Les variants du SRAS‑CoV‑2

La vigie des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS‑CoV‑2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID‑19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de vigie génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2, afin d’évaluer leurs impacts, entre autres sur le dépistage, la transmission, la gravité de la COVID‑19 et la réponse aux vaccins.


L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations. Ces mutations sont des erreurs de copie, et la plupart sont sans conséquence. Mais avec le temps, lorsqu’un nouvel assortiment de mutations se retrouve dans plusieurs virus de SRAS‑CoV‑2 et constitue un groupe homogène, on parle alors de nouveau variant ou nouvelle lignée du virus. Ces changements sont normaux dans l’évolution du virus et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

Durant la première vague de la COVID‑19, la plupart des mutations détectées ne semblent pas avoir eu d'impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines se répandent, car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, quatre variants du SRAS‑CoV‑2 ont émergé et ont été classés comme préoccupants par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) : alpha (B.1.1.7 et sous lignées Q.*), bêta (lignée B.1.351), gamma (lignée P.1) et delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*). Ces variants font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils sont plus contagieux et associés à un risque accru de maladie grave (hospitalisation) comparativement aux autres variants en circulation dans le monde. Certains pourraient aussi avoir un impact négatif sur l’efficacité des vaccins contre la COVID‑19.


Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations susceptibles de modifier ses caractéristiques virologiques ou épidémiologiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus. Pour l’analyse, des arbres phylogénétiques sont créés afin d’observer les différentes branches (ou lignées) du SRAS‑CoV‑2 qui découlent de la souche initiale.

Au Québec, dans le cadre de la vigie génomique du SRAS‑CoV‑2, les variants qui font l’objet d’une attention particulière sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous). Les autres variants en circulation ne font pas l’objet d’une action rehaussée de santé publique, mais sont suivis pour détecter l’émergence d’un nouveau variant indigène ou importé.

Lorsqu’un échantillon clinique est positif pour la COVID‑19 et que la charge virale est suffisamment élevée, des analyses supplémentaires (criblage ou séquençage du génome entier) peuvent être réalisées par les laboratoires de biologie médicale désignés du réseau de la santé pour déterminer s’il s’agit d’un variant préoccupant ou d'intérêt.


Les variants préoccupants rendent-ils plus malade?

À ce jour, les manifestations cliniques de la COVID‑19 causées par les variants préoccupants semblent similaires de celles causées par le virus du SRAS‑CoV‑2 du début de la pandémie.

Toutefois, chez les individus non-vaccinés, certains changements dans les symptômes les plus courants ont été rapportés. Au début de la pandémie, la perte d’odorat et la fièvre étaient les symptômes les plus fréquents, alors que maintenant les maux de tête, maux de gorge et nez qui coule arrivent en tête de liste des symptômes les plus fréquents, selon des données préliminaires du Royaume-Uni (ZOE COVID Study). D’autres études sont nécessaires pour confirmer ces résultats.

Chez les individus adéquatement vaccinés, les symptômes semblent moins nombreux et de plus courte durée, ce qui suggère qu'ils tombent moins gravement malades et que leur état de santé s'améliore plus rapidement.


La vigie des variants du SRAS‑CoV‑2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de vigie des variants de la COVID‑19 au Québec. Ce programme démarré dès avril 2020 et rehaussé en janvier 2021 vise à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID‑19 par détection d'acides nucléiques d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, au moins 10 % de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter de nouveaux variants susceptibles de nécessiter une intervention de santé publique. Le LSPQ fait aussi du séquençage ciblé, entre autres chez les cas jugés prioritaires tels que les voyageurs en provenance de l’extérieur du Canada.

Identifier les variants : le criblage et le séquençage

Une partie des échantillons cliniques positifs pour la COVID‑19 peut faire l’objet d’analyses complémentaires afin de détecter la présence de variants préoccupants. Des tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) de criblage ont été largement utilisés au Québec entre février et octobre 2021 afin de détecter rapidement les mutations dites « signatures » de certains variants (ex. la mutation P681R du variant delta) et suivre l’émergence d’un variant sur le territoire. Après ce criblage, une portion des échantillons sont ensuite acheminés au LSPQ et chez ses partenaires pour poursuivre l’analyse par séquençage du génome entier.

Depuis le 15 octobre 2021, il n’est plus nécessaire d’effectuer un criblage systématique des échantillons positifs au SRAS‑CoV‑2, puisque le variant delta est devenu prédominant au Québec.

Le séquençage d’une partie des échantillons positifs pour la COVID‑19 est une activité essentielle pour dresser le portrait des variants circulant au Québec. Elle permet aussi de détecter les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques et la détection du virus.

Il faut savoir que le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder le génome du virus et d’identifier la lignée d’appartenance du variant. Les résultats sont généralement disponibles dans un délai de 7 à 14 jours.

La recherche scientifique sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et caractériser les réinfections et les échecs vaccinaux au Québec.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogénèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Les experts réalisent aussi une veille des études scientifiques sur les variants du SRAS‑CoV‑2 identifiés ailleurs dans le monde.

Données sur les variants de SRAS‑CoV‑2

L'INSPQ publie quotidiennement une mise à jour des données sur les variants.


Variants préoccupants

À ce jour, quatre variants du SRAS‑CoV‑2, c’est-à-dire, alpha (B.1.1.7 et sous lignées Q.*), bêta (B.1.351 et sous lignées B.1.351*), gamma (P.1 et sous lignées P.1.*) et delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*) sont considérés comme des variants préoccupants et font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des impacts qu’ils pourraient avoir sur l’évolution de la pandémie de COVID‑19. Selon les études disponibles, ces variants sont plus transmissibles et associés à un risque accru de maladie grave (hospitalisation), de réinfections ou d’infections post-vaccination comparativement aux autres variants en circulation.

Variant alpha (B.1.1.7 et sous-lignées Q.*)

Émergence : Royaume-Uni, septembre 2020
Présence au Québec depuis décembre 2020

Entre les mois de février et juin 2021, le variant alpha a été responsable de la plupart des nouvelles infections dans plusieurs pays à travers le monde, dont le Canada. Selon certaines études, il serait de 1,4 à 1,8 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,7 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres souches du virus alors en circulation. Toutefois, ce variant n'est généralement pas associé à un risque accru de maladie grave et de mortalité. D’autres études sont nécessaires pour confirmer ces résultats. Par ailleurs, le risque de réinfection par le variant alpha serait similaire à celui des autres variants communs.

Selon les études cliniques, les vaccins contre la COVID‑19 seraient tout aussi efficaces contre les infections (vaccins à ARNm, 70 à 100 %), les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 92 à 98 %) et les décès (vaccin à ARNm, 91 à 98 %) causés par ce variant.

Variant bêta (B.1.351 et sous lignées B.1.351.*)

Émergence : Afrique du Sud, octobre 2020
Présence au Québec depuis février 2021

Le variant bêta serait 1,5 fois plus transmissible que les autres variants communs. Il aurait causé une augmentation de la mortalité en milieu hospitalier durant la deuxième vague (comparativement à la première) en Afrique du Sud. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant en Afrique du Sud sont limitées. Des données européennes, rapportent que ce variant serait 3,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) comparativement aux autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccin à ARNm, 84 à 88 %) et les formes sévères de la maladie (vaccin à ARNm, 96 %) causées par ce variant.

Variant gamma (P.1 et sous lignées P.1*)

Émergence : Brésil, janvier 2021
Présence au Québec depuis mars 2021

Le variant gamma a été identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil qui ont été testés lors d'un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, au début janvier 2021. Les études menées au Brésil (ville de Manaus), ont établi que le variant gamma serait de 1,8 à 2,5 fois plus transmissible que les variants communs. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant au Brésil sont limitées. Selon des données européennes, il serait 2,6 fois plus virulent (risque d’hospitalisation) que les autres variants non préoccupants en circulation durant la même période.

Selon les études cliniques, les vaccins seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques (vaccins à ARNm, 84 à 88 %) causées par ce variant.

Variant delta (B.1.617.2 et sous lignées AY.*)

Émergence : Inde, septembre 2020
Présence au Québec depuis avril 2021

Le variant delta a été identifié pour la première fois en Inde en septembre 2020 et il est depuis août 2021 le variant dominant dans le monde.  Comparativement au variant alpha, le variant delta serait de 1,4 à 1,6 fois plus transmissible et de 1,5 à 2,2 fois plus virulent (risque d'hospitalisation ou d’admission aux soins intensifs) chez des individus majoritairement non vaccinés.

L’efficacité des vaccins approuvés au Canada pour prévenir les infections symptomatiques liées au variant delta demeure élevée (vaccin à ARNm, 87 à 88 %), mais semble diminuée par rapport au variant alpha. Une haute efficacité vaccinale contre les hospitalisations liées au variant delta est toutefois maintenue (75 à 97 %).


En plus de ces quatre variants classés « préoccupants », d’autres variants classés « d’intérêt » par l’OMS sont également sous surveillance au Québec, dont lambda (C.37, émergence du Pérou) et mu (B.1.621, émergence de Colombie). Pour l’instant, rien n’indique qu’ils sont préoccupants au Canada.

La situation des variants est sous surveillance étroite, car elle peut changer le cours de la pandémie. Il est donc important de dépister rapidement tous les cas positifs de COVID‑19 et d’assurer une vigie génomique pour identifier les nouveaux variants du virus. Parallèlement, des actions rapides des directions régionales de santé publique pour retracer et isoler les contacts, ainsi que le respect des consignes sanitaires par toute la population aident à freiner la propagation des variants préoccupants.

Toute personne qui présente des symptômes qui s’apparentent à la COVID‑19 ou qui a été en contact étroit avec une personne atteinte devrait aller se faire tester rapidement.


Des vaccins efficaces

Les connaissances actuelles démontrent que les vaccins contre la COVID‑19 offerts au Canada sont efficaces pour éviter une infection au SRAS‑CoV‑2, limiter la transmission du virus, et en cas d’infection, protéger contre les formes graves de la maladie en diminuant le risque d’hospitalisation et de décès. Actuellement, le risque d’être hospitalisé pour la COVID‑19 au Québec est beaucoup plus faible chez les personnes adéquatement vaccinées comparativement aux personnes non vaccinées.

La grande majorité des personnes vaccinées au Canada et au Québec l'ont été avec deux doses de vaccin à ARNm de Pfizer-BioNTech (ComirnatyMD) ou de Moderna (SpikevaxMD). Il s’agit de vaccins très efficaces contre le SRAS‑CoV‑2. Ces vaccins offrent une excellente protection après deux doses.

Il est important de savoir que la protection contre les infections et les formes peu graves de la maladie pourrait diminuer lorsque l'intervalle après la deuxième dose s'allongera, en particulier pour le variant delta. Un suivi étroit est en cours au Québec pour monitorer comment la protection conférée par les vaccins contre la COVID‑19 se maintient dans le temps.


Pour en savoir plus

Publications scientifiques

Données

Nouvelles

Définitions

Criblage : Analyse ciblant des mutations spécifiques ou communes à un variant.

Génome : L'ensemble de l’information génétique d'un organisme

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Dernière mise à jour : 

18 octobre 2021