État de situation sur le variant B.1.617 du SRAS-CoV-2 (émergent d’Inde) et recommandations pour en rehausser la surveillance au Québec
En raison de la situation sanitaire internationale et de son classement par plusieurs organismes sanitaires dont l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme « préoccupant », le Comité d’expert sur la vigie génomique du SRAS-CoV-2 au Québec (CEVG) de l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) recommande d'inclure dès maintenant les variants de lignée B.1.617 (émergence de l’Inde) dans la liste des variants préoccupants du SRAS‑CoV‑2 au Québec. Afin de permettre une détection en temps réel de l’émergence des trois sous-lignées de ce variant, la mutation L452R, présente dans toutes les sous-lignées décrites de la lignée parentale, devrait être incluse dans le criblage des échantillons positifs détectés par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) pour le SRAS-CoV-2 en laboratoire. La présence de cette mutation devra être rapportée aux autorités de santé publique comme une mutation associée à un variant préoccupant présomptif pour permettre une action rehaussée en santé publique afin de freiner la progression des variants de la lignée B.1.617 au Québec.
Le variant B.1.617 a été détecté en Inde pour la première fois le 3 août 2020 et a, par la suite, été détecté dans plusieurs pays, dont le Canada. Suite à l’analyse de plus de séquences provenant de cette lignée et à sa diversification génétique, elle a été divisée phylogénétiquement en trois sous-lignées, soit B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. Ces trois sous-lignées sont porteuses de la mutation L452R sur la protéine du gène de la spicule (protéine S). La mutation E484Q est aussi présente dans les sous-lignées B.1.617.1 et B.1.617.3, mais elle est absente de la sous-lignée B.1.617.2. Il est important de garder à l’esprit que le virus continue d’évoluer et que le profil de mutations des lignées peut changer dans le temps. De plus, la mutation L452R est présente chez d’autres variants, dont trois classés d’intérêt aux États-Unis de lignée B.1.427 (Californie), B.1.429 (Californie) et B.1.526.1 (New York).