Révision de la période de collecte pour le séquençage aléatoire des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 et modifications au séquençage prioritaire des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2
Madame, Monsieur,
Nous souhaitons vous aviser qu’une révision de la stratégie de séquençage des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 est en cours. Pour l’instant, l’augmentation récente du nombre de cas positifs quotidiens nous oblige à ajuster la durée de la période de collecte pour le séquençage aléatoire des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2. Ainsi, à partir du lundi 4 septembre 2023, la nouvelle période de collecte sera du lundi 0 h (minuit) au mardi 12 h (midi).
Nous souhaitons réitérer que la réception au LSPQ des échantillons dans les plus brefs délais suivant la période de collecte demeure essentielle au bon fonctionnement du processus.
Changement au niveau de la période de collecte et précisions
Nous continuons de viser le processus le plus stable possible. Toutefois, en fonction du nombre de cas positifs quotidiens et de la stratégie de séquençage, nous devrons périodiquement ajuster la durée de la période de collecte, afin de recevoir au LSPQ suffisamment d’échantillons pour poursuivre la vigie des variants. Le cas échéant, une communication comme celle-ci vous sera envoyée.
Pour les centres hospitaliers participant au réseau HospiVir mené par Rodica Gilca, veuillez continuer de prioriser l'envoi des échantillons admissibles au projet même si ceux-ci entrent dans la période de collecte.
Rappel de la marche à suivre
Échantillons positifs ayant été dépistés du lundi 0 h (minuit) au mardi 12 h (midi) (nouvelle période de collecte)
- Acheminer les échantillons ayant une CT < 30 au LSPQ dans les plus brefs délais avec les formulaires PHAGE imprimés. Assurer l’arrivée des échantillons au plus tard jeudi suivant la période de collecte.
- PHAGE : Sous « Première analyse », sélectionner « Coronavirus (SARS-CoV-2) : biobanque séquençage aléatoire » et compléter les champs requis.
- Prélèvement/Spécimen : Échantillon respiratoire (1 ml). Les échantillons primaires peuvent être conservés au réfrigérateur et expédiés dans un colis contenant des sachets de glace (ice-packs) s’ils sont reçus au LSPQ moins de 72 heures après le prélèvement. Sinon, ils doivent être congelés à –80°C et expédiés sur glace sèche.
- Catégorie de transport recommandée : Catégorie B. s’il vous plait, apposer une étiquette sur la boîte indiquant « Séquençage aléatoire variants SRAS-CoV-2 » et cocher s’il y a d’autres types d’échantillons à l’intérieur de la boîte (voir exemple ci-dessous).
Échantillons positifs ayant été dépistés hors de la période de collecte
- Séquençage prioritaire (investigation d'éclosion, patient immunosupprimé ou cas avec présentation clinique habituelle, après entente avec le LSPQ): envoyer les échantillons au LSPQ selon la procédure de séquençage prioritaire.
- Tous les autres échantillons positifs : appliquer le processus local de disposition des échantillons.
Pour plus d’informations, veuillez contacter Mme Inès Levade à [email protected]
En vous remerciant de votre collaboration habituelle,
Judith Fafard, M.D., FRCPC
Directrice médicale