D'un point de vue global, les quantités de mercure relachées par la croute terrestre sont importantes mais restent très faibles à un endroit donné. Par contre, les activités humaines peuvent contaminer de façon importante non seulement le milieu de travail et les résidences mais également l'environnement en général aussi bien au niveau de l'air, du sol que de l'eau. La contamination des lacs et autres milieux aquatiques fait l'objet de nombreuses préoccupations tant au Canada et dans certains états américains que dans d'autres pays comme les nations scandinaves. Cette contamination est en grande partie le résultat de dépôts atmosphériques provenant notamment de centrales thermiques et de grands fours industriels. Ces sources polluantes sont désormais assujetties à des programmes de réduction des rejets de mercure dans l'atmosphère. Ces mesures ne sont toutefois pas suffisantes car la contamination environnementale est également liée à d'autres sources tels que les appareils, instruments, produits ou déchets contenant du mercure qui sont gérés et éliminés de façon inadéquate dans l'environnement. Jusqu'à présent, les déchets mercuriels suivent rarement une filière d'élimination spécifique. Dans le scénario le plus optimiste, le mercure est entreposé dans un contenant hermétique, récupéré et recyclé. Dans le scénario pessimiste, le mercure n'est ramassé qu'en partie et est rejeté, soit à l'évier, soit dans les déchets. Ce mercure, après son rejet dans les égouts, polluera les eaux superficielles. Après l'incinération des déchets, il sera diffusé dans l'air ou encore, après son enfouissement, il polluera les nappes souterraines. La mauvaise gestion du mercure et des déchets contenant du mercure contribue de manière importante à la contamination diffuse de l'environnement par ce métal. Non seulement toxique, le mercure est également une substance persistante, ce qui signifie qu'elle tend à se dégrader très lentement dans l'environnement. De plus, le mercure métallique (inorganique) peut être transformé par les bactéries présentes dans le fond des lacs et des rivières et dans les boues des usines de traitement des eaux usées en une forme organique encore plus toxique : le méthylmercure (CH3Hg+). Pour la plupart des gens, la consommation de poisson contaminé est la source principale d'exposition au mercure organique. Au Québec, le méthylmercure contamine plusieurs espèces de poisson capturées par le pêcheur sportif dans nos cours d'eau tels que le brochet, le doré et le maskinongé. Dans certaines régions, la population doit suivre certaines règles (limitation de consommation) pour se protéger des effets toxiques possibles des contaminants présents dans la chair de ces poissons. Les centres hospitaliers et les autres établissements de santé ont un rôle important à jouer dans la prévention par le mercure notamment en changeant certaines de leurs pratiques par d'autres plus adéquates. Aux États-Unis, les autorités ont constaté qu'il y a environ 50 fois plus de mercure dans les déchets biomédicaux que dans les déchets solides municipaux. Les incinérateurs à déchets biomédicaux y sont considérés désormais comme une des sources les plus importantes d'émissions de mercure dans l'atmosphère.