L’Institut national de santé publique du Québec surveille le variant Omicron

Une enquête ponctuelle menée par l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) ne semble pas révéler de transmission communautaire du variant Omicron pour l’instant au Québec.

En vertu du programme de surveillance des variants géré par le Laboratoire de santé publique du Québec de l’INSPQ, le Québec a rapidement déployé la surveillance du variant Omicron (B.1.1.529) au cours des derniers jours et continuera d’ajuster la stratégie de dépistage des cas dans les prochaines semaines.

Afin d’avoir un portrait de la situation au Québec et de vérifier si ce nouveau variant préoccupant circule déjà dans la communauté, le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) a réalisé une enquête ponctuelle pour déterminer par criblage le nombre de variants Omicron parmi les cas positifs au SRAS-CoV-2.

Tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 pour la journée du 30 novembre ont fait l’objet d’une analyse de criblage, lorsque la charge virale de l’échantillon était suffisante. Sur les 1 174 échantillons SRAS-CoV-2 positifs dépistés, le LSPQ a reçu et criblé 894 échantillons. De ce nombre, aucun variant Omicron n’a été détecté.

Cette journée de criblage nous permet d’avoir une « photo » de la situation actuelle au Québec. Présentement, ce variant ne semble pas circuler dans la communauté, en dehors de cas reliés à des voyageurs.

Pour l’instant, un seul cas du variant Omicron a été confirmé au Québec. Il s’agit d’un voyageur revenant du Nigéria et résidant au Québec. Le cas a été confirmé par séquençage le 29 novembre. Des cas issus de voyageurs ainsi que leurs contacts sont en cours d’investigation pour déterminer si ce sont des cas du variant Omicron.

Criblage spécifique

Pour détecter plus rapidement l’arrivée de ce variant au Québec, considéré préoccupant par l’Organisation mondiale de la santé, le Laboratoire de santé publique du Québec a mis en place un test de criblage pour rechercher la mutation del69-70 dans les échantillons cliniques des cas confirmés en laboratoire provenant de voyageurs et de leurs contacts.

Désormais, tous les voyageurs revenant de l’étranger qui s’avèrent positifs au test de dépistage font l’objet d’un test de criblage pour détecter la présence du variant Omicron. Les cas positifs au dépistage seront criblés avant d’être confirmés par séquençage du génome.

Pour l’instant, le test de criblage cible la mutation del69-70 ainsi que la mutation 501Y, présente chez le variant Omicron et absente du variant Delta, dominant au Québec. La mutation del69-70 n’est pas spécifique au variant Omicron et ne permet pas, par exemple, de le différencier du variant Alpha. La signature génétique au test de criblage 501Y permet toutefois de distinguer celui-ci du variant Alpha, qui ne circule plus au Québec.

Un variant préoccupant

Le nouveau variant de lignée B.1.1.529 a été détecté le 25 novembre dernier en Afrique du Sud. Il a été nommé Omicron et désigné variant préoccupant par l’Organisation mondiale de la santé le 26 novembre, en raison de l’augmentation exponentielle des cas de la COVID-19 déclarés. Ce variant est désormais considéré préoccupant au Canada et au Québec. Cette nouvelle classification implique une vigie génomique, des analyses fonctionnelles ainsi qu'un suivi attentif de la littérature scientifique.

Le variant Omicron inquiète en raison de ses nombreuses mutations dans son génome – plus de 50 – dont 26 à 34 dans la protéine de spicule (Spike). Plusieurs de ces mutations ont été retrouvées chez d’autres variants préoccupants. En laboratoire, plusieurs de ces mutations sont associées à une infectiosité accrue ou à un échappement immunitaire, c’est-à-dire une résistance partielle aux anticorps induits par la vaccination ou une infection naturelle par le SRAS-CoV-2.

Cependant, nous ne disposons pas encore d'estimations fiables de la mesure dans laquelle le variant Omicron pourrait être plus transmissible ou plus résistant aux vaccins, il est donc trop tôt pour fournir une évaluation fondée sur des preuves du risque qu'il représente.

Les données disponibles sur le variant Omicron sont publiées sur le site web de l’INSPQ : https://www.inspq.qc.ca/covid-19/donnees/variants