L’Ixodes scapularis est un vecteur de Borrelia burgdorferi (maladie de Lyme), d’Anaplasma phagocytophilum (anaplasmose), de Babesia microti (babésiose), du virus de Powassan (encéphalite de Powassan), de Borrelia miyamotoi et de l’agent nouvellement décrit Ehrlichia muris eauclairensis.