COVID-19 : Gestion des cas asymptomatiques présentant un premier test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) positif et de leurs contacts

Contexte

Dans le cadre de l’augmentation des tests de dépistage pour la COVID-19, plusieurs résultats de test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) positif, faiblement positifs ou à la limite de la détection chez des personnes asymptomatiques ont été rapportés, dans certains cas sans risques d'exposition identifié.

Le but de cet avis est de proposer une approche de prise en charge des personnes asymptomatiques testées positives pour la COVID-19 et de leurs contacts selon la probabilité d’infection pré test.

Méthodologie

La littérature grise a été consultée en date du 6 juillet 2020. Une réponse rapide de l’Institut national d'excellence en santé et services sociaux (INESSS) sur les indications et critères d’accès au test, publié le 21 juillet 2020, a aussi été consulté(1).

Cet avis a fait l’objet d’une consultation auprès des membres du Comité sur les infections nosocomiales du Québec (CINQ) et des Directions de santé publique.

Constats

La valeur prédictive positive d’un test diminue lorsque la prévalence de la maladie est faible. Toutefois, les tests TAAN utilisés pour la détection du SRAS-CoV-2 possèdent une spécificité élevée, s’approchant de 100 %. Un résultat faussement positif est très rare et pourrait être expliqué notamment par une contamination de l’échantillon, une erreur d’identification ou par une amplification non spécifique.

Les résultats positifs représentent généralement de vrais cas de COVID-19 mais pas nécessairement des cas contagieux. Dans le contexte actuel de pandémie, aux fins de surveillance, tout test TAAN positif est inscrit dans V10 et est considéré comme un cas confirmé.

Un résultat TAAN positif avec un faible nombre de cycles thermique (Ct, nombre de cycles d’amplification nécessaire à la détection des acides nucléiques viraux) représente très probablement une infection active avec charge virale élevée.

Inversement, un résultat positif avec un Ct élevé (ou faiblement positif) est associé à une charge virale plus faible. Ceci peut représenter un début d’infection, une infection résolue sans excrétion de particules virales infectieuses non contagieuse ou une mauvaise qualité d’échantillon (faible prélèvement des sécrétions nasopharyngées et cellules épithéliales du nasopharynx). Les tests avec une Ct élevées sont associés à une culture virale négative1.

L’INESSS rapporte que 12 % des cultures virales pour le SRAS-CoV-2 ont été rapportées négatives lorsque le Ct était à 33. Les patients trouvés positifs par RT-PCR après 34 cycles d’amplification et plus n’excrèteraient plus de particules virales infectieuses et ne seraient plus considérés contagieux. Toutefois, il est précisé que les résultats de Ct ne peuvent pas toujours être comparés d’un laboratoire à l’autre, car ils peuvent varier selon les méthodes et procédures analytiques. Ainsi, il n’y a pas de seuil déterminé pour un Ct associé à une culture virale positive. La corrélation entre un Ct et une culture positive peut être différente d’un test à l’autre(2).

Plus spécifiquement, dans le contexte actuel de pandémie, d’une approche de suppression de la transmission et la définition d’un cas confirmé aux fins de la surveillance, on doit considérer un résultat TAAN positif chez une personne asymptomatique comme étant :

  • Une infection active chez une personne asymptomatique ou pré symptomatique;
  • Une infection antérieure chez une personne qui n’excrète plus de particules virales infectieuses et dont le test reste positif plusieurs semaines après l’infection(3).

La transmission par des personnes asymptomatiques est documentée. Par contre, celle-ci est plus élevée chez les personnes pré symptomatiques et encore plus élevée chez les personnes symptomatiques, surtout s’il y a des expectorations.

Une étude américaine rapporte que chez 350 adultes hospitalisés ou traités à l’externe ayant été testés positifs pour la COVID-19, seulement 46 % rapportaient un contact récent avec une personne infectée par la COVID-19 dans les 14 jours précédents. La plupart de ces contacts étaient un membre de la famille (45 %) ou un collègue de travail (34 %)(4).

Démarche proposée pour les personnes asymptomatiques présentant un test TAAN positif (ou faiblement positif)2 et leurs contacts

A) Établir la probabilité pré test que le cas ait récemment été infecté par le SRAS-CoV-2

  1. Questionner le cas pour vérifier la présence de symptômes dans les 14 derniers jours3 :
    1. Si présence de symptômes compatibles : Isoler le cas et rechercher les contacts selon la période de contagiosité déterminée(5).
    2. Si aucun symptôme compatible identifié dans les 14 derniers jours : Passer à l’étape 2.
  2. Identifier les expositions potentielles au SRAS-COV-2 au cours des 14 jours précédant le prélèvement, par la présence d’un ou plusieurs des critères suivants :
    • ​Exposition à risque modéré ou élevé à un cas confirmé de COVID-19 (maison, travail, école, garderie ou autre)(5).
    • Fréquentation d’un milieu où des cas ont été confirmés (Ex : CHSLD, RPA, prison, école, garderie, camp de jour, etc.).
    • Séjour de 24 heures et plus dans une région où la transmission communautaire est supérieure au seuil considéré comme « très faible » depuis le dernier mois4.
    • Séjour de 24 heures et plus hors Québec.
  3. Déterminer la probabilité pré test :
    • Si présence d’au moins un critère : Probabilité pré test modérée à élevée.
    • Si aucun de ces critères : Probabilité pré test faible.
  4. Passer à la section B pour la conduite selon la probabilité déterminée à l’étape 3.

​​B) Gestion des cas asymptomatiques* avec test TAAN positif (1er test TAAN positif) et de leurs contacts (*n’ayant JAMAIS présenté des symptômes dans les 14 derniers jours)

Probabilité pré test Résultat 1er TAAN Signification Investigation Isolement Recherche de contacts
Modérée à élevée Faiblement positif

Infection active récente

Phase pré symptomatique

Surveillance des symptômes et répéter TAAN si devient symptomatique

OU

Répéter TAAN 48 heures plus tard A
Oui Selon évolution ou résultat 2e test B (voir algorithme)
Positif Infection active Nil Oui Oui B
Faible Faiblement positif Infection rétablie, considérer non contagieux Nil Nil Nil
Positif Phase pré symptomatique possible C Répéter TAAN 48 heures plus tard Oui D Selon résultat 2test B (voir algorithme)

A   Un deuxième test positif (et non faiblement positif) signifie que la charge virale est passée de faible à plus élevée et signifie un potentiel de transmission.

B      https://www.inspq.qc.ca/publications/2902-mesures-cas-contacts-communaute-covid19.

C     Un résultat faux positif demeure très rare (ex. : erreur d’identification de l’échantillon).

D      En attendant de connaître le résultat du deuxième test, placer la personne avec une faible probabilité pré test ayant un test positif en isolement.

Le cas demeure un cas confirmé même si l’interprétation du test répond à un cas non infectieux.

Algorithme :Gestion des cas asymptomatiques selon la probabilité pré test

Algorithme : Gestion des cas asymptomatiques selon la probabilité pré test


1 Michel Roger communication personnelle, 15 juillet 2020.
2 S’il s’agit d’un nouveau résultat positif chez une personne considérée rétablie, se référer à l’avis Prise en charge des personnes considérées rétablies et présentant à nouveau un test positif pour le SRAS-CoV-2(3).
3 Les signes et symptômes les plus fréquents sont la fièvre et la toux, les radiographies thoraciques montrant des infiltrats pneumoniques invasifs dans les deux poumons et la fatigue. Parmi les autres symptômes : la dyspnée, la fatigue, les myalgies et les courbatures, les expectorations, les frissons, les douleurs à la poitrine, les céphalées, le mal de gorge, la diarrhée, les étourdissements, la rhinorrhée, les nausées ou les vomissements, la congestion nasale, la conjonctivite, la perte du goût (agueusie), la perte de l’odorat (anosmie), l’éruption cutanée, la décoloration des doigts de la main ou du pied, la vascularite inflammatoire multi-systémique, l’exacerbation de conditions chroniques, le delirium, le déclin fonctionnel aigu, le croup, la tachycardie inexpliquée, la baisse de pression sanguine, l’hypoxie inexpliquée, la léthargie, la difficulté à s’alimenter chez les nouveau-nés. Les enfants sont généralement asymptomatiques ou présentent des symptômes et signes légers comme de la fièvre, une toux sèche, de la fatigue et certains présentent des symptômes gastro-intestinaux. Se référer au https://publications.msss.gouv.qc.ca/msss/document-002616/  version 29 mai (page 9).
4 Selon l’analyse hebdomadaire faite par l’INSPQ et transmise aux directeurs de santé publique. Le seuil de transmission communautaire considéré très faible est : moins de 10 cas par 100 000 de population par période de 14 jours. Il peut toutefois être modulé par d’autres facteurs tels que présence d’éclosions et taux de positivité des tests.

Références

  1. INESSS. COVID-19 – Indications et critères d’accès au test de détection moléculaire su SARS-CoV-2. Réponse rapide. 21 juillet 2020.
  2. INESSS. COVID-19 et détection moléculaire du SARS-CoV chez les individus asymptomatiques. Réponse rapide. 29 avril 2020.
  3. INSPQ. Bruneau, A. ; Boulianne, N. ; De Serres, G. Irace-Cima, A. ; et collaborateurs. Prise en charge des personnes considérées rétablies et présentant à nouveau un test positif pour le SRAS-CoV-2 : avis intérimaire. https://www.inspq.qc.ca/publications/3032-personnes-retablies-nouveau-test-positif-covid19.
  4. CDC, MMWR. Characteristics of Adult Outpatients and Inpatients with COVID-19 — 11 Academic Medical Centers, United States, March–May 2020. 69(26);841-846. 3 juillet 2020 (https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6926e3.htm?s_cid=mm6926e3_e&deliveryName=USCDC_921-DM32007 : consulté le 9 juillet).
  5. INSPQ, Comité sur la gestion des cas et des contacts de COVID-19. Mesures pour la gestion des cas et des contacts dans la communauté : recommandations intérimaires https://www.inspq.qc.ca/publications/2902-mesures-cas-contacts-communaute-covid19.

 

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