Données sur les variants du SRAS-CoV-2 au Québec

Mise à jour du  , 11 h.

Cette page diffuse de l'information sur les cas de variants préoccupants du SRAS-CoV-2 issue d’une combinaison des résultats de criblage et de séquençage. Ces cas sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. Les données de lignées d’intérêt ou non préoccupantes ne sont pas présentées. Voir les précisions méthodologiques en bas de page pour plus de détails.

Les données des sections 1 (Évolution) et 2 (Cumul) sont mises à jour du lundi au vendredi alors que les données de la section 3 (Variant préoccupant en émergence – delta) sont mises à jour chaque lundi.

En tout temps, ces données peuvent être ajustées à la suite d’améliorations dans les techniques de collecte et de saisie, de validations ou de mises à jour de l’information afin de refléter au mieux la situation actuelle et antérieure.

Ce 17 septembre, environ 1 600 cas de delta présomptifs, qui auraient dû apparaître depuis le 7 septembre, ont été ajoutés. Cet ajout explique le nombre élevé de nouveaux cas affiché entre parenthèses dans la tuile delta.

 
alpha (B.1.1.7)
 
bêta (B.1.351)
 
gamma (P.1)
 
delta (B.1.167.2)

Les graphiques de cette page sont interactifs; en cliquant sur une série de la légende, il est possible de la faire apparaître ou disparaître du graphique et l'échelle s'ajustera automatiquement. Dans les graphiques évolutifs, il est possible de faire glisser les poignées pour élargir ou rétrécir le spectre visible de la courbe et de le déplacer ensuite de gauche à droite à l’aide de la souris.

1 - Évolution

Évolution parmi l’ensemble des cas de SRAS-CoV-2

1.1 - Évolution hebdomadaire du nombre de cas de variants préoccupants selon la lignée parmi l’ensemble des cas de SRAS-CoV-2 au Québec et par RSS

Le nombre de cas confirmés et présomptifs de variants est toujours sous-estimé pour les semaines les plus récentes en raison d’un délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage.

Puisque les cas de variants préoccupants ne sont pas tous détectés, il n’est pas possible de déduire un taux de positivité aux variants préoccupants à partir des données de ce graphique. Les données ne sont pas affichées lorsque le nombre de cas est inférieur à 5 pour la semaine. Pour plus de détails, consultez les précisions méthodologiques.


 

La catégorie « Autres ou inconnus » équivaut à la différence entre le nombre total de cas détectés de SRAS-CoV-2 et le nombre des cas de variants préoccupants. Elle inclut les cas de variants non préoccupants, les cas non criblés ou non séquencés ainsi que les résultats de criblage invalides ou indéterminés.

2 - Cumul

Les données présentées dans cette section sont cumulatives depuis janvier 2021.

Pour plus de détails, consultez les précisions méthodologiques.

2.1 - Nombre cumulatif de cas de variants préoccupants au Québec par RSS

Région sociosanitaire (RSS)
Alpha
Beta
Gamma
Delta confirmés
Delta présomptifs
Total

Le total des cas pour l’ensemble du Québec ne correspond pas toujours à la somme des cas dans les régions sociosanitaires (RSS) puisque la RSS est parfois inconnue ou que certaines personnes non résidentes ont été testées au Québec.

 
3 - Variant préoccupant en émergence - Delta

3.1 - Évolution hebdomadaire du variant delta (B.1.617.2) au Québec

Cette figure présente la valeur estimée de la présence du variant delta au Québec, c’est à-dire la somme des cas confirmés et présomptifs du variant delta parmi l’ensemble des cas ayant obtenu un résultat valide au criblage ou au séquençage. La proportion de cas confirmés et présomptifs est préliminaire pour les semaines les plus récentes. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

 

Précisions méthodologiques

Au Québec et ailleurs dans le monde, quatre variants sont préoccupants car, selon la littérature scientifique, ils sont associés à un risque accru de contagiosité, de virulence ou encore d’échappement aux vaccins ou aux traitements contre la COVID-19. Ces variants sont ceux des lignées :

  • B.1.1.7 (alpha) ayant émergé au Royaume-Uni;
  • B.1.351 (bêta) ayant émergé en Afrique du Sud;
  • P.1 (gamma) ayant émergé au Brésil;
  • B.1.617.2 (delta) ayant émergé en Inde.

Les données concernant les variants d’intérêts (ex. ceux de la lignée B.1.525 (êta)) et d’autres variants communs qui ne sont pas considérés comme préoccupants ne sont pas diffusés sur cette page.

Deux méthodes sont utilisées pour la détection des variants préoccupants : le criblage et le séquençage. La faisabilité du criblage et du séquençage dépend de plusieurs facteurs, dont la charge virale de l’échantillon et la surcharge des laboratoires. Ainsi, malgré tous les efforts déployés pour cribler et séquencer le plus de cas possible, il reste une proportion importante de cas dont on ne peut identifier le variant.

Lignée préoccupante Confirmation de la lignée
B.1.1.7 (alpha) Criblage1 ou séquençage
B.1.351 (bêta) Séquençage
P.1 (gamma) Séquençage
B.1.617.2 (delta) Séquençage pour les cas confirmés, criblage pour les cas présomptifs.

1. Depuis le 11 avril 2021, il est possible de confirmer la lignée alpha par criblage. Elle est la seule lignée préoccupante à pouvoir être confirmée par criblage. 

À la suite de l’apparition de variants préoccupants à la fin de 2020 un peu partout dans le monde, une stratégie visant à analyser les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par test de criblage a été implantée en février 2021 au Québec. Les échantillons positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations communes aux variants préoccupants. Le criblage permet aux directions régionales de santé publique de moduler leurs interventions et de suivre la propagation des variants préoccupants dans la province.

Un premier criblage (mutations N501Y, del69/70 et E484K) permet de confirmer le variant alpha et de détecter la présence potentielle des variants bêta et gamma (confirmation requise par séquençage). À l’issue de ce premier criblage, les cas négatifs aux trois mutations sont envoyés pour un 2e criblage pour identifier la mutation « signature » du variant B.1.617, soit la P681R. Les cas positifs à cette cible seront considérés comme des variants delta présomptifs.

La confirmation par criblage du variant alpha se fait depuis avril 2021, et la détection de façon présomptive du variant delta par criblage se fait depuis juillet 2021.

La stratégie de criblage a changé dans le temps. De la mi-février au début avril 2021, le criblage a été pratiqué sur tous les échantillons positifs ou presque. Au pic de la 3e vague (mi-avril 2021), le criblage n’a plus été pratiqué de façon systématique par certains laboratoires surchargés.

Le séquençage génomique est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) et les centres de génomique de l’université McGill et de Génome Québec sur certains prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Son objectif est d’identifier la lignée exacte du variant dans un délai d’environ 14 jours afin de caractériser les lignées de variants circulant au Québec. Les résultats sont plus précis que ceux du criblage, mais les délais de réception de résultats sont plus longs. Il est important de préciser que le portrait des données de séquençage est altéré par la stratégie d’échantillonnage qui n’est pas réalisée sur une base aléatoire. Plusieurs critères sont utilisés pour sélectionner les échantillons à séquencer :

  • Un échantillon issu d’un groupe ciblé (ex. voyageurs revenant d'une destination hors Canada, éclosions, suspicion de réinfection, infection post-vaccinale, maladie sévère);
  • Tous les résultats de criblage autres que ceux identifiés comme alpha (négatif; positif autre que alpha; indéterminé ou invalide);
  • Séquençage aléatoire (environ 15-20 % de tous les prélèvements positifs excluant ceux d’un groupe ciblé);
  • Les échantillons ayant une charge virale suffisante.

La stratégie de séquençage a changé dans le temps. Avant avril 2021, tous les échantillons positifs au criblage étaient envoyés au séquençage. Depuis avril 2021, les échantillons qui criblent positifs à la lignée B.1.1.7 (alpha) ne sont plus envoyés systématiquement au séquençage (sauf pour les cas issus de groupes ciblés comme les éclosions ou les voyageurs), mais tous les autres échantillons positifs au criblage continuent à être séquencés ainsi que les échantillons criblant négatif.

Il est cependant possible que certains échantillons positifs au criblage ne s’avèrent pas des variants préoccupants, selon les résultats de séquençage génomique (ex. variants d’intérêt ou autres variants).

  • Tuiles :
    • Les tuiles de cas de variants préoccupants selon la lignée sont des données cumulatives, avec une variation dans les dernières 24 h présentée entre parenthèses.
    • La tuile alpha combine les résultats obtenus par criblage et séquençage.
    • La tuile bêta présente les résultats obtenus par séquençage.
    • La tuile gamma présente les résultats obtenus par séquençage.
    • La tuile delta combine les résultats obtenus par criblage (cas présomptifs) et séquençage (cas confirmés).
  • Les données sont dédoublonnées.
  • Les données du graphique 1.1 sont présentées selon la semaine de prélèvement de l’échantillon. Les données de la semaine CDC en cours ne sont pas présentées en raison du délai entre le moment du prélèvement de l’échantillon et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage. Les données sont mises à jour rétroactivement du lundi au vendredi.
  • Les données du tableau et du graphique 2.1 sont cumulatives depuis janvier 2021 et comprennent les données de la semaine CDC en cours. Le séquençage était pratiqué avant janvier 2021, mais aucune lignée préoccupante n’était alors en circulation.
  • Il se peut que le nombre de cas présentés par semaine CDC sur cette page ne concorde pas parfaitement avec le nombre de cas confirmés en laboratoire par semaine CDC présentés dans les autres pages, étant donné les dates (ex. date de prélèvement vs date de résultat du test) et les sources de données utilisées.
  • Les résultats sont présentés selon la RSS de résidence du patient. Les données sur les variants préoccupants ne sont pas présentées pour les régions du Nunavik et des Terres-Cries-de-la-Baie-James ou si le nombre total de cas confirmés de SRAS-Cov-2 est inférieur à 5 pour la semaine.
  • Les données de cette section sont mises à jour rétroactivement une fois par semaine, le lundi.
  • Chaque cas n’est compté qu’une fois, soit comme un cas présomptif (criblage) ou un cas confirmé (séquençage).
  • Les données des graphiques 3.1 et 3.2 sont présentées selon la semaine de prélèvement de l’échantillon. Les données de la dernière semaine CDC fermée ne sont pas présentées en raison d’un délai entre le moment du prélèvement et l'obtention des résultats de criblage et de séquençage.
  • La proportion du delta parmi les cas criblés et séquencés (3.2) est préliminaire pour les semaines les plus récentes (zone grisée). Elle pourrait être légèrement surestimée ou sous-estimée dépendamment de la stratégie de criblage et de séquençage et des délais observés entre le prélèvement de l’échantillon et la réception des résultats sur la présence des variants.
  • Cas présomptifs : Les cas présomptifs du variant delta sont basés sur les résultats obtenus au criblage. Un premier criblage (mutations N501Y, del69/70 et E484K) permet d’identifier le variant alpha et de détecter la présence potentielle des variants bêta et gamma (confirmation requise par séquençage). À l’issue de ce premier criblage, les cas négatifs aux trois mutations sont envoyés pour un 2e criblage pour identifier la mutation « signature » du variant B.1.617, soit la P681R. Les cas positifs à cette cible seront considérés comme des variants delta présomptifs.

    Ces cas pourront éventuellement être confirmés ou infirmés par séquençage complet du génome si la qualité de l’échantillon est suffisante. Il est à noter que les cas présomptifs delta identifiés par criblage ne seront donc pas nécessairement des cas confirmés du variant préoccupant B.1.617.2 (delta), puisque les variants B.1.617.1 (kappa) et B.1.617.3 portent aussi la mutation P681R. Compte tenu de la plus grande transmissibilité et de la proportion importante du variant B.1.617.2 (delta) au Québec comparativement aux variants B.1.617.1 (kappa) et B.1.617.3, il est raisonnable de présumer que la grande majorité des échantillons identifiés par criblage appartiennent à la sous-lignée B.1.617.2 (delta).

  • Cas confirmés : Les cas confirmés du variant delta le sont par séquençage génomique.

Il faut interpréter avec prudence l’évolution temporelle des données sur les variants préoccupants. Les stratégies de criblage et séquençage sont mises à jour fréquemment et peuvent avoir un impact sur la fluctuation des données.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt des variants préoccupants est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.
  • La dernière mise à jour des données a été effectuée le 3 mai 2021.
 

Projections de la proportion de variants préoccupants

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des variants préoccupants.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y étaient déjà dominants.
  • La dernière mise à jour des données a été effectuée le 3 mai 2021.
 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

Contributions

  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.
  • Criblage : Fichiers des laboratoires qui réalisent le criblage des variants préoccupants.
  • Séquençage : Base de données génomique du Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ).