Utilisation de la génomique microbienne en santé publique
Cette revue exploratoire de la littérature est destinée à fournir les connaissances nécessaires pour orienter l’utilisation de la génomique microbienne en santé publique au Québec. Elle s’appuie sur l’analyse de la littérature publiée entre 2013 et 2023 en lien avec l’utilisation du séquençage de nouvelle génération dans une perspective de santé publique.
Principaux constats
Tendance internationale - À travers le monde, la génomique microbienne joue un rôle central dans la réponse des organisations de santé publique aux agrégats, éclosions et épidémies de maladies infectieuses. Plusieurs pays, dont le Canada, ont déployé la génomique avec succès, notamment pour la vigie sanitaire et la surveillance des infections entériques bactériennes, des infections résistantes aux antimicrobiens et des variants du SRAS-CoV-2.
Activités - La génomique est applicable à six activités de santé publique en lien avec les maladies infectieuses :
- La détection précoce des maladies infectieuses émergentes et résurgentes;
- L’investigation d’éclosions de maladies infectieuses;
- Le suivi de l’incidence et de la prévalence des maladies infectieuses;
- La prédiction des caractéristiques phénotypiques des microorganismes;
- Le développement et le suivi de l’efficacité des vaccins et des traitements, mais aussi de la performance des tests de diagnostic;
- Le suivi de la résistance aux antimicrobiens.
Les données qui en découlent peuvent améliorer la capacité des organisations de santé publique à détecter les infections de façon précoce, à suivre leur évolution géographique et temporelle, à évaluer les risques à la santé et à intervenir de façon ciblée en temps opportun.
Avantages - Le séquençage de nouvelle génération comporte plusieurs avantages, dont celui de fournir le plus haut niveau d’information génomique. Cela permet une meilleure discrimination des agents pathogènes et de leurs variations génétiques, mais également des prédictions informatiques de leurs caractéristiques phénotypiques basées sur l’analyse de plusieurs gènes (p. ex., la transmissibilité, la virulence, l’échappement immunitaire et la résistance aux traitements).
Défis - Le séquençage de nouvelle génération comporte plusieurs défis d’ordres organisationnels, techniques et scientifiques. Ces défis peuvent retarder le déploiement du séquençage de nouvelle génération entier dans les laboratoires, mais aussi être une barrière à la pleine utilisation de son potentiel pour soutenir les activités de santé publique.
Cette revue souligne que, pour être utile, la génomique doit être utilisée en complément des données épidémiologiques et des informations contextuelles collectées sur le terrain. Elle rappelle l’importance de maintenir la collaboration interdisciplinaire et la collecte des données descriptives associées aux échantillons cliniques ou autres.
