Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Chaque mardi, cette page diffuse de l'information sur la proportion de cas de variants du SRAS-CoV-2. Ces cas ne concernent que les cas confirmés en laboratoire par test TAAN et sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. À noter que depuis le début janvier 2022, l’accès au dépistage est restreint à certains groupes prioritaires. Voir la page Méthodologie des données, section Dépistage, pour plus de détails.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite de validations ou d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure. L’évolution temporelle des données sur les variants doit être interprétée avec prudence. Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques.

Évolution de la proportion des variants parmi les cas issus du séquençage aléatoire

Les lignées sont mutuellement exclusives. Par exemple, la sous-lignée BA.2 est différente de la sous-lignée BA.2.3. Tous les variants en circulation sont des sous-lignées du variant Omicron.

 

Précisions méthodologiques
  • Les données du graphique « Évolution de la proportion des variants parmi les cas issus du séquençage aléatoire » sont issues du séquençage aléatoire et sont donc représentatives de la situation observée pour l’ensemble du Québec.
  • Le graphique est présenté pour les 6 semaines les plus récentes. Chacun des variants affichés représente 1 % ou plus de l’ensemble des variants séquencés aléatoirement pour au moins une de ces 6 semaines. Les variants représentant moins de 1 % pour les 6 semaines affichées sont agrégés dans la catégorie « Autres ».
  • Le graphique présente l’évolution de tous les variants en circulation au Québec et pas seulement les variants préoccupants.  
  • Toutes les lignées sont mutuellement exclusives. Par exemple, la sous-lignée BA.2 est différente de la sous-lignée BA.2.3.
  • Une même couleur peut être attribuée à une sous-lignée différente d’une mise à jour hebdomadaire à une autre si, par exemple, le variant X disparaît et le variant Y apparaît.
  • Les données sont présentées selon la semaine CDC du prélèvement. La date affichée pour la présentation par semaine est le dimanche, soit la date de début de la semaine CDC.
  • Le tableau de classification des variants du SRAS-CoV-2 a été révisé et est maintenant disponible ici.

À la suite de l’apparition de variants préoccupants vers la fin de 2020 et début 2021 un peu partout dans le monde, le criblage a commencé à être utilisé afin d’identifier les variants au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations ciblées et communes aux variants préoccupants. La détection de ces mutations par test de criblage est effectuée assez rapidement, soit 24 h à 72 h après un prélèvement détecté au dépistage. La faisabilité du criblage dépend de plusieurs facteurs, dont la charge virale de l’échantillon, la spécificité des mutations cibles qui doivent être spécifiques à un variant préoccupant et la surcharge des laboratoires. Le criblage est utilisé de façon temporaire lors de l’émergence d’un nouveau variant afin de soutenir les directions régionales de santé publique dans un rehaussement des mesures d’isolement des personnes porteuses d’un variant préoccupant.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) ainsi que les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour en suivre son évolution au Québec. Les résultats sont beaucoup plus précis que ceux du criblage, mais les délais de réception de résultats sont plus longs. Depuis mars 2022, un processus optimisé permet d’obtenir les résultats de séquençage dans un délai de 2 semaines, comparativement à 6 à 8 semaines auparavant (graphiques présentés dans les archives).

Seuls les résultats de séquençage aléatoire sont maintenant présentés sur la page.

Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données. Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants :

  • Il n’y a aucune activité de criblage en cours.
  • Le séquençage aléatoire se poursuit ainsi que le séquençage ciblé (voyageurs et quelques cas particuliers) mais à moins grande échelle. Seuls les résultats de séquençage aléatoire sont présentés sur la page web.
  • Les stratégies de criblage et de séquençage antérieures sont disponibles dans les archives.

Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants. Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.


Sources des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi

Archives

En raison de l’évolution constante de la situation épidémiologique et de changements fréquents dans les stratégies de criblage, de séquençage et de dépistage, des éléments de la page Variants deviennent régulièrement désuets et doivent être archivés.

Évolution hebdomadaire de la proportion de variants selon la lignée parmi les cas de SRAS-CoV-2 génotypés au Québec

La proportion de cas de variants est toujours sous-estimée pour les semaines les plus récentes en raison d’un délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de génotypage (criblage et séquençage).

 

Les données du variant Omicron incluent celles de sa sous-lignée BA.2.

  • Le dénominateur du graphique « Évolution hebdomadaire de la proportion de variants selon la lignée parmi les cas de SRAS-CoV-2 génotypés au Québec » est la somme des cas génotypés par semaine, c’est-à-dire les cas criblés ou séquencés ayant un résultat valide 

Évolution de la proportion de BA.1, BA.2 et Delta parmi les cas criblés dans les laboratoires sentinelles

Le variant préoccupant Omicron (B.1.1.529), plus particulièrement sa sous-lignée BA.1, est dominant au Québec depuis la fin de 2021. Depuis le début de 2022, une augmentation de la prévalence de la sous-lignée BA.2 du variant Omicron est observée mondialement. Plusieurs études préliminaires ont montré que celle-ci est davantage transmissible par rapport à la sous-lignée BA.1. Afin de suivre l’évolution de la sous-lignée BA.2 au Québec, un criblage a été déployé via quelques laboratoires sentinelles, localisés principalement dans la grande région de Montréal.

 
  • Le dénominateur du graphique « Évolution de la proportion de BA.1, BA.2 et Delta parmi les cas criblés dans les laboratoires sentinelles » est la somme des cas criblés ayant obtenu un résultat BA.1, BA.2 ou Delta.
  • Pour les graphiques présentant à la fois des données de criblage et de séquençage, les données sont dédoublonnées. Par exemple, chaque cas de variant n’est compté qu’une fois, soit comme un cas présomptif (criblage) ou un cas confirmé (séquençage).
  • Il se peut que le nombre de cas présentés par semaine CDC sur cette page ne concorde pas parfaitement avec le nombre de cas confirmés en laboratoire par semaine CDC présentés dans les autres pages, étant donné les dates (ex. date de prélèvement vs date de résultat du test) et les sources de données utilisées.

Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données. Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants :

  • Avant février 2021, le séquençage aléatoire était utilisé.
  • Débutant le 14 février 2021, tous les échantillons positifs au dépistage du SRAS-CoV-2 ont été envoyés au criblage pour les mutations N501Y et del69/70 permettant de détecter la présence du variant Alpha, dont les résultats sont considérés comme des « variants présomptifs ». Tous les échantillons positifs au criblage ont été envoyés au séquençage. 
  • Au début avril 2021, la cible E484K est ajoutée à la stratégie de criblage et permet d’identifier la présence potentielle des variants Bêta et Gamma. Un résultat positif à cette cible ne permet pas de discriminer ces deux lignées. Jusqu’à ce moment, la confirmation de ces 3 variants (Alpha, Bêta, Gamma) n’est alors officialisée que par séquençage.
  • Entre le 11 avril et le 9 septembre 2021, il a été possible de confirmer la lignée Alpha par criblage. Ces échantillons ne requéraient plus l’analyse par séquençage (sauf pour les cas issus de groupes ciblés comme les éclosions ou les voyageurs). Quant aux autres, les potentiels variants Bêta et Gamma sont considérés comme « positifs au criblage non Alpha » et continuent d’être envoyés au séquençage, de même que les échantillons criblant négatif.
  • Au pic de la 3e vague (mi-avril 2021), le criblage n’a plus été pratiqué de façon systématique par certains laboratoires surchargés.
  • En mai 2021, l’arrivée du variant Delta au Québec introduit un 2e criblage. Les cas négatifs aux trois mutations du premier criblage (N501Y, del69/70 et E484K) sont d’abord envoyés pour analyse de la cible L452R, commune au variant Delta. Si elle est positive, les échantillons sont acheminés au séquençage pour confirmation. Seuls les échantillons confirmés par séquençage comme étant du Delta sont alors comptabilisés.
  • Le 21 juin 2021, la mutation signature du variant Delta, soit la P681R est ajoutée au 2e criblage avec la cible L451R. Les cas positifs à cette cible sont alors considérés comme des variants Delta présomptifs; ils sont tout de même envoyés au séquençage pour confirmation.
  • Le 9 août 2021, le criblage de la cible L452R est retiré puisque l’identification du variant Delta repose entièrement sur la P681R.
  • Le 9 septembre 2021, le premier criblage des cibles N501Y, del69/70 et E484K est abandonné progressivement compte tenu de la diminution de la présence des variants Alpha, Bêta et Gamma et de la montée du variant Delta. Par conséquent, la confirmation par criblage du variant Alpha prend fin et les variants Alpha, Bêta et Gamma sont désormais identifiés uniquement par séquençage.
  • Le 9 octobre 2021, compte tenu de la dominance du variant Delta, les laboratoires cessent de cribler. Il a été donc possible de détecter les cas Delta présomptifs par criblage de mai à octobre 2021. Entre le 18 octobre et le 29 novembre 2021, cette lignée est uniquement identifiée par séquençage.  
  • Pendant la grande majorité de l’année 2021, le séquençage est priorisé pour les voyageurs, les cas provenant d’éclosions, les réinfections, les infections post-vaccinales, ou les cas de maladie sévère. Vers la mi-octobre 2021, les voyageurs continuent d’être séquencés systématiquement, mais ce n'est plus le cas pour les éclosions, les réinfections, les infections post-vaccinales, ou les cas de maladie sévère.
  • Le 30 novembre 2021, une enquête ponctuelle a été menée par l’INSPQ afin de déterminer s’il y a transmission communautaire du variant Omicron (B.1.1.529) au Québec. Tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 pour la journée du 30 novembre ont fait l’objet d’une analyse de criblage pour les cibles del69/70 et N501Y, lorsque la charge virale de l’échantillon était suffisante. Sur les 1 174 échantillons SRAS-CoV-2 positifs dépistés, le LSPQ a reçu et criblé 894 échantillons. De ce nombre, aucun variant Omicron n’a été détecté. 
  • Le 14 décembre 2021, une deuxième enquête ponctuelle a été menée par l’INSPQ afin de déterminer s’il y a transmission communautaire du variant Omicron (B.1.1.529) au Québec. Tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 pour la journée du 14 décembre ont fait l’objet d’une analyse de criblage pour les cibles del69/70 et N501Y, lorsque la charge virale de l’échantillon était suffisante. Sur les 2 571 échantillons analysés, 881 cas du variant Omicron ont été détectés et 20 % ont passé directement au séquençage aléatoire.
  • À partir du 12 décembre 2021, la cible P681R est criblée par quelques laboratoires sentinelles (CHUQ, CHUM, CUSM et St-Eustache) afin d’identifier les variants Delta présomptif (résultat détecté) et Omicron présomptif (résultat non détecté), ce qui permet de mieux documenter la progression du variant Omicron dans la province. Étant donné que le variant Omicron est devenu largement dominant vers la fin décembre 2021 selon les résultats de laboratoires sentinelles, la directive d’arrêter le criblage est acheminée aux laboratoires sentinelles le 31 décembre 2021. Ces derniers continuent de cribler jusqu’au 8 janvier 2022 environ. 
  • Le 22 décembre 2021, le criblage cesse pour les voyageurs. Quant au séquençage, il se poursuit pour 5 % à 10 % des échantillons positifs au SRAS-CoV-2 selon les capacités des centres de dépistage et pour un maximum de 700 par semaine.
  • Entre le 22 décembre 2021 et le 11 janvier 2022,  tous les cas hospitalisés non détectés, invalides ou indéterminés pour la cible P681R (Delta) sont envoyés au criblage de la cible N501Y (Omicron) au LSPQ afin de détecter les cas de variant Omicron présomptif.
  • Depuis le 5 janvier 2022, la stratégie de dépistage est modifiée : certains groupes priorisés ne sont plus dépistés afin de pallier à la hausse importante de cas. Pour plus d’informations, voir la page Méthodologie des données, section Dépistage
  • À partir du 10 janvier 2022, une proportion de 20 % des voyageurs est dorénavant séquencée (recommandation fédérale).
  • 4 février 2022: nouveau criblage pour suivre la sous-lignée BA.2 d’Omicron sur des sites sentinelles (St-Eustache, CHUM, CHUQ, CHUS)
  • Depuis le 8 février 2022, le séquençage aléatoire est interrompu temporairement.
  • Le 9 avril 2022, arrêt du criblage de BA.2 dans le réseau sentinelle et au LSPQ.
  • Le séquençage aléatoire a repris le 13 mars 2022 avec un processus optimisé permettant d’obtenir des résultats plus rapidement. En plus de cette stratégie de séquençage aléatoire, du séquençage ciblé (voyageurs et quelques cas particuliers) se poursuità moins grande échelle. À noter cependant que seuls les résultats de séquençage aléatoire sont présentés sur la page web.

La dernière mise à jour a été effectuée le 3 mai 2021.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt des variants préoccupants est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le Rt des autres souches du virus est estimé en …
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.
 

Projections de la proportion de variants préoccupants

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des variants préoccupants.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y étaient déjà dominants.
 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

Contributions

  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.