Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Chaque mercredi, cette page diffuse de l'information sur la proportion de cas de variants du SRAS-CoV-2 issus du séquençage. Ces cas ne concernent que les cas confirmés en laboratoire par test TAAN et sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. À noter que depuis le début janvier 2022, l’accès au dépistage est restreint à certains groupes prioritaires. Voir la page Méthodologie des données, section Dépistage, pour plus de détails.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite de validations ou d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure.

Pour plus de détails, voir les Précisions méthodologiques.

Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, au cours des 12 dernières semaines

Ce graphique présente des lignées sous vigie rehaussée et, le cas échéant, leurs sous-lignées associées lorsque identifiées par une étoile (*). Les lignées sont mutuellement exclusives. Ce graphique ne peut être comparé avec des versions publiées antérieurement car des sous-lignées pourraient avoir été retranchées ou ajoutées. De plus, ces données sont différentes du tableau des proportions présenté ci-dessous pour lequel les lignées ne sont pas agrégées (aucune étoile *). Voir "À propos des données" pour plus de précisions. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron.

Les sous-lignées BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 (non BA.4.6) ont été rétrogradées de la vigie rehaussée et sont incluses dans la catégorie « Autres » depuis la semaine du 8 janvier 2023.

 

(*) L’étoile désigne les sous-lignées associées à la sous-lignée parentale. Ex. BQ.1.1* correspond à la sous-lignée BQ.1.1 et les sous-lignées commençant par BQ.1.1, comme BQ.1.1.15. Elles sont mutuellement exclusives, i.e. BQ.1* exclut BQ.1.1*.

Proportion dans la dernière semaine et évolution des sous-lignées sur 6 semaines

Sous-lignées représentant au moins 1% des cas séquencés pour une semaine, au cours des six dernières semaines

Les échelles varient d’un graphique à l’autre. Afin d’améliorer la visibilité de l’évolution, la valeur maximale de l’axe vertical est personnalisée pour chaque sous-lignée; ainsi, la valeur maximale atteinte n’est pas sur la même échelle d’un graphique à l’autre. Il est donc important de tenir compte des proportions affichées dans les infobulles pour l’interprétation des figures et la comparaison de l’évolution entre les sous-lignées. De plus, les sous-lignées dont la prévalence est de 2,5% ou moins sont sujettes à beaucoup de variabilité; la prudence est de mise dans l’évaluation temporelle de celles-ci. Les sous-lignées présentées sont uniques et non agrégées. Ne pas comparer avec le graphique ci-dessus où les sous-lignées peuvent être agrégées. Tous les variants en circulation sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron. Voir "À propos des données" pour plus de précisions sur les sous-lignées.

La proportion présentée est celle de la semaine du  

Sous-lignée  Proportion  Évolution
Précisions méthodologiques
  • Les données de séquençage présentées sont représentatives des lignées circulantes en communauté.

  • Voici les lignées et leurs sous-lignées associées du 1er graphique « Évolution de la proportion des lignées sous vigie rehaussée, incluant leurs sous-lignées associées, au cours des 12 dernières semaines » :

    • BA.2* : Lignée BA.2 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.*, BH.*, BJ.*, BP.*, BS.* et CM.*, sauf BA.2.12.1, BA.2.75 et leurs sous-lignées.

    • BA.2.12.1* : Sous-lignée BA.2.12.1 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.12.1.* et BG.*.
    • BA.2.75* : Sous-lignée BA.2.75 et toutes sous-lignées commençant par BA.2.75.*, BL.*, BM.*, BR.*, BN.*, BY.*, CA.*, CJ.* et CH.*, sauf CH.1.1 et ses sous-lignées.
    • BA.4* : Lignée BA.4 et toutes sous-lignées commençant par BA.4.*, sauf BA.4.6 et ses sous-lignées.
    • BA.4.6* : Sous-lignées BA.4.6* et toutes sous-lignées commençant par BA.4.6.* et DC.*
    • BA.5* : Lignée BA.5 et toutes sous-lignées commençant par BA.5.*, BE.*, BF.*, BK.*, BQ.*, BT.*, BU.*,  BV.*, BW.*, CC.*, CE.*, CK.*, CL.*, CN.*, CP.*, CR.*, DB.*, DE.*, DF.*, DJ.*, DL.* et DG.*, sauf BF.7, BQ.1 et leurs sous-lignées.
    • BF.7* : Sous-lignée BF.7 et toutes sous-lignées commençant par BF.7.*.
    • BQ.1* : Sous-lignée BQ.1 et toute s sous-lignées commençant par BQ.1*, sauf BQ.1.1 et ses sous-lignées.
    • BQ.1.1 et sous-lignées : Lignée BQ.1.1 et toutes sous-lignées commençant par BQ.1.1.*, DR.*, ED.*, DT.*, EA.*, EF.* et EE.*.
    • CH.1.1* : Sous-lignée CH.1.1 et toutes sous-lignées commençant par CH.1.1.*.
    • XBB* : Sous-lignée XBB et toutes sous-lignées commençant par XBB*, sauf XBB.1.5 et ses sous-lignées.
    • XBB.1.5* : Sous-lignée XBB.1.5 et toutes sous-lignées commençant par XBB.1.5.*.
    • Autres : tous les autres résultats du séquençage, incluant les BA.1*, BA.2* à partir du 8 janvier 2023 (sauf BA.2.75), BA.4 à partir du 8 janvier 2023 (sauf BA.4.6), les lignées multiples BA.1-BA.2, Recombinant BA.1-BA.2, XAC, XAE, XAJ, XAY.3, XAZ, XBE, XBF, XBM, XE.
  • Attention : Le « BA.5 * » n’est pas comparable avec les données diffusées dans les semaines précédentes car quelques-unes de ses sous-lignées ont été retranchées pour pouvoir les suivre séparément (BF.7, BQ.1 et BQ.1.1).
  • Attention de pas comparer les lignées ayant un nom similaire entre le graphique et le tableau. Le graphique agrège les sous-lignées (représentées par une *) tandis que le tableau présente les sous-lignées uniques et non agrégées.
  • Les données du graphique et du tableau sont issues du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté. Ils présentent l’évolution de tous les variants en circulation au Québec et pas seulement les variants sous vigie rehaussée.
  • Pour le tableau, chacun des variants affichés représente 1 % ou plus de l’ensemble des variants séquencés pour au moins une des dernières 6 semaines. Les variants représentant moins de 1 % pour les 6 semaines affichées sont agrégés dans la catégorie « Autres ». Toutes les sous-lignées sont mutuellement exclusives pour le tableau.
  • Les sous-lignées dont la prévalence est de 2,5% ou moins sont sujettes à beaucoup de variabilité; la prudence est de mise pour leur interprétation temporelle.
  • Les données sont présentées selon la semaine CDC du prélèvement. La date affichée pour la présentation par semaine est le dimanche, soit la date de début de la semaine CDC.
  • Le tableau de classification des variants du SRAS-CoV-2 a été révisé et est maintenant disponible ici.

À la suite de l’apparition de variants préoccupants vers la fin de 2020 et début 2021 un peu partout dans le monde, le criblage a commencé à être utilisé afin d’identifier les variants au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations ciblées et communes aux variants préoccupants. La détection de ces mutations par test de criblage est effectuée assez rapidement, soit 24 h à 72 h après un prélèvement détecté au dépistage. La faisabilité du criblage dépend de plusieurs facteurs, dont la charge virale de l’échantillon, la spécificité des mutations cibles qui doivent être spécifiques à un variant préoccupant et la surcharge des laboratoires. Le criblage est utilisé de façon temporaire lors de l’émergence d’un nouveau variant afin de soutenir les directions régionales de santé publique dans un rehaussement des mesures d’isolement des personnes porteuses d’un variant préoccupant.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) ainsi que les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour en suivre son évolution au Québec.

Seuls les résultats du séquençage représentatif des lignées circulantes en communauté sont présentés sur la page.

Sources des données

  • Base de données intégrées de génomique - Infocentre (BDIG-Infocentre).

Voir aussi