Accélérer le diagnostic des infections fongiques et prédire la résistance au traitement grâce à la génomique

L’Institut national de santé publique du Québec, grâce à l’expertise du Laboratoire de santé publique du Québec, copilote un projet pancanadien de diagnostic des infections fongiques grâce à la génomique. Ce projet a pour objectif de développer des outils de diagnostic plus précis pour identifier rapidement les espèces fongiques et tester la sensibilité aux antifongiques directement à partir d’échantillons cliniques.

Les infections fongiques graves, causées par des champignons comme Aspergillus et Candida, sont en augmentation dans le monde, avec 14,9 millions de cas et 1,7 million de décès chaque année. Près de 2 % de la population canadienne en est atteinte. Cette hausse est liée à l’augmentation du nombre de personnes immunosupprimées et âgées, plus vulnérables à ces infections. Le phénomène est aussi exacerbé par l’émergence et la propagation de nouvelles espèces et de souches résistantes qui rendent certains médicaments antifongiques inefficaces pour le traitement de ces infections.

Génome Canada et Génome Québec ont annoncé un financement de 3,4 millions $ pour déployer ce projet au cours des quatre prochaines années.

Christian Landry, professeur titulaire en biologie à l’Université Laval, développera le protocole et la méthodologie d’analyse génomique. Philippe Dufresne, spécialiste clinique en mycologie médicale au Laboratoire de santé publique du Québec, coordonnera l’implantation et la validation de cette nouvelle approche avec les laboratoires du réseau de la santé et les cliniciens participants.

« L’approche par analyse génomique va permettre d’identifier et de caractériser la résistance de manière plus précise et plus rapide que les méthodes actuelles, qui nécessitent souvent une longue mise en culture. Avec ces informations, les médecins pourront sélectionner le bon antifongique et la meilleure stratégie de traitement dès le début, ce qui est capital pour contrôler l’infection chez cette clientèle vulnérable », affirme Philippe Dufresne.

En plus du Laboratoire de santé publique du Québec, le Laboratoire national de microbiologie du Canada, Santé publique Ontario et Alberta Precision Laboratories, participent à ce projet.

Les laboratoires fourniront les souches résistantes, valideront la méthodologie d’extraction d’ADN et de détection PCR requise pour tester cette nouvelle approche génomique. Ils seront également au cœur de l’évaluation de la performance des protocoles actuels par rapport à l’approche génomique directement à partir d’un échantillon clinique. Ils seront épaulés par huit pathologistes et microbiologistes-infectiologues spécialisés en infections fongiques.

Pour en savoir plus sur cette initiative : https://www.genomequebec.com/307-projet/outils-genomiques-pour-la-prediction-de-la-resistance-aux-antifongiques-dans-les-echantillons-cliniques/