Comité d’experts en vigie génomique du SRAS-CoV-2

Le présent document vise à harmoniser les définitions des variants du SRAS-CoV-2 et la terminologie employée pour leur classification au Québec, au regard de celles de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) américains et de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS).

En raison de l’augmentation récente du nombre de cas détectés de la lignée B.1.1.529 et de ses sous-lignées (Omicron) au niveau international, d’un nombre élevé de mutations préoccupantes au sein de cette lignée, de sa première détection au Québec et de son classement comme variant préoccupant par plusieurs organismes de santé publique, dont l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) et l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), le Comité d’experts en vigie génomique (CEVG) du SRAS-CoV-2 au Québec de l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) a recommandé le 30 novembre dernier d'inclure dès maintenant le variant B.1.1.529 (Omicron) dans la liste des variants préoccupant du SRAS-CoV-2 au Québec. Cette nouvelle classification en variant préoccupant implique une surveillance au moyen du séquençage du génome entier (SGE) des voyageurs et de prélèvements ciblés, des analyses fonctionnelles du virus, des mesures de santé publique rehaussées afin d’en limiter la…

En raison de la situation sanitaire internationale, de l’augmentation récente du nombre de cas de la lignée B.1.621 (mu) au Québec et de son classement comme variant d’intérêt par plusieurs organismes sanitaires dont l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), le Comité d’experts en vigie génomique du SRAS-CoV-2 au Québec (CEVG) de l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) recommande d'inclure dès maintenant le variant B.1.621 (mu) et ses sous-lignées dans la liste des variants d’intérêt du SRAS-CoV-2 au Québec. Cette nouvelle classification en variant d’intérêt implique une surveillance au moyen du séquençage du génome entier (SGE) et d’analyses fonctionnelles, ainsi qu'un suivi attentif de la littérature scientifique.

En raison de la situation sanitaire internationale et de la prédominance mondiale du variant de lignée B.1.617.2 (delta) ayant émergé en Inde, le Comité d’experts en vigie génomique (CEVG) du SRAS‑CoV‑2 de l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) recommande de maintenir le variant delta (et ses sous-lignées AY*) dans la liste des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 au Québec. En accord avec la reclassification de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et en raison de leur relative faible occurrence, le CEVG recommande de rétrograder les variants B.1.617.1 (kappa) et B.1.617.3 dans la liste des variants d’intérêt.

En raison de la situation sanitaire internationale et de son classement par plusieurs organismes sanitaires dont l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme « préoccupant », le Comité d’expert sur la vigie génomique du SRAS-CoV-2 au Québec (CEVG) de l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) recommande d'inclure dès maintenant les variants de lignée B.1.617 (émergence de l’Inde) dans la liste des variants préoccupants du SRAS‑CoV‑2 au Québec. Afin de permettre une détection en temps réel de l’émergence des trois sous-lignées de ce variant, la mutation L452R, présente dans toutes les sous-lignées décrites de la lignée parentale, devrait être incluse dans le criblage des échantillons positifs détectés par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) pour le SRAS-CoV-2 en laboratoire. La présence de cette mutation devra être rapportée aux autorités de santé publique comme une mutation associée à un variant préoccupant présomptif pour permettre une action…