Rapport d’activités 2015-2016 du Laboratoire de santé publique du Québec

Ce rapport présente les travaux du Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) au cours de la période du 1er avril 2015 au 31 mars 2016.

Le développement soutenu des activités s’est poursuivi en lien avec les fonctions essentielles d'un laboratoire de santé publique afin de maintenir sa capacité de réponse rapide dans le cas d’urgences infectieuses, d'assurer le développement de son expertise dans la caractérisation des nouveaux pathogènes, de leurs facteurs de virulence et leurs mécanismes de résistance. Les services de référence et la recherche, le renforcement de la surveillance et de la vigie en laboratoire et le soutien aux investigations en cas d'urgence et de menaces infectieuses demeurent essentiels pour soutenir nos partenaires dans les investigations de maladies transmissibles. Les activités de transfert de connaissances, de labovigilance et de rayonnement ont aussi été maintenues, notamment par notre bulletin mensuel STATLABO. Enfin, un soutien méthodologique pour la gestion des éclosions de maladies infectieuses et l’évaluation d’interventions de santé publique d’envergure a été offert et réalisé.

Services de référence

Les analyses pour la détection des IgM anti-Chikungunya ont été rapatriées au LSPQ en cours d’année.

Afin de réduire le temps-réponse pour le Chlamydia trachomatis causant la lymphogranulomatose vénérienne (LGV), le LSPQ a également ajouté une analyse PCR multiplexe pour déterminer la présence d’un génotype LGV ou non sur échantillon Chlamydia positif.

En 2016, une nouvelle technique de génotypage du Clostridium difficile est venue remplacer l’électrophorèse sur gel en champ pulsé, soit le ribotypage. Ce changement de technique de génotypage est nécessaire dans un but d’efficience, de précision et d’harmonisation avec les autres laboratoires effectuant de la surveillance, dont le Laboratoire national de microbiologie à Winnipeg.

La mise au point d’un service de typage moléculaire de Pneumocystis jirovecii est maintenant offerte au réseau dans le cadre d’éclosions.

Le dosage de la 5-fluorocytosine a été retiré de l’offre de services du LSPQ, ce service étant offert au CHU de Québec et au CHU Sainte-Justine.

Réponses aux urgences infectieuses

L’apparition du virus Zika dans les Amériques et dans les Caraïbes de même que l’observation de microcéphalies chez des nouveau-nés de mères infectées durant leur grossesse a amené le LSPQ à émettre une communication au réseau en novembre 2015 et à préparer un guide de services disponible à tous les intervenants, conjointement avec le CHU Sainte-Justine. Plusieurs pays et territoires expérimentent des épidémies présentement. Pour répondre à la demande de diagnostic chez des Québécois ayant voyagé dans des régions affectées, des spécimens ont été soumis au Laboratoire national de microbiologie : les spécimens de 19 personnes ont révélé des résultats positifs à l’un des tests utilisés.

Surveillance

Au cours des dernières années, l’émergence de la résistance à l’azithromycine chez Neisseria gonorrhoeae a fait son apparition, passant de 2 % en 2008 à 12,4 % en 2015.

La surveillance élargie du pneumocoque par l'inclusion de toutes les souches invasives isolées au Québec se poursuit. La caractérisation de ces souches permettra d'évaluer l'impact de l'implantation de vaccins pneumococciques.

Le Comité sur les infections nosocomiales du Québec a recommandé la poursuite de la surveillance systématique de souches de Staphylococcus aureus résistantes à la méthicilline isolées d’hémocultures aux trois ans. La collaboration des laboratoires a été sollicitée pour la période 2016-2017, afin de procéder à la caractérisation moléculaire et de déterminer le profil de sensibilité aux antibiotiques.

Le nombre de souches d’entérocoques résistants à la vancomycine s’est accru durant l’année et les critères de soumission ont été resserrés. Une diminution appréciable en a résulté.

Le plan d’action du ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS) pour la surveillance de la maladie de Lyme, en émergence au Québec, a été maintenu en 2015. Ces activités de surveillance du vecteur, la tique Ixodes scapularis,ont pour but de mieux caractériser sa progression géographique sur le territoire québécois.

Dans le cadre du plan d'action du MSSS pour la surveillance du virus du Nil occidental, les épreuves analytiques ont été réactivées pour la surveillance entomologique au cours de l'été 2015.

Les statistiques générales de labovigilance sont publiées mensuellement dans le bulletin STATLABO, accompagnées de faits saillants et d’annonces d’intérêt, bonifiant ce produit de surveillance.

Recherche et innovation

Une subvention importante de Génome Canada a été accordée à des chercheurs de l’Université McGill, de l’Université Laval et pour laquelle le LSPQ s’est vu confier une des quatre activités. Elle vise à proposer de nouvelles approches moléculaires permettant d’assurer la sécurité alimentaire afin de réduire le fardeau économique de la salmonellose.

Le financement de la compagnie Pfizer a été renouvelé pour trois ans afin de poursuivre l’évaluation de la faisabilité et de la pertinence d’un programme de surveillance élargie des souches invasives de Streptococcus pneumoniae.

Quatre fonds de recherche financés par le Fonds vert dans le cadre du Plan d’action gouvernemental 2013-2020 sur les changements climatiques ont également été obtenus pour des travaux portant sur le virus du Nil occidental, la maladie de Lyme et les zoonoses entériques.

Le personnel du LSPQ a collaboré à des travaux qui ont mené à 40 publications dans des revues scientifiques dotées de comités de pairs et à leurs présentations à 35 congrès scientifiques.

Assurance qualité

Le LSPQ a maintenu son accréditation ISO 15189 et ISO 17025 du Conseil canadien des normes. Il a de plus ajouté l’identification bactérienne par MALDI-TOF à la portée de son accréditation ISO 15189.

En vertu de la nouvelle Réglementation sur les agents pathogènes humains et toxines, le LSPQ a déposé sa demande de permis à l’Agence de santé publique du Canada pour ses installations de niveaux de confinement 2 et 3. Cette exigence s’appliquera également aux laboratoires manipulant des microorganismes et participant au programme de contrôle externe de qualité en microbiologie.

Un panel d’échantillons a été distribué aux laboratoires désignés afin de vérifier la nouvelle technologie acquise pour le diagnostic rapide de l’Influenza A et B par amplification d’acides nucléiques.

Formation

En lien avec sa mission de développement des compétences, le LSPQ a offert des formations à 71 personnes, principalement des technologues en formation continue et des médecins résidents en microbiologie et infectiologie. Trois stagiaires à la maîtrise et au postdoctorat ont été accueillis.

Le LSPQ maintient sa contribution aux cours développés en collaboration avec l’INSPQ et accrédités par l’Université de Montréal (UdeM) en matière d’épidémiologie des maladies infectieuses, de protection de la santé publique, d’épidémiologie de terrain et de gestion des éclosions.

Structure administrative

Des changements organisationnels implantés au cours de l’année ont vu l’instauration d’une codirection au sein du LSPQ accompagnée de l’entrée en fonction du microbiologiste en chef, d’une directrice des opérations et d’un médecin microbiologiste infectiologue-conseil.

En conclusion

Le LSPQ a investi des efforts d'optimisation tout au cours de l'année dans un contexte de restrictions de ressources afin de poursuivre le développement de ses services de référence et de la recherche afin de soutenir le MSSS, les réseaux de soins et de la santé publique dans l'atteinte des objectifs pour le maintien de la santé de la population.

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ISBN (électronique): 

978-2-550-77492-1

ISSN (électronique): 

1918-0187

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