Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Chaque mercredi, cette page diffuse de l'information sur la proportion de cas de variants du SRAS-CoV-2. Ces cas ne concernent que les cas confirmés en laboratoire par test TAAN et sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. À noter que depuis le début janvier 2022, l’accès au dépistage est restreint à certains groupes prioritaires. Voir la page Méthodologie des données, section Dépistage, pour plus de détails.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite de validations ou d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure. L’évolution temporelle des données sur les variants doit être interprétée avec prudence. Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques.

Évolution de la proportion des variants parmi les cas issus du séquençage aléatoire – agrégé

Les lignées présentées dans ce graphique sont soit des lignées agrégées (contrairement au graphique détaillé, qui isole chaque sous-lignée), soit les sous-lignées soumises à une surveillance accrue. Attention : Le « BA.5 et sous-lignées » n’est pas comparable avec les données diffusées dans les semaines précédentes car quelques-unes de ses sous-lignées ont été retranchées pour pouvoir les suivre séparément (BF.7, BQ.1 et BQ.1.1). Attention également de ne pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre le graphique agrégé et détaillé, par exemple BA.5 et sous-lignées du graphique agrégé avec le BA.5 du graphique détaillé. Voir "À propos des données" pour plus de précisions. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron.

 

Évolution de la proportion des variants parmi les cas issus du séquençage aléatoire - détaillé

Les sous-lignées sont mutuellement exclusives et isolées contrairement au graphique agrégé qui somment les sous-lignées. Attention de ne pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre les deux graphiques comme par exemple BA.2 et sous-lignées du graphique agrégé avec le BA.2 du graphique détaillé. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron. Voir "À propos des données" pour plus de précisions sur les sous-lignées.

 

Précisions méthodologiques
  • Voici les lignées et leurs sous-lignées associées du graphique « Évolution de la proportion des variants parmi les cas issus du séquençage aléatoire – agrégé » : 

    • BA.2 et sous-lignées : Lignée BA.2 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.*, BH.*, BJ.*, BP.* et BS.* sauf BA.2.12.1 et BA.2.75. 
    • BA.2.12.1 et sous-lignées : Sous-lignée BA.2.12.1 et toutes sous-lignées commençant par BG.*
    • BA.2.75 et sous-lignées : Sous-lignées BA.2.75 et toutes sous-lignées commençant par BL.*, BM.*, BR.*, BN.* et CA.*
    • BA.4 et sous-lignées : Lignée BA.4 et toutes sous-lignées commençant par BA.4.*, sauf BA.4.6.
    • BA.4.6 et sous-lignées : Sous-lignée BA.4.6 et toutes sous-lignées commençant par BA.4.6.
    • BA.5 et sous-lignées : Lignée BA.5 et toutes sous-lignées commençant par BA.5.*, BE.*, BF.*, BK.*, BQ.*, CC.*, CE.*, sauf BF.7, BQ.1 et leurs sous-lignées.
    • BF.7 et sous-lignées : Lignée BF.7 et toutes sous-lignées commençant par BF.7.*
    • BQ.1 et sous-lignées : Lignée BQ.1 et toutes sous-lignées commençant par BQ.1* (sauf BQ.1.1 et ses sous-lignées)
    • BQ.1.1 et sous-lignées : Lignée BQ.1.1 et toutes sous-lignées commençant par BQ.1.1.
    • *Autres : tous les autres résultats du séquençage aléatoire, incluant les BA.1*, recombinants BA.1-BA.2 et autres sous-lignées.
  • Attention de pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre les deux graphiques, comme par exemple, BA.2 du graphique détaillé avec BA.2 et sous-lignées du graphique agrégé, malgré une couleur similaire (un motif a été ajouté dans le graphique agrégé pour en faire la distinction). BA.2 du graphique détaillé est la lignée mère et est dissociée de ses sous-lignées associées comme la BA.2.3.6 ou la BA.2.9.
  • Les données des graphiques  sont issues du séquençage aléatoire et sont donc représentatives de la situation observée pour l’ensemble du Québec. Ils présentent l’évolution de tous les variants en circulation au Québec et pas seulement les variants préoccupants.  
  • Les graphiques sont présentés pour les 6 semaines les plus récentes. Pour le graphique détaillé, chacun des variants affichés représente 1 % ou plus de l’ensemble des variants séquencés aléatoirement pour au moins une de ces 6 semaines. Les variants représentant moins de 1 % pour les 6 semaines affichées sont agrégés dans la catégorie « Autres ».
  • Toutes les lignées sont mutuellement exclusives pour le graphique détaillé. Par exemple, la sous-lignée BA.2 est différente de la sous-lignée BA.2.3.Pour le graphique détaillé :une même couleur peut être attribuée à une sous-lignée différente d’une mise à jour hebdomadaire à une autre si, par exemple, le variant X disparaît et le variant Y apparaît.
  • Étant donné la circulation élevée observée depuis le début 2022, le nombre de mutations dans le génome a augmenté. Ainsi, l’identification de variants recombinants, c’est à-dire la combination de matériel génétique de différentes lignées ou sous-lignées, comme le BA.1-BA.2, est attendue. Les recombinants BA.1-BA.2 regroupent 6 types de recombinants différents BA.1-BA.2 à qui on n'a jamais attribué de nom de lignée.
  • Les données sont présentées selon la semaine CDC du prélèvement. La date affichée pour la présentation par semaine est le dimanche, soit la date de début de la semaine CDC.
  • Le tableau de classification des variants du SRAS-CoV-2 a été révisé et est maintenant disponible ici.

À la suite de l’apparition de variants préoccupants vers la fin de 2020 et début 2021 un peu partout dans le monde, le criblage a commencé à être utilisé afin d’identifier les variants au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations ciblées et communes aux variants préoccupants. La détection de ces mutations par test de criblage est effectuée assez rapidement, soit 24 h à 72 h après un prélèvement détecté au dépistage. La faisabilité du criblage dépend de plusieurs facteurs, dont la charge virale de l’échantillon, la spécificité des mutations cibles qui doivent être spécifiques à un variant préoccupant et la surcharge des laboratoires. Le criblage est utilisé de façon temporaire lors de l’émergence d’un nouveau variant afin de soutenir les directions régionales de santé publique dans un rehaussement des mesures d’isolement des personnes porteuses d’un variant préoccupant.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) ainsi que les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour en suivre son évolution au Québec. Les résultats sont beaucoup plus précis que ceux du criblage, mais les délais de réception de résultats sont plus longs. Depuis mars 2022, un processus optimisé permet d’obtenir les résultats de séquençage dans un délai de 2 semaines, comparativement à 6 à 8 semaines auparavant (graphiques présentés dans les archives).

Seuls les résultats de séquençage aléatoire sont maintenant présentés sur la page.

Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données. Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants :

  • Il n’y a aucune activité de criblage en cours.
  • Le séquençage aléatoire se poursuit ainsi que le séquençage ciblé (voyageurs et quelques cas particuliers) mais à moins grande échelle. Seuls les résultats de séquençage aléatoire sont présentés sur la page web.
  • Les stratégies de criblage et de séquençage antérieures sont disponibles dans les archives.

Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants. Les stratégies de criblage et de séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.


Sources des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi