Le variant Omicron du SRAS-CoV-2

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Le variant du SRAS-CoV-2 désigné Omicron (lignée parentale B.1.1.529) a rapidement remplacé le variant Delta (lignée parentale B.1.617.2) au titre de variant dominant à l’échelle mondiale en décembre 2021. Il a été responsable de la 5^e vague de cas de la COVID-19 au Québec. Sur la base de la présente revue de la littérature sur les caractéristiques épidémiologiques d’Omicron (excluant les données sur la sous-lignée BA.2) mesurées entre novembre 2021 et février 2022, il est possible de tirer les constats suivants :

Transmission : le variant Omicron était plus contagieux que le variant Delta selon les résultats de plusieurs indicateurs de transmissibilité. Plus spécifiquement : i) le taux de reproduction effectif (Rt) était 3,0 à 4,2 fois supérieur avec un temps de doublement qui variait de 2,0 à 3,3 jours; ii) le temps de génération était plus court (1,5 à 3,2 jours contre 2,5 à 4,0 jours); iii) le taux d’attaque secondaire parmi les contacts (domiciliaires ou autres) était environ 1,5 fois plus élevé, indépendamment du statut vaccinal; iv) la période d’incubation était plus courte (médiane de 3,0 contre 4,0 jours); v) l’intervalle sériel était plus court (différence d’environ une demi-journée); vi) la durée d’excrétion virale était comparable (moyenne de 9,9 contre 10,9 jours).
Virulence : le variant Omicron était associé à un risque (hazard ratio ajusté) réduit de développer une forme grave de la maladie comparativement au variant Delta. Plus spécifiquement : i) le risque d’hospitalisation était 28 % à 75 % plus faible et la durée de séjour hospitalier était plus courte (min.‑max. pour Omicron : 0,2 – 4,0 jours ; pour Delta : 0,3 – 8,6 jours); ii) le risque d’admission aux soins intensifs était 49 % à 62 % plus faible; iii) le risque de décès était jusqu’à 79 % plus faible; iv) le risque de toutes maladies graves (incluant entre autres hospitalisations, admissions aux soins intensifs ou décès) était 28 à 90 % plus faible.
Risque de réinfection : le risque de réinfection (intervalle ≥ à 90 jours pour la majorité des études) avec le variant Omicron était de 3 à 5 fois plus élevé que celui avec le variant Delta, aussi bien chez les individus vaccinés que chez les non-vaccinés.
Efficacité vaccinale : l’efficacité des vaccins (Comirnaty de Pfizer-BioNTech, SpikeVax de Moderna ou Vaxzevria/Covishield d’AstraZaneca) pour prévenir les infections liées à Omicron était substantiellement diminuée et moins maintenue dans le temps, comparativement à Delta. Plus spécifiquement, i) l’efficacité d’une primovaccination après trois mois était faible contre toutes infections (environ < 25 %) et contre les infections symptomatiques (environ < 50 %); ii) cependant, l’efficacité d’une primovaccination après six mois demeurait élevée contre les hospitalisations (environ 50-75 %); iii) les données sur l’efficacité d’une primovaccination contre les décès liés à Omicron n’étaient pas disponibles, mais celles basées sur un indicateur composite (incluant les décès) suggéraient une protection élevée contre les infections graves; iv) une dose de rappel (vaccins à ARNm) permettait de rehausser la protection contre toutes infections (jusqu’à 70 %), contre les infections symptomatiques (jusqu’à 82 %) et contre les hospitalisations (jusqu’à 99 %).