SRAS-CoV-2 : Maintien du séquençage aléatoire des échantillons positifs durant la période des fêtes
Madame, Monsieur,
Nous désirons vous informer que le séquençage aléatoire des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 sera maintenu durant les deux semaines de la période des fêtes. Nous souhaitons réitérer que la réception au LSPQ des échantillons dans les plus brefs délais suivant la période de collecte demeure essentielle au bon fonctionnement du processus, particulièrement lors de la période des fêtes. En raison des contraintes liées à notre processus, nous ne pouvons pas garantir que les échantillons reçus après jeudi seront sélectionnés pour le séquençage représentatif.
Période de collecte
Le processus reste identique; la période de collecte demeure du lundi 0h (minuit) au mardi 12h (midi). Nous continuons de viser le processus le plus stable possible. Toutefois, en fonction du nombre de cas positifs quotidiens, nous devrons périodiquement ajuster la durée de la période de collecte, afin de recevoir au LSPQ environ 1000 échantillons par semaine au total. Le cas échéant, une communication comme celle-ci vous sera envoyée environ 7 jours avant le changement.
Rappel de la marche à suivre
Échantillons positifs ayant été dépistés du lundi 0 h (minuit) au mardi 12 h (midi) (période de collecte actuellement en vigueur)
Acheminer les échantillons ayant une CT < 30 au LSPQ dans les plus brefs délais avec les formulaires PHAGE imprimés. Assurer l’arrivée des échantillons au plus tard jeudi suivant la période de collecte.
- PHAGE : Sous « Première analyse », sélectionner « Coronavirus (SARS-CoV-2) : biobanque séquençage aléatoire » et compléter les champs requis.
- Prélèvement/Spécimen : Échantillon respiratoire (1 ml). Les échantillons primaires peuvent être conservés au réfrigérateur et expédiés dans un colis contenant des sachets de glace (ice-packs) s’ils sont reçus au LSPQ moins de 72 heures après le prélèvement. Sinon, ils doivent être congelés à – 80 °C et expédiés sur glace sèche.
- Bien que le LSPQ accepte de recevoir les tubes primaires, nous avons remarqué que certains centres nous envoient une aliquote, dans ce cas voici les tubes à privilégier :
| Les échantillons peuvent être expédiés dans des tubes répondant à ces critères : |
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| Exemple de tubes répondant à ces critères : |
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- Catégorie de transport recommandée : Catégorie B. s’il vous plait, apposer une étiquette sur la boîte indiquant « Séquençage aléatoire variants SRAS-CoV-2 » et cocher s’il y a d’autres types d’échantillons à l’intérieur de la boîte (voir exemple ci-dessous).
Échantillons positifs ayant été dépistés hors de la période de collecte
- Séquençage prioritaire (voyageurs, éclosions après entente et situations particulières après entente) : envoyer les échantillons au LSPQ selon la procédure de séquençage prioritaire.
- Tous les autres échantillons positifs : appliquer le processus local de disposition des échantillons.
Pour de plus amples informations, nous vous invitons à contacter monsieur Sorin Busuioc ([email protected]), conseiller-cadre au LSPQ.
En vous remerciant de votre collaboration habituelle,
Judith Fafard, M.D., FRCPC
Directrice médicale
Laboratoire de Santé publique du Québec
Florence Lacasse, T.M., MBA
Directrice des opérations
Laboratoire de santé publique du Québec