Analyse comparative des données génomiques du SRAS-CoV-2 obtenues des eaux usées et des cas cliniques
L'INSPQ dispose d'une base de données substantielle qui comprend des données de vigie génomique du SRAS-CoV-2 provenant d'échantillons cliniques de toute la province et d’échantillons d'eaux usées collectées en milieu urbain (Station de traitement d’eau usée de Québec et Montréal) et en établissement (Aéroport de Montréal).
Étant donné que les méthodes de séquençage et d’échantillonnage des eaux usées doivent être adaptées au lieu de collecte et aux capacités de séquençage des laboratoires participants, plusieurs étapes préparatoires ont été réalisées pour établir la méthode de collecte et d’analyse appropriée pour la province de Québec. Bien que les analyses préliminaires aient montré une certaine cohérence entre les lignées du SRAS-CoV-2 détectées par les deux types d'échantillons, les résultats du séquençage dans les eaux usées sont restés préliminaires et n’ont été partagés qu’à l’interne de l’INSPQ.
Même si la vigie du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées est actuellement cessée, une analyse comparative des données génomiques historiques pourrait permettre de documenter leur utilité et de mieux évaluer leur potentiel pour la vigie épidémiologique.
Objectif général :
- Explorer de façon rétrospective la corrélation entre les résultats du séquençage du SRAS-CoV-2 dans les échantillons d’eaux usées et cliniques.
Objectifs spécifiques :
- Explorer si les résultats du séquençage du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées reflètent la circulation et/ou l'évolution des lignées plus prévalentes dans la communauté, telles que rapportées par les échantillons cliniques
- Déterminer les délais de détection des lignées émergentes devenant prévalentes sur le territoire entre les échantillons des eaux usées (ville et aéroport) et les échantillons cliniques.
Exigences :
- Être étudiant à la maîtrise en épidémiologie, biostatistique ou santé publique
- Avoir une bonne maîtrise d'Excel
- Connaître PowerBI ou R constitue un atout
- Fournir son CV, sa lettre de motivation et ses relevés de notes
Lieu du stage : en télétravail.