Synthèse sur les variants du SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée : transmission, virulence, détection et réponse immunitaire

La surveillance des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS-CoV-2 est une priorité de santé publique et clinique. Elle permet d’anticiper et d’évaluer les impacts potentiels des mutations sur les caractéristiques épidémiologiques et cliniques du virus. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID-19.

Le but de ce document est de faire l’état des connaissances sur les variants sous surveillance rehaussée qui ont émergé au Royaume-Uni (B.1.1.7), en Afrique du Sud (B.1.351) et au Brésil (P.1). Il résume les résultats des études disponibles sur la transmission, la virulence, la détection et la réponse immunitaire pour ces variants. La situation mondiale évolue rapidement et les informations présentées correspondent à l’état des connaissances en date du 10 mars 2021.

Cette synthèse a été rédigée avec la collaboration du Comité sur la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 au Québec de l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ).

  • Trois nouveaux variants d’intérêt du SRAS-CoV-2 font l’objet d’une surveillance rehaussée à ce jour : le variant de lignée B.1.1.7 qui a émergé au Royaume-Uni, le variant de lignée B.1.351 qui a émergé en Afrique du Sud et le variant de lignée P.1 qui a émergé au Brésil. Ces variants ont été rapportés dans plusieurs pays, incluant le Canada (dont la province du Québec) et se distinguent des variants communs, précédents ou circulants, en raison d’un impact suspecté ou démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.
  • Au Royaume-Uni, le variant B.1.1.7 serait de 1,4 à 1,8 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,7 fois plus virulent (risque d’hospitalisation ou de décès) que les variants communs. Il pourrait causer des infections d’une durée plus longue et serait associé à une charge virale plus élevée dans les voies respiratoires supérieures, ce qui pourrait contribuer à sa transmissibilité accrue. Il n’entrainerait pas de changement dans les manifestations cliniques de la COVID-19 ni un risque accru de réinfection comparativement aux variants communs. Les vaccins et traitements par anticorps monoclonaux approuvés par les agences réglementaires seraient aussi efficaces contre ce variant que contre les variants communs. Au Québec, selon les modélisations, ce variant pourrait devenir prédominant et occasionner une nouvelle augmentation des cas au printemps 2021.
  • En Afrique du Sud, le variant B.1.351 serait 1,5 fois plus transmissible que les variants communs et associé à une augmentation de la létalité dans ce pays. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant sur les manifestations cliniques, les hospitalisations, les décès et les réinfections sont limitées. Les vaccins et traitements par anticorps monoclonaux approuvés par les agences réglementaires seraient moins efficaces contre ce variant que contre les variants communs, notamment le vaccin d’Oxford-AstraZeneca. De plus, ce variant serait moins sensible aux anticorps neutralisants du plasma de convalescence pour la COVID-19 (ou évasion immunitaire), ce qui soulève des inquiétudes quant aux risques accrus de réinfection et de résistance à la vaccination pour ce variant. Des essais cliniques visant à tester l’efficacité d’une troisième dose ou d’un vaccin développé spécifiquement contre ce variant ont été annoncés par les fabricants Pfizer-BioNTech et Moderna.
  • Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 1,8 à 2,5 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,8 fois plus virulent (risque de décès) que les variants communs. Il serait associé à des infections avec une plus haute charge virale comparativement à celles causées par les variants communs. Un faible risque de réinfection a été estimé avec ce variant (6,4 %) pour les personnes qui ont déjà été infectées durant la première vague. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant sur les manifestations cliniques, les hospitalisations, les décès, les réinfections et la vaccination sont limitées. En raison de mutations partagées avec le variant B.1.351, une diminution de l’efficacité des vaccins et traitements par anticorps monoclonaux est attendue pour le variant P.1.
  • Les mutations retrouvées dans ces trois variants n’affectent pas la performance globale de tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) pour le dépistage du SRAS-CoV-2. Étant donné que les symptômes et les résultats des tests diagnostiques de la COVID-19 ne permettent pas de différencier l’ensemble des variants sous surveillance rehaussée des variants communs, l’INSPQ et les laboratoires participants ont mis en place des tests de criblage pour tous les échantillons positifs pour un TAAN du SRAS-CoV-2. Ce criblage est actuellement suivi du séquençage du génome entier des virus de tous les résultats présomptifs de variants sous surveillance rehaussée à des fins de confirmation de la lignée. Des données à jour sur ces variants sont disponibles sur les sites Web de l’INSPQ et du gouvernement du Canada.
Synthèse sur les variants du SRAS-CoV-2  sous surveillance rehaussée : transmission, virulence, détection et réponse immunitaire

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