Programme de surveillance du pneumocoque : rapport 2020
Le pneumocoque (Streptococcus pneumoniae) entraîne un grand nombre d’infections de diverses natures, d’hospitalisations, de prescriptions d’antibiotiques et de décès au niveau mondial ainsi qu’au Québec et au Canada. Deux types de vaccins ont été développés pour réduire le fardeau des infections à pneumocoque, en visant plus particulièrement les infections invasives à pneumocoque (IIP) et les sérotypes qui sont le plus souvent en cause. Les vaccins pneumococciques conjugués 7‑valent (contient 7 sérotypes; VPC-7), 10-valent (VPC-10) et 13-valent (VPC-13) sont principalement destinés aux enfants. Le vaccin pneumococcique polysaccharidique 23-valent (VPP-23) est surtout utilisé chez les personnes de 65 ans et plus et chez les personnes de 2 ans ou plus présentant des facteurs de risque particuliers. Il est à noter qu’un vaccin conjugué 15‑valent (VPC-15) a été autorisé au Canada en novembre 2021 et un autre 20‑valent (VPC-20) pourrait être prochainement autorisé.
Une surveillance étroite de l’épidémiologie des infections à pneumocoque est essentielle, afin de mesurer l’impact du programme de vaccination et d’adapter, si nécessaire, les recommandations vaccinales. Une surveillance renforcée des infections à pneumocoque est en cours au Québec et inclut plusieurs activités. Le présent rapport rend compte de ces activités et met l’emphase sur la période allant du 1er janvier 2020 jusqu’au 31 décembre 2020.
L’épidémiologie des IIP en 2020 est avant tout marquée par une diminution importante d’incidence, parallèle à la réduction des contacts suite aux mesures de prévention appliquées pendant la pandémie de COVID-19, qui ont débuté en mars 2020 et visaient à limiter la transmission du SARS-CoV-2. La diminution est cependant moins marquée dans le groupe des moins de 5 ans.
Analyse du registre des maladies à déclaration obligatoire
Au Québec, les IIP sont des maladies à déclaration obligatoire (MADO) depuis 1996. Les données des déclarations d’IIP provenant du registre des MADO ont été analysées pour la période 2001-2020. Globalement, l’évolution du taux d’incidence standardisé pour l’âge entre 2001 et 2020, qui tient compte du vieillissement de la population, suggère une incidence relativement stable au cours du temps, sauf en 2020 où l’incidence a chuté de plus de 40 % par rapport à l’année précédente. En ce qui concerne spécifiquement les enfants de moins de 5 ans, une diminution marquée du taux d’incidence a été observée après l’introduction du VPC-7 en 2004 et une autre diminution a été observée depuis l’introduction du VPC-10 en 2009 suivie de celle du VPC-13 en 2011. Les taux d’incidence chez les enfants sont demeurés faibles par la suite et sont inférieurs à 20/100 000 p.-a depuis 2015. En 2020, la pandémie a été associée à une diminution modeste de l’incidence, passant de 14,7/100 000 p.-a à 13,3/100 000 p.-a en 2021.
Analyse des données du Laboratoire de santé publique du Québec
Distribution des sérotypes
En 1996, le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) a mis sur pied un programme de surveillance en laboratoire des souches invasives de S. pneumoniae. Les objectifs visés étaient d’étudier la distribution des sérotypes en circulation au Québec et d’établir leurs profils de sensibilité aux antibiotiques. Les tendances évolutives dans la distribution des sérotypes pour l’ensemble de la population du Québec ont été analysées.
Dans la population générale, les sérotypes inclus dans le VPC-7 ont diminué de manière importante depuis 2005, suite à l’introduction du programme universel de vaccination chez les enfants de moins de 5 ans. La diminution s’est produite non seulement chez les moins de 5 ans, mais aussi dans le reste de la population. Ces sérotypes représentaient 11 % de l’ensemble des souches identifiées par le réseau sentinelle chez les 5 ans et plus en 2020, et parmi ceux-ci, le plus fréquent était le sérotype 9V (n = 6, 4 % de l’ensemble). Les trois sérotypes additionnels du VPC-10 (1, 5, 7F) ont également diminué progressivement suite à l’introduction de ce vaccin en 2009 et depuis 2014, seul le sérotype 7F est encore retrouvé (2020 : n = 2, 1 %). Les trois sérotypes additionnels du VPC-13 (3, 6A et 19A) ont aussi diminué légèrement depuis l’introduction de ce vaccin en 2011, mais sont encore responsables d’environ 15 % des IIP diagnostiquées (principalement sérotypes 3 [12 %] et 19A [3 %]). Au total, en 2020, 28 % des IIP étaient causées par un des sérotypes inclus dans le VPC-13. La proportion de sérotypes non inclus dans le VPC-13 a augmenté progressivement depuis 2007 pour constituer maintenant la majorité des causes d’IIP.
Chez les enfants de moins de 5 ans spécifiquement, on remarque une diminution importante des sérotypes inclus dans le VPC-7 depuis le début de la surveillance renforcée, pour arriver à une quasi-disparition des cas à partir de 2011 (1 cas en 2020). La diminution des sérotypes additionnels inclus dans le VPC-10 s’est amorcée en 2010 et on observe au maximum un cas par an depuis 2013. Le nombre annuel moyen de cas liés aux sérotypes additionnels du VPC-13 est quant à lui passé de plus de 50 en 2008-2010 à 9 de 2013 à 2020, avec 11 cas observés en 2020).
Détection de S. pneumoniae par test d'amplification des acides nucléiques
Le test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) permet d’identifier les souches infectant des sites pour lesquels la culture est souvent négative, principalement le liquide pleural. En 2020, 24 cas additionnels d’IIP ont ainsi pu être diagnostiqués grâce au TAAN. Parmi ceux-ci, 15 prélèvements provenaient de liquides pleuraux et 73 % des sérotypes identifiés étaient de sérotype 3.
Résistance aux antibiotiques
On observe une certaine stabilité dans la proportion de souches résistantes à la pénicilline et aux autres antibiotiques. Le faible taux de résistance à la pénicilline orale est concordant avec les guides de pratiques qui préconisent l'utilisation de l'amoxicilline à haute dose pour le traitement empirique des infections communautaires où un pneumocoque est suspecté. Par ailleurs, la faible résistance observée à la ceftriaxone est un élément qui peut être important dans les décisions de choix antibiotiques lors de méningites. Une surveillance étroite doit être maintenue, car on ne peut exclure la résurgence éventuelle de clones résistants aux antibiotiques.
Discussion et conclusion
Ce rapport confirme le succès durable du programme de vaccination avec un VPC pour prévenir les IIP chez les enfants de moins de 5 ans. L’introduction successive du VPC-7, du VPC-10 et du VPC-13 à partir de décembre 2004 a permis une réduction notable des IIP dans ce groupe d’âge. Les seuls sérotypes vaccinaux qui persistent dans ce groupe sont le 3 (3 cas par an en moyenne de 2016 à 2020), le 19A (6 cas par an en moyenne de 2015 à 2020) et occasionnellement le 19F et le 23F (1 cas de 19F en 2020). Le nombre moins élevé d’IIP en 2020 montre aussi l’impact important des mesures sanitaires associées à la pandémie de COVID-19 sur la diminution de la fréquence d’autres infections.
La surveillance renforcée des IIP au Québec devra se poursuivre au cours des prochaines années, notamment suite à l’implantation à l’automne 2020 d’un calendrier mixte comportant 2 doses de VPC-10 suivie d’une dose de VPC-13, à l’impact qu’auront eu la pandémie de COVID-19 et les différentes mesures sanitaires mises en place, et au retour aux contacts pré-pandémiques par la suite. Il sera particulièrement important de suivre la fréquence des IIP de sérotype 3 et de sérotype 19A chez les enfants, car ces deux composants sont absents du VPC-10 et continuent de circuler à l’heure actuelle. La surveillance des IIP devra aussi tenir compte de la disponibilité grandissante d’un TAAN plus sensible que la culture et de la possibilité nouvelle d’obtenir le sérotype par TAAN à partir de liquides biologiques normalement stériles positifs pour S. pneumoniae. Les résultats de cette surveillance aideront à formuler les recommandations pertinentes concernant l’utilisation des VPC chez les enfants et les adultes, incluant pour les nouveaux vaccins 15-valent et 20-valent. Ces nouveaux produits pourraient réduire de façon substantielle le fardeau des IIP si une efficacité élevée contre les sérotypes additionnels qu’ils contiennent se confirme et si le remplacement des souches vaccinales par des souches non vaccinales causant les IIP reste limité.
