon la lignée sont des données cumulatives, avec une variation dans les dernières 24 h présentée entre parenthèses. La variation 24 h affichée le lundi est celle entre le dimanche et le lundi.

Les cas cumulatifs incluent les résultats de criblage et de séquençage pour le alpha et delta, mais à partir du 25 octobre, les nouveaux cas (variation 24 h) ne proviendront que des résultats du séquençage à cause de l’arrêt du criblage dans la semaine du 18 octobre 2021. Quant aux données de bêta et gamma, elles ne proviennent que du séquençage, même historiquement.

À partir de la mi-octobre 2021, les nouveaux cas de variants proviennent uniquement du séquençage. Voici les critères utilisés pour sélectionner les échantillons à séquencer :

  • Les voyageurs revenant d'une destination hors Canada;
  • Le séquençage aléatoire (environ 15-20 % de tous les prélèvements positifs excluant ceux d’un groupe ciblé);
  • Les échantillons ayant une charge virale suffisante.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques dans les archives.

Source des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi

Archives

Dû à l'évolution des processus de criblage et de séquençage, ainsi qu'à la situation épidémiologique (96,2 % des cas de variants sont identifiés delta pour la semaine du 10 octobre 2021), les graphiques suivants ne seront plus mis à jour pour l'instant.

La dernière mise à jour a été effectuée le 22 octobre 2021.

1.1 - Évolution hebdomadaire du nombre de cas de variants préoccupants selon la lignée parmi l’ensemble des cas de SRAS-CoV-2 au Québec et par RSS

Le nombre de cas confirmés et présomptifs de variants est toujours sous-estimé pour les semaines les plus récentes en raison d’un délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de génotypage (criblage et de séquençage).

Puisque les cas de variants préoccupants ne sont pas tous détectés, il n’est pas possible de déduire un taux de positivité aux variants préoccupants à partir des données de ce graphique. Les données ne sont pas affichées lorsque le nombre de cas est inférieur à 5 pour la semaine. Pour plus de détails, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.


 

La catégorie « Autres ou inconnus » équivaut à la différence entre le nombre total de cas détectés de SRAS-CoV-2 et le nombre des cas de variants préoccupants. Elle inclut les cas de variants non préoccupants, les cas non criblés ou non séquencés ainsi que les résultats de criblage invalides ou indéterminés.

1.2 - Évolution hebdomadaire de la proportion de variants préoccupants selon la lignée parmi les cas de SRAS-CoV-2 génotypés au Québec

Le génotypage correspond au criblage ou séquençage des échantillons.

 

La proportion du delta combine les résultats des delta confirmés et présomptifs.

La dernière mise à jour a été effectuée le 22 octobre 2021.

2.1 - Nombre cumulatif de cas de variants préoccupants au Québec par RSS depuis janvier 2021

Les données présentées au tableau et graphique 2.1 sont cumulatives depuis janvier 2021.

Pour plus de détails, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

Région sociosanitaire (RSS)
Alpha
Beta
Gamma
Delta confirmés
Delta présomptifs
Total
 

Le total des cas pour l’ensemble du Québec ne correspond pas toujours à la somme des cas dans les régions sociosanitaires (RSS) puisque la RSS est parfois inconnue ou que certaines personnes non résidentes ont été testées au Québec.

2.2 - Nombre cumulatif de cas de variants préoccupants au Québec par RSS pour les 8 dernières semaines

Les données présentées au graphique 2.2 sont cumulées pour la période du 22 août au 22 octobre 2021.

Pour plus de détails, consultez les précisions méthodologiques.

 

Le total des cas pour l’ensemble du Québec ne correspond pas toujours à la somme des cas dans les régions sociosanitaires (RSS) puisque la RSS est parfois inconnue ou que certaines personnes non résidentes ont été testées au Québec.

Au Québec et dans le reste du Canada, quatre variants sont préoccupants car un impact épidémiologique ou clinique a été démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale. Ces variants sont ceux des lignées :

  • alpha (B.1.1.7 et ses sous-lignées ayant émergé au Royaume-Uni);
  • bêta (B.1.351 et ses sous-lignées ayant émergé en Afrique du Sud);
  • gamma (P.1 et ses sous-lignées ayant émergé au Brésil);
  • delta (B.1.617.2 et ses sous-lignées ayant émergé en Inde).

Les données concernant les variants d’intérêts et d’autres variants communs qui ne sont pas considérés comme préoccupants ne sont pas diffusées sur cette page.

Depuis la mi-octobre 2021, et avant la mi-février 2021, seul le séquençage est utilisé pour détecter les variants préoccupants. Le criblage a été utilisé entre février et octobre 2021. Voir les sections archivées Évolution du nombre de cas de variants, Nombres cumulatifs de cas de variants et Chronologie des stratégies de criblage et de séquençage pour plus de détails.

La faisabilité du criblage et du séquençage dépend de plusieurs facteurs, dont la charge virale de l’échantillon et la surcharge des laboratoires. Ainsi, malgré tous les efforts qui ont été déployés pour cribler et séquencer le plus de cas possible, il reste une proportion importante de cas dont on ne peut identifier le variant.

Lignée préoccupante Confirmation de la lignée
alpha (B.1.1.7 ) Séquençage1
bêta (B.1.351 ) Séquençage
gamma (P.1 ) Séquençage
delta (B.1.617.2 ) Séquençage2

1. Du 11 avril au 9 septembre 2021, il a été possible de confirmer la lignée alpha par criblage. Elle a été la seule lignée préoccupante à pouvoir être confirmée par criblage. Depuis le 9 septembre 2021, cette lignée est uniquement identifiée par séquençage.
2. De mai à octobre 2021, il a été possible de détecter les cas delta présomptifs par criblage. Depuis le 18 octobre 2021, cette lignée est uniquement identifiée par séquençage.

Avertissement : Le criblage n’est plus pratiqué depuis la mi-octobre 2021.

À la suite de l’apparition de variants préoccupants à la fin de 2020 un peu partout dans le monde, une stratégie visant à analyser les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par test de criblage a été implantée en février 2021 au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations communes aux variants préoccupants. La détection de ces mutations par test de criblage est exécutée assez rapidement, soit 24 h à 72 h suivant le prélèvement initial. Le criblage permet aux directions régionales de santé publique de moduler leurs interventions et de suivre la propagation des variants préoccupants dans la province.

Les stratégies de criblage évoluent au fil du temps et influencent les données sur les variants. Voir la section « Chronologie des stratégies de criblage et de séquençage » ci-dessous pour plus de détails.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) et les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant afin de caractériser les lignées de variants circulant au Québec. Les résultats sont plus précis que ceux du criblage, mais les délais de réception de résultats sont plus longs (quelques semaines). Il est important de préciser que le portrait des données de séquençage est altéré par la stratégie d’échantillonnage qui n’est pas toujours réalisée sur une base aléatoire.

À la mi-octobre 2021, voici les critères utilisés pour sélectionner les échantillons à séquencer :

  • Les voyageurs revenant d'une destination hors Canada;
  • Le séquençage aléatoire (environ 15-20 % de tous les prélèvements positifs excluant ceux d’un groupe ciblé);
  • Les échantillons ayant une charge virale suffisante.

La stratégie de séquençage a changé dans le temps. Voir la section « Chronologie des stratégies de criblage et de séquençage » ci-dessous pour plus de détails. 

Il est cependant possible que certains échantillons positifs au criblage ne s’avèrent pas des variants préoccupants, selon les résultats de séquençage génomique (ex. variants d’intérêt ou autres variants).

Les stratégies de criblage et séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données. Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants :

  • Avant février 2021, le séquençage aléatoire était pratiqué.
  • Débutant le 14 février 2021, le criblage des mutations N501Y et del69/70 a permis de détecter la présence du variant alpha, dont les résultats sont considérés comme des « variants présomptifs ».
  • Entre la mi-février et le début avril, le criblage a été pratiqué sur tous les échantillons positifs ou presque. Et tous les échantillons positifs au criblage sont envoyés au séquençage. 
  • Au début avril, la cible E484K est ajoutée et permet d’identifier la présence potentielle des variants bêta et gamma.
  • Jusqu’à ce moment, la confirmation de ces 3 variants n’est alors officialisée que par séquençage.
  • Avril 2021 : début de la confirmation du variant alpha par criblage. Ces échantillons ne requéraient plus l’analyse par séquençage (sauf pour les cas issus de groupes ciblés comme les éclosions ou les voyageurs). Quant aux autres, les potentiels variants bêta et gamma sont considérés comme « positifs au criblage non alpha » et continuent d’être envoyés au séquençage, de même que les échantillons criblant négatif.
  • Au pic de la 3e vague (mi-avril 2021), le criblage n’a plus été pratiqué de façon systématique par certains laboratoires surchargés.
  • Au printemps 2021, l’arrivée du variant delta au Québec introduit un 2e criblage.
  • En mai, les cas négatifs aux trois mutations du premier criblage (N501Y, del69/70 et E484K) sont d’abord envoyés pour analyse de la cible L452R, commune au variant delta. Si elle est positive, les échantillons sont acheminés au séquençage pour confirmation. Seuls les échantillons confirmés par séquençage comme étant du delta sont alors comptabilisés.
  • En juin, le 2e criblage ajoute la mutation signature du variant delta, soit la P681R. Les cas positifs à cette cible sont alors considérés comme des variants delta présomptifs; ils sont tout de même envoyés au séquençage pour confirmation.
  • Pendant la grande majorité de l’année, le séquençage est priorisé pour les voyageurs, les cas provenant d’éclosions, les ré-infections, les infections post-vaccinales, ou les cas de maladie sévère.

  • En août 2021, le criblage de la cible L452R est retiré puisque l’identification repose entièrement sur la P681R.
  • Le 9 septembre 2021, le premier criblage des cibles N501Y, del69/70 et E484K est abandonné progressivement compte tenu de la diminution de la présence des variants alpha, bêta et gamma et de la montée du variant delta. Par conséquent, la confirmation par criblage du variant alpha prend fin et les variants alpha, bêta et gamma sont désormais identifiés uniquement par séquençage.
  • Compte tenu de la domination du variant delta, les laboratoires cessent de cribler à la mi-octobre 2021.
  • Vers la mi-octobre 2021, les voyageurs continuent d’être séquencés systématiquement, mais ce ne sera plus les cas pour les éclosions, les ré-infections, les infections post-vaccinales, ou les cas de maladie sévère.
  • Les données sont dédoublonnées. Par exemple, chaque cas de delta n’est compté qu’une fois, soit comme un cas présomptif (criblage) ou un cas confirmé (séquençage).
  • Les données des graphiques 1.1 et 1.2 (nombre hebdomadaire et proportion hebdomadaire des VP) sont présentées selon la semaine de prélèvement de l’échantillon. Les données de la semaine CDC en cours ne sont pas présentées en raison du délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage. Les données sont mises à jour rétroactivement du lundi au vendredi.
  • Le dénominateur du graphique 1.2 (proportion hebdomadaire des VP) est la somme des cas génotypés par semaine, c’est-à-dire les cas criblés ou séquencés ayant un résultat valide.
  • Les données du tableau et du graphique 2.1 sont cumulatives depuis janvier 2021 et comprennent les données de la semaine CDC en cours. Le séquençage était pratiqué avant janvier 2021, mais aucune lignée préoccupante n’était alors en circulation.
  • Les données du graphique 2.2 sont cumulées depuis les 8 dernières semaines et comprennent les données de la semaine CDC en cours (9e semaine incomplète).
  • Il se peut que le nombre de cas présentés par semaine CDC sur cette page ne concorde pas parfaitement avec le nombre de cas confirmés en laboratoire par semaine CDC présentés dans les autres pages, étant donné les dates (ex. date de prélèvement vs date de résultat du test) et les sources de données utilisées.
  • Les résultats sont présentés selon la RSS de résidence du patient. Les données sur les variants préoccupants ne sont pas présentées pour les régions du Nunavik et des Terres-Cries-de-la-Baie-James ou si le nombre total de cas confirmés de SRAS-Cov-2 est inférieur à 5 pour la semaine.

Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants. Les stratégies de criblage et séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.

La dernière mise à jour a été effectuée le 3 mai 2021.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt des variants préoccupants est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.
 

Projections de la proportion de variants préoccupants

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des variants préoccupants.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y étaient déjà dominants.
 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

Contributions

  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.