Articles de avril 2020

L’Institut national de santé publique du Québec se joint au Centre de génomique de l’Université McGill afin de séquencer les différentes souches virales des patients québécois atteints par la COVID-19.

Ces travaux permettront de soutenir les enquêtes épidémiologiques de santé publique en identifiant l’origine du virus et son évolution au sein de la population. Ce partenariat coïncide avec l’annonce du gouvernement fédéral qui octroie 40 millions de dollars pour la recherche en génomique sur la COVID-19.

Sandrine Moreira, responsable de la coordination de la génomique et de la bio-informatique, Hugues Charest, responsable des virus respiratoires et Dr Michel Roger, directeur scientifique du Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) coordonneront le projet au Québec, en partenariat avec les professeurs Ioannis Ragoussis, Guillaume Bourque et Jesse Shapiro du Centre de génomique de l’Université McGill.

« Lorsque le virus se multiplie et se transmet d’une personne à l’autre, il fait des erreurs en recopiant sa séquence génétique, explique Sandrine Moreira. En déterminant la séquence génétique du virus détecté chez les patients, il est ainsi possible de reconstituer le chemin de la transmission du virus, puisque des virus très ressemblants ou identiques se sont probablement transmis directement ou avec peu d’intermédiaires. »

Une biobanque d’échantillons positifs

Quelque 20 millions de dollars seront ainsi partagés entre les provinces pour le séquençage du génome des virus des patients atteints de la COViD-19. Pour le Québec, le projet a été nommé CoVSeQ. Le LSPQ constituera une biobanque, la CoVBanQ, avec tous les échantillons positifs du Québec. Il réalisera le séquençage, l’analyse des séquences génétiques et la modélisation de la chaine de transmission en collaboration avec le Centre de génomique de McGill. « Ces informations permettront de guider les enquêteurs de santé publique et de valider des liens de transmission identifiés lors des investigations qui ont cours sur le terrain », poursuit Sandrine Moreira.

À la fine pointe

Ce projet réunit les technologies de pointe les plus avancées en matière de séquençage génomique et d’analyse bio-informatique. Il met aussi à contribution un groupe d’experts en clinique, virologie, génomique, phylogénétique et épidémiologie. « Les séquences génétiques produites seront rapidement partagées avec les hôpitaux et les chercheurs afin de soutenir les recherches sur les vaccins, la virulence des coronavirus et les antiviraux par exemple », de conclure Sandrine Moreira.

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Depuis plusieurs semaines déjà, l’évolution de la pandémie de COVID-19 au Québec préoccupe les experts et fait l’objet de travaux de modélisation. Au moment où une reprise progressive des activités économiques, sociales et cliniques est envisagée par les autorités, des experts se sont penchés sur les impacts que celle-ci pourrait avoir sur la trajectoire de la pandémie et sur les ressources pour y faire face.

Les experts de l’Institut national de santé publique du Québec et de l'Université Laval (Groupe de recherche en modélisation mathématique et en économie de la santé liée aux maladies infectieuses, dirigé par Marc Brisson) ont d’abord produit un portrait modélisé de l’impact des mesures de distanciation physique et de confinement sur la progression de l'épidémie de la COVID-19, à la lumière des données disponibles. Ils ont aussi réalisé des projections de l'évolution probable de l'épidémie selon des scénarios d'assouplissement de ces mesures.

Depuis le début de l’épidémie, la priorisation des soins et services a été adaptée afin d’assurer une capacité d’accueil de patients, quel que soit leur profil clinique. Les travaux de l’Institut national d’excellence en santé et en services sociaux (INESSS) et des experts de l’Université McGill permettent d’estimer la propagation de la COVID-19 et ses répercussions sur les admissions hospitalières et sur l’occupation des lits réguliers et de soins intensifs. Ces travaux permettent d’anticiper l’effet à la fois de l’évolution de l’épidémie et de la reprise des activités cliniques sur les ressources hospitalières. 

Cliquez ici pour voir en détail ces modèles :

 

À la lecture des constats et prévisions présentés, les deux instituts et leurs partenaires universitaires confirment que la stratégie mise de l’avant au Québec a porté fruit dans la population générale et a permis d'éviter un nombre considérable de décès.

Les prochains jours sont cruciaux pour anticiper l’évolution de l’épidémie, valider la capacité du système de soins, calibrer la reprise des activités cliniques et disposer des stratégies de déconfinement.

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Un Québécois sur deux travaille. En période de pandémie, l’appétit des milieux de travail pour obtenir une information juste au chapitre des mesures à prendre pour protéger les travailleurs contre la COVID-19 a été assouvi. C’est à cette tâche indispensable que s’est attardée l’Unité de la santé au travail de l’Institut (SAT) et de bon nombre de collaborateurs sur lesquels elle peut compter.

La force d’un réseau

Agroalimentaires, sécurité et services publics, accueil des travailleurs étrangers temporaires agricoles, construction domiciliaire, voierie, commerces, mines, manufactures, transport, travailleurs avec maladies chroniques ou immunodéprimés, travailleuses enceintes ou qui allaitent sont parmi les domaines pour lesquels l’équipe de santé au travail, a produit des avis, des recommandations et a répondu à des questions traduisant une inquiétude bien légitime. « Très tôt, on a vu à quel point les employeurs et les syndicats étaient préoccupés d’offrir aux employés des conditions de travail saines et sécuritaires contre le coronavirus et c’est ce qui nous a motivés à agir sans délai », explique Marie-Pascale Sassine, chef d’unité scientifique.

Produire autant en si peu de temps, alors qu’il en faut le triple habituellement, a été possible grâce à l’existence d’un réseau bien établi. Le Réseau de santé publique en santé au travail (RSPSAT) réunit tous les acteurs clés de la santé au travail, dont l’Institut. Ils coopèrent pour la mise en place de conditions optimales de prévention des problèmes de santé attribuables aux conditions de travail. « Au noyau de base de l’unité de l’Institut, sont venus se greffer des collaborateurs du RSPSAT et de différentes équipes de l’Institut de manière à élargir l’étendue de l’expertise requise afin de fournir les connaissances appropriées et connues à ce jour », ajoute Stéphane Perron, médecin-conseil à la Direction de la santé environnementale.  

Miser sur des liens solides

 « La rédaction de chaque fiche a été confiée à des médecins, des professionnels et des relecteurs connaissant bien le secteur d’activité, », précise Mariève Pelletier, conseillère scientifique spécialisée.  « C’est très satisfaisant de savoir que plusieurs associations sectorielles paritaires et différents milieux de travail se sont approprié les fiches pour en faire les leurs et les diffuser dans leur réseau », précisent Geoffroy Denis, chef médical au programme des services de santé au travail du Centre intégré universitaire de santé et de services sociaux du Centre-Sud-de-l'Île-de-Montréal et Élisabeth Lajoie, médecin spécialiste en santé publique et médecine préventive et médecine du travail, de la Direction de santé publique du Centre intégré de la santé et des services sociaux de la Montérégie-Centre.

La reprise des activités

Après une première phase visant à soutenir les décideurs, les intervenants du RSPSAT et les acteurs en santé au travail concernant les risques liés à la COVID-19 et les façons d’en prévenir la propagation, une seconde phase a été entamée pour le groupe SAT-COVID. La reprise progressive des activités a débuté en effet avec au premier chef : les milieux horticoles, les garages, les chantiers de construction et les mines. Qu’à cela ne tienne, l’équipe et le réseau SAT prennent leur second souffle d’un marathon inédit et se disent prêts à poursuivre son travail pour la moitié de la population.

Pour consulter la série d’avis produits par l’équipe de santé au travail.

Nous vivons une situation d’urgence de santé publique sans précédent. Depuis plusieurs semaines, de nombreux employés de l’INSPQ, de par leur expertise scientifique, sont mobilisés aux premières loges de cette crise, pour éclairer et soutenir les décideurs. Témoin de cette expérience professionnelle et humaine inouïe, l’équipe des communications de l’INSPQ propose une série de reportages au cœur du quotidien de collègues engagés dans la lutte contre la pandémie.

Lorsqu’au point de presse quotidien du premier ministre François Legault et du directeur national de santé publique, il est mention du nombre de tests effectués et à venir, c’est dire à quel point le mandat confié au Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) et aux laboratoires partenaires est névralgique pour le Québec. Ce service primordial de dépistage de la COVID-19, initié par le LSPQ le 22 janvier dernier, a pu atteindre sa capacité maximale grâce à l’engagement et à la détermination de son personnel, qui n’a pas lésiné à se relayer 7 jours sur 7, 24 h sur 24, afin de contribuer à sauver des vies.

Créer le test diagnostique

Le 11 janvier, la Chine transmet aux laboratoires du monde entier la séquence génétique du nouveau coronavirus qui sévit dans la province du Hubei. À l’affût de nouvelles maladies respiratoires sévères, Hugues Charest, spécialiste des services cliniques, réagit rapidement. Il mobilise son équipe de microbiologie moléculaire afin de créer un test diagnostique.

« Le 22 janvier, notre test PCR était prêt, relate-t-il. L'amplification des acides nucléiques (PCR) est une technique qui permet le diagnostic rapide de la COVID-19. Le lendemain, nous recevions nos premiers échantillons en provenance du réseau de la santé. À ce moment, le protocole exigeait qu’un test positif soit envoyé systématiquement au Laboratoire national de microbiologie de Winnipeg pour une validation. Maintenant, ce n’est plus le cas, le LSPQ est autonome. »

Pour accroître la capacité du Laboratoire, il a fallu délester certaines analyses et recruter à l’interne du personnel capable de soutenir les équipes de biologie moléculaire, de la réception et des milieux de culture. Ce dernier secteur prépare les tubes requis pour les prélèvements des patients que l’on voudra tester pour la COVID-19, et ce, afin d’assurer une partie de l’approvisionnement provincial. « Par exemple, une quarantaine d’employés ont été réaffectés à la réception des échantillons depuis le 13 mars et une dizaine aux milieux de culture, explique France Corbeil, gestionnaire de ce nouveau bataillon. L’amplitude de travail a été revue, des quarts de travail de soir et de fins de semaine ont été ajoutés dans ces équipes critiques. »

Ça ne dérougit pas…

Pendant le mois de mars, le LSPQ a reçu plus de 31 000 échantillons pour des analyses. « En gros, c’est un tiers de notre volume annuel », poursuit France.

Au plus fort de la demande, 2 000 échantillons par jour nous étaient expédiés, principalement de la COVID-19. Les taxis attendaient en ligne devant nos locaux. Toute la nuit, les gardiens de sécurité apportaient les nombreuses boîtes pouvant contenir jusqu’à 100 échantillons. » « Non seulement il fallait saisir les requêtes, classer les échantillons, effectuer les tests par lots, mais aussi répondre aux questions des établissements, et leur retransmettre les rapports analytiques », relate Ida Pedro, coordonnatrice technique. Avec ces forts volumes, la gestion des déchets biomédicaux est aussi un enjeu à ne pas négliger.

« Nous avons accru la fréquence des tournées de déchets dans nos laboratoires et la décontamination par la chaleur, poursuit Ida. Aucun déchet ayant été en contact avec du matériel biologique ne sort sans avoir été au préalable passé à l’autoclave pour être décontaminé. C’est le cas pour tous les écouvillons amassés, des chiffons pour désinfecter et tout autre matériel en lien avec les échantillons de COVID-19. Cela représente beaucoup de déchets supplémentaires dans notre conteneur. »

Pas de télétravail possible!

Puisque les tests s’effectuent au Laboratoire, la majorité du personnel doit continuer à se rendre à Sainte-Anne-de-Bellevue. Pour bon nombre, le télétravail est impossible.

« Nous tentons de maintenir une distance physique appropriée entre les travailleurs du labo, rassure Florence Lacasse, directrice des opérations. Par ailleurs, nous avons les équipements nécessaires pour nous protéger : pièce à pression négative; sarraus, masques et gants. Nous avons l’habitude de prendre toutes les précautions, car nous manipulons plus de 80 000 échantillons de toutes natures par année. Nous avons l’habitude des différents niveaux de confinement. Je crois que cette année, nous battrons notre record, grâce à la collaboration de tous les employés pour lesquels des efforts inhabituels sont demandés. » « Pour nos équipes, c’est un travail titanesque qui doit être accompli avec rigueur et précision. Nous savons à quel point les autorités, le réseau de la santé et la population ont des attentes envers nous », affirme Michel Roger, directeur scientifique. 

Des hôpitaux en renfort

Afin d’augmenter la capacité de tester la Covid-19, neuf laboratoires d’hôpitaux sont venus en renfort le 9 mars. « La validation de ces laboratoires s’est faite sous la supervision du LSPQ, précise Judith Fafard, médecin-conseil. Afin de vérifier l’exactitude du test déployé dans les centres hospitaliers, nous leur avons préparé des échantillons modèles avec résultat. Le LSPQ a aussi vérifié les premiers échantillons positifs de chaque laboratoire délocalisé. Momentanément, cela nous a ajouté du stress, mais à terme, ça a permis de décupler la capacité de tester. »


Photos

Une partie de l’équipe de la réception en action.

Pour vous donner un aperçu du lot de colis acheminés au Labo en quelques heures.

Rédigé par Irène Langis et Nathalie Labonté, conseillères en communication.


Pour plus d’information sur les tests du LSPQ, visionnez le reportage de Découverte du 5 avril dernier : https://ici.radio-canada.ca/tele/decouverte/site/segments/reportage/162321/tests-analyses

Consultez aussi cet article paru dans Le Devoir : https://www.ledevoir.com/societe/sante/574212/le-laboratoire-quebecois-qui-traque-le-covid-19

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En ce temps de crise, les acteurs de la santé publique doivent prendre quotidiennement une grande quantité de décisions. Certaines d'entre elles feront émerger des tensions entre des valeurs. Ces tensions peuvent être atténuées par une analyse éthique de la situation qui permet de faire l’arbitrage entre ces valeurs pour trouver des points d’équilibre menant vers des décisions justifiables.

Un cadre de réflexion pour évaluer les valeurs en tension

Pour vous guider dans l’analyse entourant vos décisions, le Comité d’éthique de santé publique (CESP) et la Commission de l’éthique en science et en technologie (CEST) ont produit un cadre de réflexion portant sur certaines dimensions éthiques de la pandémie de COVID-19. Le CESP et la CEST espèrent ainsi jeter un éclairage utile, en temps opportun, sur les arbitrages auxquels sont confrontés les décideurs, et contribuer à la nécessaire réflexion sur le sens des actions menées tant par les acteurs de la santé publique que par les citoyens.

Un exemple de valeurs en tension dans les actions de santé publique actuelles

Isolement, distanciation, quarantaine… le contexte actuel déborde d’exemples de mesures restreignant la liberté des personnes. De telles mesures sont parmi les plus coercitives de toutes les actions à la portée des autorités de santé publique pour lui permettre de limiter la propagation des maladies transmissibles. Leur caractère justifiable tient à la bienfaisance attendue et à la prudence adoptée par les autorités de santé publique. Or, leur application, surtout dans une démocratie libérale comme la nôtre, doit être contrebalancée avec les libertés et les droits fondamentaux. Il s’agit alors d’appliquer la proportionnalité : plus l’on croit que la pandémie a le potentiel d’être sévère, plus des mesures coercitives ou ayant des répercussions sociales et économiques importantes seront justifiables, sachant qu’elles présentent une efficacité reconnue.

Le guide offert a pour but d'éclairer les décideurs du réseau. N'hésitez pas à vous en servir!

Consultez-le dès maintenant, ici : https://www.inspq.qc.ca/publications/2958

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