L’eau souterraine a toujours été une source importante d’approvisionnement en eau potable pour les populations. Jusqu’au XXe siècle, les effets potentiels de la consommation de ces eaux sur la santé étaient peu connus, d’autant plus qu’elles étaient réputées être plus sûres que les eaux de surface. Le risque de contamination associé à la profondeur du puits était toutefois considéré, les puits peu profonds étant reconnus comme une source d’eau moins fiable nécessitant souvent une forme minimale de traitement, telle la désinfection au chlore. De leur côté, les puits plus profonds étaient traditionnellement considérés plus sûrs pour la consommation humaine et ce, sans qu’ils ne requièrent un quelconque traitement. On supposait alors que la filtration s’effectuant de façon naturelle par le sol ainsi que l’imperméabilité de certaines formations géologiques étaient suffisantes pour assurer une eau d’excellente qualité. Or, plusieurs études portant sur des épidémies causées par des infections bactériennes ou virales associées à la consommation d’eau souterraine non traitée ont par la suite suggéré que ce n’était pas toujours le cas. Notons qu'au Canada, environ 30 % de la population (soit 9 millions de Canadiens) est approvisionnée par de l’eau souterraine tandis qu’au Québec, cette proportion est d’environ 18 %.
Le présent article traite des réglementations québécoise et américaine sur les eaux souterraines sur le plan microbiologique, du transport, des sources ainsi que des types de microorganismes. Quelques éclosions de maladies d’origine hydrique associées à la consommation d’eau souterraine contaminée sont également présentées. Finalement, les options existantes pour assurer la protection des sources d’eau souterraine sont abordées.