Variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée

Mise à jour du  , 11 h.

Cette page diffuse de l'information sur les cas de COVID-19 causés par des variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée détectés par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN, ou PCR en anglais) de criblage. Les cas de variants confirmés par séquençage génomique, qui permettent d’identifier la souche exacte du variant, sont également présentés. Les cas de variants sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. Notez que les précisions méthodologiques sont révisées régulièrement.

Avec la hausse du nombre de cas, il n'est plus possible, pour certains laboratoires, de cribler systématiquement tous les tests positifs à la COVID-19. Les nombres présentés de cas de variants peuvent donc être sous-estimés.

 
cas (criblage)
 
criblage positif (7 jours)
 
cas (séquençage)

Les graphiques de cette page sont interactifs; en cliquant sur une série de la légende, il est possible de la faire apparaître ou disparaître du graphique et l'échelle s'ajustera automatiquement. Dans les graphiques évolutifs, il est possible de faire glisser les poignées pour élargir ou rétrécir le spectre visible de la courbe et de le déplacer ensuite de gauche à droite à l’aide de la souris.

1 - Variants détectés par criblage

Pour en apprendre plus sur les cas de variants détectés par criblage, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

1.1 - Nombre cumulatif et taux de cas de variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée détectés par criblage au Québec selon la RSS (pour 100 000)

Région sociosanitaire (RSS) Cas de variants Taux pour 100 000
2 - Taux de reproduction et projections

Les données estimées et projetées sont basées sur les cas de variants détectés par criblage. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous. Ces deux graphiques sont mis à jour chaque lundi.

2.1 - Estimation du taux de reproduction (Rt) des cas de variants de SRAS-CoV-2 au Québec selon la date de prélèvement

 

VSSR : Variants sous surveillance rehaussée
I.C. : Intervalle de confiance.


2.2 - Projections de la proportion de variants parmi les cas de SRAS-CoV-2 selon la date de prélèvement

Ce graphique présente les données empiriques et les projections de la proportion des cas de SRAS-CoV-2 avec criblage positif pour les variants sous surveillance rehaussée.

 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

3 - Variants confirmés par séquençage

Le séquençage génomique est pratiqué sur des échantillons positifs au SRAS-CoV-2 et permet de déterminer la lignée exacte du variant. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous

3.1 - Nombre cumulatif de cas de variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée au Québec confirmés par séquençage selon la lignée du variant et la RSS

Région sociosanitaire (RSS)
B.1.1.7
Émergence
Royaume-Uni
B.1.351
Émergence
Afrique du Sud
P.1
Émergence
Brésil
B.1.525
Émergence
Nigéria
Total

 


Précisions méthodologiques

  • La tuile Criblage présente les cas de variants sous surveillance rehaussée détectés par TAAN de criblage. Ces cas de variants correspondent aux cas totaux de variants en circulation, incluant les cas de variants confirmés par séquençage génomique. Ces données sont cumulatives.
  • La tuile Séquençage présente les cas de variants sous surveillance rehaussée confirmés par séquençage génomique. Ces données sont cumulatives.
  • La tuile Criblage positif (moyenne 7 jours) représente l’ampleur des variants parmi les cas de COVID-19 de la dernière semaine. Plus précisément, il s’agit de la proportion moyenne des 7 derniers jours (excluant les données de la veille) d’échantillons de SRAS-CoV-2 confirmés en laboratoire qui ont testé positifs au criblage. Les cas de criblage considérés au dénominateur dans le calcul cette proportion incluent le criblage positif, négatif et indéterminé mais excluent le criblage invalide.
  • Les données des cas de variants sont présentées selon la région sociosanitaire de résidence.

Au Québec et ailleurs dans le monde, quatre variants sont sous surveillance rehaussée car, selon la littérature scientifique, ils sont associés à un risque accru de contagiosité, de virulence ou encore d’échappement aux vaccins ou aux traitements contre la COVID-19. Ces variants sont ceux de lignée :

  • B.1.1.7 ayant émergé au Royaume-Uni;
  • B.1.351 ayant émergé en Afrique du Sud;
  • P.1 ayant émergé au Brésil;
  • B.1.525 ayant émergé au Nigeria.

Les résultats de tests de criblage permettent de détecter la présence de variants sous surveillance rehaussée alors que les résultats de tests de séquençage génomique permettent d’identifier la lignée exacte du variant.

Depuis le 15 février 2021, un processus a été mis en place afin d’analyser tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 du Québec par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) de criblage afin de détecter les cas de variants sous surveillance rehaussée et d’estimer leur ampleur dans la province. Les données positives au criblage sont celles dont les mutations recherchées, i.e. celles associées aux variants sous surveillance rehaussée, sont détectées. Les données de criblage ne permettent pas d’identifier la souche exacte du variant (ex. B.1.1.7; B.1.351).

Lorsque les résultats sont positifs au criblage, les échantillons sont ensuite analysés par séquençage génomique au Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) afin de confirmer la lignée exacte du variant.

Quatre résultats peuvent être obtenus suite au test de criblage :

  • Détecté;
  • Non détecté;
  • Invalide;
  • Indéterminé.

Les résultats « détectés » captent spécifiquement les mutations connues des variants sous surveillance rehaussée et sont considérés comme étant positifs au criblage. Ce sont les données utilisées pour :

  • La tuile Criblage;
  • Le tableau 1.1;
  • Les graphiques 2.1 et 2.2.

Les échantillons positifs au criblage sont ensuite acheminés au LSPQ pour identifier le type de variant par séquençage génomique. Parfois, certains échantillons qui testent positifs au criblage ne s’avèrent pas des variants sous surveillance rehaussée selon les résultats de séquençage génomique. Cette proportion est toutefois faible et les résultats positifs au criblage demeurent une très bonne estimation des variants sous surveillance rehaussée en circulation au Québec.

Les résultats « non détectés » ne captent pas les mutations connues des variants sous surveillance rehaussée et sont considérés comme étant négatifs au criblage.

Les résultats « invalides » sont ceux pour lesquels il est impossible de confirmer ou d’infirmer la présence de mutations, et sont essentiellement dus à l’insuffisance du matériel génétique de l’échantillon.

Les résultats « indéterminés » sont ceux pour lesquels les résultats sont inattendus et sont acheminés vers le séquençage génomique pour confirmation du type de variant.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

2.1 Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique 2.1 sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt  des variants sous surveillance rehaussée est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.

2.2 Projections de la proportion de variants sous surveillance rehaussée

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des variants sous surveillance rehaussée.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y sont déjà dominants.

Le séquençage génomique est pratiqué par le LSPQ sur une partie des échantillons positifs au SRAS-CoV-2. Il permet d’identifier précisément la lignée du variant ou de souche de l’échantillon et il requiert un délai de 7 à 14 jours. Plusieurs chemins sont possibles pour en arriver au séquençage :

  • Un résultat positif au test TAAN de criblage;
  • Un résultat négatif au test TAAN de criblage, mais dont l’échantillon est issu d’un groupe ciblé (ex. voyageurs, éclosions, maladie sévère);
  • Un résultat indéterminé au test TAAN de criblage;
  • Séquençage aléatoire.

Environ un tiers des échantillons positifs au criblage n’obtiennent pas de résultat au séquençage génomique en raison d’une charge virale trop faible ou d’une conservation non adéquate de l’échantillon.  

De plus, certains échantillons positifs au criblage ne s’avèrent pas des variants sous surveillance rehaussée selon les résultats de séquençage génomique. Cette proportion demeure faible. Comme ils ne rencontrent pas les critères d’une surveillance rehaussée, ils ne sont pas présentés sur cette page.

  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.