Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du 23 juillet, 11 h.


Cette page diffuse de l'information sur les cas de variants préoccupants du SRAS-CoV-2. Ces cas sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. Deux méthodes sont utilisées pour la détection des variants préoccupants : le criblage et le séquençage. À noter que les objectifs du criblage et du séquençage sont différents ainsi que leurs stratégies d’opérationnalisation; leurs données doivent donc être interprétées de façon indépendante.  Voir les précisions méthodologiques en bas de page pour plus de détails.

Les données des sections Criblage et Séquençage sont mises à jour du lundi au vendredi alors que les données de la section « Variant préoccupant en émergence – delta » sont mises à jour chaque lundi.

 
positivité aux variants préoccupants (7j)
 
cas confirmés (séquençage)

Les graphiques de cette page sont interactifs; en cliquant sur une série de la légende, il est possible de la faire apparaître ou disparaître du graphique et l'échelle s'ajustera automatiquement.

1 - Criblage

L’objectif du criblage est de détecter rapidement si un échantillon contient une des mutations associées aux lignées considérées préoccupantes afin que la santé publique puisse intervenir rapidement. Les données présentées aux graphiques 1.1 et 1.2 sont des estimations populationnelles calculées à partir du pourcentage de positivité aux variants préoccupants par RSS. Lors d’un premier test de criblage, seule la lignée B.1.1.7 (alpha) peut être confirmée. Les cas présomptifs du variant delta qui sont détectés par un 2e test de criblage ne sont pas identifiés dans cette section. Ces données font cependant l’objet d’une section spécifique « Variant préoccupant en émergence – delta ». Pour en apprendre plus sur les cas de variants détectés par criblage, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

1.1 - Évolution hebdomadaire du pourcentage de positivité des cas de variants préoccupants au Québec par RSS1


 

1Les données ne sont pas affichées lorsque le nombre brut de cas criblés ou le nombre brut de prélèvements est inférieur à 5 ou que la proportion de criblage est inférieure à 30 % pour la semaine.


1.2 - Répartition des résultats cumulatifs de criblage selon la RSS

Les données cumulatives sont compilées depuis le 11 avril 2021.

 
2 - Séquençage

Le séquençage génomique est pratiqué sur certains échantillons positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant afin de caractériser les lignées de variants circulant au Québec. Les résultats sont plus précis que ceux du criblage, mais les délais de réception de résultats sont plus longs. Il est important de préciser que le portrait des données de séquençage est altéré par la stratégie d’échantillonnage qui n’est pas réalisée sur une base aléatoire. On ne peut faire d’inférence au niveau populationnel contrairement aux données de criblage. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous. 

Les cas séquencés de la lignée B.1.1.7 (alpha) présentés dans le tableau 2.1 excluent les cas de cette lignée confirmés par criblage. À quelques exceptions près, ces derniers ne sont plus envoyés au séquençage depuis le mois d'avril 2021. Les cas séquencés de la lignée B.1.617.2 (delta) excluent les cas présomptifs détectés par criblage. Ces derniers sont cependant envoyés au séquençage pour confirmation de la lignée.

2.1 - Nombre cumulatif de cas de variants préoccupants au Québec confirmés par séquençage selon la lignée du variant et la RSS

Région sociosanitaire (RSS)
B.1.1.7
(Alpha)
B.1.351
(Beta)
P.1
(Gamma)
B.1.617.21
(Delta)
Total

1Ces données incluent quelques cas de voyageurs pour lesquels la sous-lignée du variant B.1.617 n’est pas identifiable.

3 - Variant préoccupant en émergence - delta

Les données de cette section sont une combinaison des résultats de criblage (cas présomptifs) et de séquençage (cas confirmés). 

3.1 - Évolution hebdomadaire du nombre de cas confirmés et présomptifs du variant delta (B.1.617.2) au Québec

Le nombre de cas confirmés et présomptifs est toujours sous-estimé pour les semaines les plus récentes en raison d’un délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage. Pour en apprendre plus sur les définitions et les cas de de variant delta, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

 

3.2 - Évolution hebdomadaire de la proportion du variant delta (B.1.617.2) au Québec

Cette figure présente les valeurs minimum et maximum de la présence du variant delta au Québec. La ligne pleine représente la proportion de cas confirmés et présomptifs du variant delta parmi l’ensemble des cas positifs au SRAS-CoV-2 (valeur minimale). La ligne pointillée représente la proportion des échantillons criblés qui ont obtenu un résultat négatif au premier criblage et qui sont donc considérés « sous investigation » (valeur maximale).

La proportion de cas confirmés et présomptifs est toujours sous-estimée pour les semaines les plus récentes en raison d’un délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

 

Précisions méthodologiques

Au Québec et ailleurs dans le monde, quatre variants sont préoccupants car, selon la littérature scientifique, ils sont associés à un risque accru de contagiosité, de virulence ou encore d’échappement aux vaccins ou aux traitements contre la COVID-19. Ces variants sont ceux des lignées :

  • B.1.1.7 (alpha) ayant émergé au Royaume-Uni;
  • B.1.351 (bêta) ayant émergé en Afrique du Sud;
  • P.1 (gamma) ayant émergé au Brésil;
  • B.1.617.2 (delta) ayant émergé en Inde.

Les données concernant les variants d’intérêts (ex. ceux de la lignée B.1.525 (eta)) et d’autres variants communs qui ne sont pas considérés comme préoccupants ne sont pas diffusés sur cette page.

Deux méthodes sont utilisées pour la détection des variants préoccupants : le criblage et le séquençage.

À noter que les précisions méthodologiques suivantes ne concernent que les figures de la section 1-Criblage. Pour les précisions méthodologiques spécifiques au criblage du variant delta, consultez la section méthodologique à cet effet.

À la suite de l’apparition de variants préoccupants à la fin de 2020 un peu partout dans le monde, une stratégie visant à analyser les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par test de criblage a été implantée en février 2021 au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations communes aux variants préoccupants. Le criblage permet de suivre la propagation des variants préoccupants dans la province et de moduler les interventions des directions régionales de santé publique. Un premier test de criblage permet de détecter les mutations communes aux variants alpha, bêta et gamma. Les cas présomptifs du variant delta sont ceux détectés à partir d’un 2e test de criblage. Ces données ne sont pas diffusées dans la section Criblage mais font l’objet d’une section spécifique « Variant préoccupant en émergence – delta ». La stratégie de criblage a changé dans le temps. De la mi-février au début avril 2021, le criblage a été pratiqué sur tous les échantillons positifs ou presque. Au pic de la 3e vague (mi-avril 2021), le criblage n’a plus été pratiqué de façon systématique par certains laboratoires surchargés. Depuis le mois de mai, le nombre de cas criblés demeure toutefois suffisamment élevé pour que les estimations soient représentatives au niveau populationnel.

À propos de la tuile :

  • La tuile positivité aux variants préoccupants (7j) représente l’ampleur des variants détectés par criblage parmi les cas de COVID-19 de la dernière semaine CDC complète. Une semaine CDC débute un dimanche et se termine un samedi.

À propos des graphiques :

  • Estimations : Les données présentées aux graphiques 1.1 et 1.2 (évolution hebdomadaire et cumul) sont estimées à partir des échantillons qui ont été criblés et dont les résultats sont valides. On suppose que les cas non criblés et les cas criblés invalides se comportent de la même manière que les cas criblés valides, selon la région sociosanitaire (RSS).
  • Pourcentage de positivité : Il représente la proportion de cas criblés positifs aux variants préoccupants estimés parmi l’ensemble des prélèvements positifs au SRAS-CoV-2.
  • Lignée B.1.1.7 (alpha) : Les données de criblage sont disponibles depuis la semaine débutant le 21 février 2021, et depuis le 11 avril, il est possible de distinguer les résultats de la lignée B.1.1.7 (alpha) des autres résultats positifs au criblage (non B.1.1.7). Pour ces raisons, les données du graphique 1.2 (cumul) ont été agrégées depuis le 11 avril 2021 seulement. La lignée B.1.1.7 (alpha) est la seule à pouvoir être identifiée au criblage.
  • Lignée B.1.617.2 (delta) : Une stratégie de criblage pour le variant delta a été développée en juillet 2021. Les données relatives à ce variant font l’objet d’une nouvelle section « Variant préoccupant en émergence – delta ».
  • Les données du graphique 1.1 (évolution) sont présentées selon la semaine de prélèvement initial de l’échantillon. Les données ne sont présentées qu’une fois la semaine complétée. Les données des semaines précédentes sont mises à jour rétroactivement.
  • Les données du graphique 1.2 (comparaison entre RSS) sont cumulatives depuis le 11 avril 2021 et comprennent les données de la semaine CDC en cours.
  • Les données régionales ne sont pas présentées si le nombre brut de cas criblés ou le nombre brut de prélèvements positifs totaux est inférieur à 5 ou si la proportion de criblage des échantillons est inférieure à 30 % pour la semaine.
  • Le total des cas estimés de criblage ne concorde pas parfaitement avec le total des cas confirmés en laboratoire présentés dans les autres pages puisque la source de données différe (base de données des laboratoires vs TSP) ou parce que le type de date utilisée diffère (date de prélèvement vs date de résultat du test).
  • Les résultats sont présentés selon la RSS de résidence du patient.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) et les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Il permet d’identifier la lignée du variant dans un délai d’environ 14 jours. Plusieurs critères sont utilisés pour sélectionner les échantillons à séquencer :

  • Un échantillon issu d’un groupe ciblé (ex. voyageurs revenant d'une destination hors Canada, éclosions, suspicion de réinfection, infection post-vaccinale, maladie sévère);
  • Un résultat indéterminé au criblage;
  • Un résultat positif au criblage mais qui n’est pas de lignée B.1.1.7 (alpha);
  • Séquençage aléatoire (environ 15-20 % de tous les prélèvements positifs excluant ceux d’un groupe ciblé);
  • Les échantillons ayant une charge virale suffisante.

La stratégie de séquençage a changé avec le temps. Avant avril 2021, tous les échantillons positifs au criblage étaient envoyés au séquençage. Depuis avril, les échantillons qui criblent positifs à la lignée B.1.1.7 (alpha) ne sont plus envoyés systématiquement au séquençage (sauf pour les cas issus de groupes ciblés comme les éclosions ou les voyageurs), mais tous les autres échantillons positifs au criblage continuent à être séquencés. Ce changement de stratégie entraîne une sous-estimation de la lignée B.1.1.7 (alpha) identifiée au séquençage.

De plus, certains échantillons positifs au criblage ne s’avèrent pas des variants préoccupants selon les résultats de séquençage génomique.

À propos de la tuile :

  • La tuile cas confirmés (séquençage) présente le nombre de cas de variants préoccupants confirmés par séquençage génomique. Ces données sont cumulatives.

À propos du tableau :

  • Seules les données de lignées de variants préoccupants sont présentées.
  • Les cas de la lignée B.1.617.2 incluent quelques cas de voyageurs pour lesquels la sous-lignée du variant B.1.617 n’est pas identifiable.
  • Les résultats cumulatifs de séquençage affichés sur cette page sont rétrospectifs du mois de décembre 2020, mois où le premier prélèvement positif provenait d’une lignée préoccupante. Le séquençage était pratiqué avant décembre 2020, mais aucune lignée préoccupante n’était alors en circulation.
  • Les résultats sont présentés selon la RSS de résidence du patient.
  • Contrairement aux données de criblage, les données de séquençage ne sont pas pondérées pour obtenir un estimé populationnel.
  • Les données de cette section sont une combinaison des résultats de criblage (cas présomptifs) et de séquençage (cas confirmés) et sont mises à jour rétroactivement une fois par semaine, le lundi.
  • Chaque cas n’est compté qu’une fois, soit comme un cas présomptif (criblage) ou un cas confirmé (séquençage).
  • Cas sous investigation (3.2) : Un premier criblage (mutations N501Y, del69/70 et E484K) permet d’identifier le variant alpha et de détecter la présence potentielle des variants bêta et gamma (confirmation requise par séquençage). À l’issue de ce premier criblage, les cas négatifs aux trois mutations sont considérés « sous investigation » pour le variant delta et envoyés pour un 2e criblage, ciblant les mutations L452R et P681R.
  • Cas présomptifs (3.1) : Les échantillons ayant criblé négatif au premier criblage font alors l’objet d’un deuxième criblage pour identifier les mutations « signature » du variant B.1.617, soit les mutations L452R et P681R. Les cas qui sortiront positifs aux deux cibles seront considérés comme des variants deltas présomptifs, puis éventuellement comme des variants deltas confirmés par séquençage complet du génome. Il est à noter que les cas présomptifs delta identifiés par criblage ne seront donc pas nécessairement des cas du variant préoccupant B.1.617.2 (delta), puisque les variants B.1.617.1 (kappa) et B.1.617.3 portent aussi les mutations L452R et P681R. Compte tenu de la plus grande transmissibilité et de la proportion importante du variant B.1.617.2 (delta) au Québec comparativement aux variants B.1.617.1 (kappa) et B.1.617.3, il est raisonnable de présumer que la grande majorité des échantillons identifiés par criblage L452R et P681R appartiennent à la sous-lignée B.1.617.2 (delta).
  • Le graphique 3.2 présente la gamme de valeurs que peut prendre le variant delta :
    • La ligne pleine représente la valeur minimale, soit  les cas confirmés par séquençage et les cas présomptifs au 2e criblage (positif aux mutations L452R et P681R) parmi l’ensemble des cas positifs au SRAS-CoV-2.
    • La ligne pointillée représente la valeur théorique maximale, soit les cas ayant criblé négatif aux trois mutations du premier criblage (N501Y, del69/70 et E484K) parmi l’ensemble des cas criblés et qui sont sous investigation pour les mutations L452R et P681R.

Attention! Pour l’instant, il n’est pas possible de comparer directement les données de criblage et de séquençage, ni de les additionner . La seule exception est la section 3 – Variant préoccupant en émergence (delta) pour laquelle les données de criblage et de séquençage ont été dédoublonnées.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt  des variants préoccupants est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.
  • La dernière mise à jour des données a été effectuée le 3 mai 2021.
 

Projections de la proportion de variants préoccupants

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des variants préoccupants.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y étaient déjà dominants.
  • La dernière mise à jour des données a été effectuée le 3 mai 2021.
 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

Contributions

  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.
  • Criblage : Fichiers des laboratoires qui réalisent le criblage des variants préoccupants.
  • Séquençage : Base de données génomique du Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ).